同治二年（1863）十月，多隆阿率所部清军肃清关中所有回军据点后，损失惨重的回军在关中已无法立足，大部移师至关西凤翔府一带。
十一月，多隆阿派其麾下将领、总兵陶茂林率部直趋凤翔，被回变军围困长达460多天的西府大城遂得以解围。关中回众遭到清军剿洗，不得不背井离乡，遂溃逃的回军撤至西府凤翔一带，又逢瘟疫流行，染疫而死者甚多，居无定所，生活无着。在这种走投无路的情况下，参加暴动的河南回军头目孙玉宝、马成功、陈云冲以及凤翔当地三十四回坊伊斯兰教阿訇共同出面，“联名顶经乞抚”。据《平回方略》记载：
“此处最巨者，则马姓、白姓、乌姓、海姓、乜姓、沙姓、赫姓、铁姓、苏姓、蘭姓、禹姓以及未知名之股，不知凡几，各有巨酋，蛰集蜂攒，皆曰求抚”。
老照片：甘肃回族上层人物
但回酋们这里提出的所谓“求抚、投诚”，是有条件的，最重要的一点是，参加起事的人“先求安插地，且索旧业”。这就使陶总兵觉得事情很棘手，当然，这也不是他能说了算的，遂以“西征汧陇为急”，率军拔营西去，抚议搁浅，招降告吹。（铁马冰河wu头条号）此后雷正绾、曹克忠等继续率军攻打回军，陕西回军力不能支，分别由凤翔府、汧邑（今宝鸡陇县）、等地和邠州白吉塬、长武辗转西窜至甘肃境内。
同治三年（1864），陕西回军大部分已陆续退至甘肃庆阳府所辖的董志塬，分散驻屯于北至驿马关，南至邱家寨，西至萧镇，东至西华池绵延300里的大小村落中，总人数已由最初的20余万锐减至6、7万。董志塬地区北通金积堡，东边与陕西接壤，是控扼陕、甘的咽喉要地，在战略上进退有据；董志塬又是甘肃东部的产粮区，使屡遭挫败的陕西回军有了一块暂时的栖息地盘。
老照片
荡平关中所有回军据点的多隆阿将军意外战死这时，清军悍将多隆阿在陕西周至被蓝大顺、李永和率领的滇川农民军余部打死，等于帮关中回军去掉了一个劲敌；甘肃回民暴动也已全面展开，清军的力量也由此被分散、削弱。甘肃乃苦寒之地，部署在此的清军兵力不多，实力羸弱，无力镇压；由陕西开至甘肃的多隆阿旧部雷正绾、陶茂林、曹克忠等部因主帅新死影响士气，加上兵力有限，且主攻方向是灵台、泾州、秦安、平凉一线，这就给在董志塬一带活动的关中回民军以休整的机会。
重组十八大营利用清军主力与陇东回军鏖战的机会，陕西回军在董志塬重组了十八大营，其主要首领有洪兴、任武、郝明堂、禹得彦、白彦虎、孙玉宝、马生彦、蓝明泰、陈林、崔三（崔伟）、杨文治、马正和、冯均福、郭二阿訇、禹彦禄、关大阿訇、余振魁、邹玉龙等。这些回酋自称元帅，各有各的部众，在董志塬一带艰难地恢复着在关中暴动时所遭受的重创，逐渐展开与清军的较量，经一段时间的休整后，又开始分头攻打平凉、庆阳、固原以及静宁、隆德等处的清军。同治五年（1866），最凶悍的白彦虎、崔三等曾经率军攻入庆阳府城，烧杀抢掠一番后自行撤离。
老照片：董福祥部将马麒
陕西重燃战火，左宗棠临危受命1866年（同治5年）12月，张宗禹、赖文光带领西捻军由中原捣入关中，“往联回众”，共抗清军。陕西回军余部便从甘肃各地大举东下——
“北路则扰及定边，东北路则扰及甘泉、延安、延川，东路则扰及宜君、洛川、韩城、郃阳、澄城，西南路则扰及秦州、凤县，纵横驰突，股数甚繁，步骑杂遝”。
陕回军配合西捻军从各路出击，陕西各地重燃战火，频频告警，清军顾此失彼，疲于奔命。在此期间，清廷委任沙场“老炮儿”左宗棠为陕甘总督，之后又任为陕甘总督，全权督办陕甘军务，率所部老湘军西上“剿捻攻回". 。这样，左宗棠这位富有镇压太平军经验的清朝大吏取代多隆阿成为捻军、陕回军的劲敌，他采取了最凶狠的战略，主张欲平定西北，彻底消灭回军，则——
”非先捻后回不可，非先秦后陇不可“。《左文忠公全集·奏稿》
他还认为：
“进兵陕西必先清关外之贼，进兵甘肃则必先清陕西之贼，驻兵兰州必先清各路之贼”。于是他首先集中兵力攻打西捻军，使”回捻分离“。
待收拾掉西捻军后，再回过头去攻灭陕回军。一场更激烈、更血腥的大战一触即发。
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