葱岭三战后，清军实现了对天山南北的全部掌控，时隔千年西域重归中华大家庭（自大唐的安史之乱后，西域就与中原渐行渐远），大清的军旗飘扬在帕米尔高原的上空，大清帝国的军功达到鼎盛，中亚诸国对西域（新疆）的突变也是惊呆了下巴。大清帝国在短短4年内接连荡平准噶尔汗国和大小和卓之乱，大清帝国的声望远迈中亚腹地。

虽然天山南北既定，但大小和卓依旧在逃，而乾隆的性格一向是“要么不做、要么做绝”的那种，大小和卓一日不落网，乾隆就一天不安心，乾隆命令在疆的清军日夜搜寻大小和卓的踪迹，必须“活要见人，死要见尸”。于是，刚刚结束大战的清军将士，再一次踏上了征程，他们在茫茫的帕米尔高原中艰难的搜寻着大小和卓的踪迹。后来，清军哨探侦查得知大小和卓已经翻越帕米尔高原逃往巴达克山（位于帕米尔高原以西的古国，在今阿富汗东北部）。

清军悍将富德遂拣选精骑西行，并向巴达克山的各大部落广发檄书，明确谁要是敢收留大小和卓，那大清下一个灭的就是它。在清军的巨大威慑下，大小和卓在巴达克山陷入孤立无援的境地。摄于清军的威望，巴达克山的衮都伯克沙莽苏尔、锡克南（在今塔吉克斯坦戈尔诺-巴达赫尚自治州锡克南区）伯克沙穆尔对大小和卓进行拦截追击，试图活捉二位到大清领赏。乾隆二十四年（1759年）七月二十六日，大小和卓带领溃兵突破围追堵截，抵达巴达克山都城牌租阿巴特（今阿富汗巴达赫尚省首府法扎巴德）外，试图寻求城主素勒坦沙避难。

与此同时，富德的使者萨穆坦也抵达牌租阿巴特，萨穆坦要求素勒坦沙迅速交出大小和卓，否则等清军大军一到，将血洗牌租阿巴特。在清军强大的武力威慑下，素勒坦沙将大小和卓围于阿尔浑楚哈岭，不久后将其生擒。素勒坦沙将大小和卓（波罗尼都、霍集占兄弟）关押在柴扎布，并派人向清军追击大小和卓的总指挥富德汇报。

富德闻讯后，迅速责令素勒坦沙将大小和卓交给清军。但因为巴达克山境内的许多贵族与大小和卓的过从甚密，一些别有用心的人甚至希望保下大小和卓，以便将来好从大清帝国手上搞点利益，一时之间素勒坦沙竟不知如何决断。富德对素勒坦沙首鼠两端的态度非常不满意，为了让素勒坦沙明确形势，富德率领5000精锐清军再次翻越帕米尔高原，经瓦罕走廊，如神兵天降在牌租阿巴特城下，望着城外彪悍的清军和黑洞洞的红衣大炮炮口，素勒坦沙再也不用纠结了。

当然，素勒坦沙还是耍了个小心眼，为了怕大小和卓到清军大营中乱说（因为在大小和卓叛乱期间，素勒坦沙也曾暗中支援过大小和卓，要不然大小和卓也不会在兵败后想着到巴达克山避难），素勒坦沙将大小和卓及其家人和随从全部处死，向清军交出了大小和卓的首级，算是完成了富德的任务。富德确认了大小和卓的首级后，遂班师回新疆，富德将大小和卓的首级送往北京，乾隆大喜，在午门举行了盛大的献俘礼，是为巴达克山献馘。