宁夏回民武装暴动最早并不是由伊斯兰教新教白山派大阿訇马化龙公开发动的，而是由盐茶厅清军把总马兆元于1862年9月间在预旺城（今宁夏同心县辖地 ） “首发叛端”。
马兆元是回族人，即史料中所说的“回弁”把总。他率领哗变的回兵攻打盐茶厅，攻占原州（今固原）黑城子。就在盐茶厅哗变回军围攻黑城子时，久蓄异志的大阿訇马化龙在牛首山秘密打造兵器，还派人到阿拉善购买马匹，到兰州等地采购军火；在金积堡等处挖壕筑垒，加固城墙，招徕大批回民丁壮，组织训练队伍，“练劲勇数千”——编练出数千精兵，并与宁夏县（今贺兰县）武生纳清泰、平罗县武举人赫文选、陇东平凉伊斯兰教阿訇穆生华等进行串联。10月，盐茶厅回目马兆元率部攻打灵州（今灵武），马化龙亦率新练回勇前往，与马兆元部联手围攻。
晚清旧照
驻宁夏府（今银川）的清军闻警，派200余旗兵前来救援，援军快到灵州府城时，突遭马兆元、马化龙回军的伏击，因猝不及防，被打得人仰马翻，死伤过半。回军击溃清军援兵后，昼夜猛攻灵州城，灵州知州张瑞珍等督守军拼死据守，顽强抵抗，使回军久攻不下，绥远将军定安、宁夏道台侯云登也率清军前来解围，当地团练也在外侧不断袭扰回军 ，终于挫败回军，守住了灵州城。
马化龙是宁夏府、灵州地区的大教主，又是富甲一方的大财主，声名显赫，众望所归，理所当然就成为当地起事回民 的领袖 。毋庸置疑的是，他也是所谓“宁夏回乱” 的主要发起者和领导人（铁马读史头条号）。但是，因身份地位与众不同，看问题的眼光也超出其他头目，他对“起义反清”抱着比较“慎重”的态度，斗争方式也比较隐蔽。在围攻灵州期间，他和行伍出身的马兆元产生了意见分歧。马兆元本是好勇斗狠之辈，他以马化龙“不肯附己”，即不愿意归附与其为伍，后又被官军挫败而撤往平远所一带。 马化龙领导的回军则大多聚集在金积堡、吴忠堡等大据点中。
花马池（今盐池）
就在宁夏回乱四起，烽烟滚滚之际，道台侯云登在宁夏府（今银川地区）一带实行保甲制度，募兵练勇，使团练人数“众逾十万”。和南方征剿太平军的情况一样，宁夏地区的团练武装乃保卫乡梓的绝对主力，其战斗力、战斗意志、凶悍程度远超大清经制之军八旗和绿营。侯云登指挥团练攻入宁夏县（今贺兰 ）胡家堡等多处回寨，并发起报复性的烧杀焚掠，宁夏回民暴动之火因此而愈演愈烈，屡扑不灭。
因宁夏回乱此起彼伏，杀戮甚惨，在回军施加的巨大压力下，宁夏的清朝官员们在如何对付回民起事的问题上意见不一，彼此间发生了尖锐矛盾。道台侯云登主张铁血镇压，即“力主剿回”；宁夏将军庆昀却“力主招抚”，并坚持将“护汉抑回”之策变为“抑汉从回”；两人各持己见，却都无法说服对方。但宁夏将军庆昀毕竟官大一些，手上又有军权，遂力压侯云登，勒令他解散团练，并将十万团练的武器悉数收缴，还派人到各回庄“劝诫开导”，以化干戈为玉帛。
宁夏将军庆昀一味主抚之策犹如自废武功，给马化龙等人创造了绝佳机会。因大量团练被裁汰、遣散，马化龙、赫文选等侦知宁夏府城（银川市）守军羸弱且毫无戒备，经过周密准备，督率回军由叶升堡渡过黄河，悄悄潜至府城下，忽然发起围攻。
血洗宁夏府、灵州城经十余日激战，在城内回民的里应外合下，1863年12月4日 回变军攻破府城， 宁夏道台侯云登以及知县赵长庚战死，知府吕际韶服毒自杀 ，十几个大小官员被杀 ，数百守兵被围杀殆尽。宁夏县（今贺兰）同知彭庆章是回民，城破后向回军投降。（铁马读史头条号）宁夏府城被回众攻破后，力主“抚议”的宁夏将军庆昀虽然昏庸，但此刻倒也不怂，率八旗兵死守府城西边的满城 ，顽强抵抗，回军久攻不下，遗尸累累。回军为发泄愤懑情绪，在宁夏府城内 大肆屠戮焚掠，共有两万余汉民被杀 。
12月5日，马化龙和从陕西渭南潜逃至金积堡的回族武进士王锡爵等共同组织回军，攻破了灵州城，执杀署理知州钟兰和前知州穆栋鄂等清朝官员。同样，回军在灵州也大开杀戒，据记载共有数万汉族居民罹难。时人杨毓秀在《平回志》中记载，回军攻破宁夏府城（银川）后：
“（陷城）三日（后），传呼王爷入城。合城回汉悉跪道恭迎，则见化龙坐大轿，拥卫（弁）多人，驶入公署，随传令布置一切...... ”。
当时回众已称呼马化龙为“王爷”。由此可见，宁夏府、灵州一带的回民暴动主要是由马化龙领导的。
晚清旧照
穆生华屠洗平凉同治元年（1862）除夕夜，平凉地区回民首领穆生华阿訇率回众突袭固原城，破城后尽灭守兵，击杀分巡道万金镛。1863年3月24日，马兆元 率盐茶厅回军也打破厅城，擒杀同知裕崧。4月间，盐茶厅回军又攻破靖远之打喇赤堡，杀戮甚惨。穆生华率部从固原折返平凉，开始围攻平凉府城。清军和团勇顽强抵抗，经半年围攻，于9月27日攻克孤立无援的府城，知府田增寿被杀，守兵遭团灭，城内居民也惨遭杀掠，城池浸在血泊中，沦为废墟。
至此，在宁夏府、灵州以北的平罗、宝丰、石嘴山以及横城、 武当（与湖北武当重名）等处，均被回军先后占领。到11月，从平凉府以北到宁夏府所属各地，几乎全被马化龙及其他回军所控制，并与陕甘回军遥相呼应，回乱已经遍及整个西北地区。
晚清旧照
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