骆秉章是太平天国的重要对手，在镇压太平天国运动中发挥了关键作用。

骆秉章首倡用湘人、募湘勇组建湘军，支持曾国藩、江忠源、胡林翼等在湖南办团练，还延揽左宗棠等作为曾国藩幕僚。他不仅在战略上支持曾国藩组建湘军，还在兵力、军械、后勤保障等方面倾力相助，是湘军的重要幕后支持者。湘军练成后，肃清湖南境内太平军，并遣军进入江西和广州收复失地。在曾国藩作战失利时，骆秉章为其上疏，称不能以一时胜败论其忠勇。之后，他还多次调兵遣将，协助湖北巡抚胡林翼，又平定广东、广西、贵州等地起义军，因越境剿灭太平军被赏赐花翎。

骆秉章指挥江忠源率“楚勇”在广西全州阻击太平军，致使南王冯云山牺牲。太平军攻打长沙时，他亲自出马率兵抵抗，西王萧朝贵阵亡。他还应湖北巡抚胡林翼请求，派鲍超、彭玉麟率湘军奔赴湖北解围，从太平军手中夺回武汉三镇。在宝庆与太平军的大会战中，他从容指挥，调集各路湘军大获全胜。

骆秉章任四川总督时，率湘军入川镇压李永和、蓝朝鼎起义军。他采取“步步为营，长壕深堑，次第设围”之策，击败蓝朝鼎，强攻青神，镇压了起义军。四川逐渐平定，骆秉章因功被赏加太子少保衔。

1863年石达开进攻四川，骆秉章调集诸将及土司兵防御。同治二年（1863年），石达开渡金沙江后被困，骆秉章乘大渡河涨水攻击，石达开部众几乎被灭，石达开带领儿子和三名将领乞降后被斩于市，骆秉章加赏太子太保。

骆秉章在政治、经济方面也有一定作为，如增税创收、安定民心、整顿吏治等，为湘军作战提供了充足粮饷，稳定了湖南、四川等地局势，在一定程度上维护了腐朽的清朝统治。