1946年，刘少卿从北平回到延安后，要求到前线。

原本想去东北，因为条件限制改去晋冀鲁豫军区，又去了华东战场。到华东后，因为各种原因不稳定，一直处于“飘”着状态。

到山东后，给他安排军分区司令员，干不久就离开，正好内线兵团成立，担任参谋长。参谋长是他的老本行，过去在土地革命和抗日战争时期一直干，可以说是轻车熟路。

当时，内线兵团下辖4个纵队，阻击正面之敌，打得火热，胶东保卫战一打就是三个月，历练了部队，每位指挥员的压力都不小。战斗结束后，部队进入休整，进行新式整军运动。

1948年，部队发起一系列作战，因为过于操劳，身体出现问题并没有放在心上，有人看他面色不好，也没有太在意，以为长期作战导致，休闲一下就好了。

部队很快投入到津浦路作战，配合粟裕主力在中原打大仗。9纵休整补充，7纵和13纵南下作战，根据局势变化看是打援，还是攻取兖州。部队发起向泰安作战，很快兖州就被切断与济南的联系后，山东兵团准备打兖州。

因为兵力不足，打兖州在犹豫当中，最终还是决定攻打，也就在组织作战时，他突然病倒了，高烧不退，被诊断是黑热病，立即安排到青州抢救。

本来在山东兵团快1年了，打了不少硬仗。如今在这个节骨眼上病倒，谁也没想到，更没有想到的是他的指挥战斗的生涯也结束了。

黑热病不好治，需要特效药，而且需要长期休养。他在医院好几个月，而这几个月确是解放战争历史上不寻常的几个月。没多久济南战役开始，许司令写信给他，好好养病，我们一起打济南。

对于刘少卿来说是渴望快好的，但身体并不允许，济南战役打响后，还是没有好，只能在医院听前线的消息。当淮海战役打响后，他的情况虽然好转一些，可没有回到最终部队，而是安排到华东局临时负责一些支前工作。

无独有偶，1纵司令叶飞在济南战役结束后，也病倒了，同样是黑热病。也需要留在后方休养，淮海战役没有赶上，或许也是他的遗憾。

这个病不容易快速好转，淮海战役结束时，他的身体还很虚弱。叶飞从济南战役一直休养到1949年4月，而且还是提前离开医院，前后有大半年时间。

1949年2月，华野改为三野后，各军领导班子进行调整，刘少卿遇到陈老总，聊了自己希望干带兵打仗，不愿意当参谋长，自己当了10多年了，想独当一面。最终依然没有实现这个愿望，毕竟下辖各军指挥员都是从各军成长起来的，熟悉部队，熟悉干部，怎么可能空降一位干部担任主官，而且渡江战役任务紧迫。

当渡江战役结束后，他被安排当南下干部纵队司令，把南下干部输送到新解放的地方，抵达扬州后，他的任务也就结束。后被安排到马列学院，学院不招生了，又临时安排去上海铁路局担任公安局长，兜兜转转没有固定下来。

解放后，才算是较为稳定下来，先去训练总监部工作，后总监部划归总参，担任军训部副部长。