前面说了东晋后期门阀外藩的第一次逼宫，以相王司马道子被迫杀死自己的亲信王国宝而暂时了结。经此一事后，司马道子觉得他这么被动的最大原因就在于自己在外藩的力量不足，所以必须加紧安排自己人出镇才行。
于是，王恭退兵不到一年后，晋安帝隆安二年（398年）二月，司马道子与心腹党羽谯王司马尚之及其弟司马休之二人商量，要安排王国宝的弟弟王愉代替谯国桓氏的桓伊出任江州刺史、都督豫州四郡、辅国将军、假节。桓伊则归朝担任京师禁军六军中的护军将军（注1）。桓伊乃桓氏“疏宗”，曾担任过桓温的参军，这是一位著名的音乐家，也是一位出色的将领，十五年前曾与谢玄一道在淝水之战大败苻坚，可以说是谯国桓氏在桓温之后的又一大军事人才。
所以这一下，司马道子可惹到了一个了不得的人物，即东晋四大一流士族中谯国桓氏的少主，时年三十岁的南郡公桓玄。
桓玄，字敬道，小名灵宝，他就是晋穆帝时曾三次北伐的著名权臣大司马桓温的幼子。桓温以其功高差点篡晋自立，但因王坦之、谢安等江左高门的阻挠而未成功，不过谯国桓氏毕竟经营荆楚数十年，在长江中上游仍然保有极大的势力。桓温临终时，桓玄才五岁，但桓温却舍弃了桓玄一堆哥哥而偏偏任此幼子为嗣子继承了他南郡公的爵位，同时又将自己的部众和官职传给了自己的五弟桓冲。桓温这是想将自己正当打之年的弟弟作为过渡，最后将桓氏在荆州的势力转到幼子桓玄的手上。而桓冲也深知哥哥的遗愿，桓玄刚守完丧，桓冲便指着文武官员告诉桓玄说：“此皆汝家故吏佐。”桓冲还常常看着自己的座位，喊着桓玄小名说：“灵宝成人，当以此坐还之。”（《世说新语·夙愿》）
可惜，过了11年，桓冲又病逝了，此时桓玄才16岁，因未到出仕的年纪，不能继承门户，桓冲乃深以为恨，临终前致书谢安，什么私事都没有谈，只是说：“灵宝尚小，亡兄寄托不终，以此为恨。”（《晋书·桓冲传》）接着朝廷便将荆州刺史的位置交给了桓玄的堂兄桓石民（桓温三弟桓豁之子）。但桓石民的能力远不如桓温兄弟，而且没几年桓石民也死了，桓家在东晋的地位遂大降。其实此时桓玄已经到了高级士族二十岁出仕的年纪（注2），但因为桓温在晚年把司马氏欺负的够呛，所以孝武帝和司马道子难得的意见统一，一直超期到二十三岁后才给桓玄安排了太子洗马、义兴太守（今江苏宜兴一带）之类的虚职、远官（注3），并连续派了王忱、殷仲堪等大士族来担任荆州刺史，以遏制谯国桓氏在荆州的势力。
只不过，殷仲堪不过一玄谈家，哪里比得过桓家世镇荆楚、故旧遍地、树大根深。所以桓玄老早就弃官回到荆州，继续经营谯国桓氏在长江中上游的势力，并成功促成了王恭与殷仲堪的联合。桓玄自幼肥胖，比同龄人要重一倍（其重兼常儿），但长得却很帅，史载其“形貌瑰奇，风神疏朗”，应该是一个白白嫩嫩的帅胖子，。另外《晋书》还说他“博综艺术，善属文，常负其才地，以雄豪自处”，这还是一个有着超人才智与伟大志向（注4）的帅胖子，当时有名的文士如陶渊明、顾恺之等多至其幕下，颂扬其德，由此桓玄的名望非常高。从史书的记载来看，桓玄的军事能力虽一般，但在政治斗争与布局谋篇方面是一个天才。《世说新语·忿狷》上还记载了一个故事，说桓玄小时候，和家族里的兄弟们斗鹅，桓玄的鹅老是输，他怀恨在心，一天夜里，跑到鹅栏里，把堂兄弟们的鹅全部杀掉了。天亮后，家人发现，都吓呆了，以为闹妖怪，连忙去告诉桓冲。桓冲笑道：“无所致怪，当是南郡（即桓玄）戏耳！”从这里就可以看出，桓玄从小就是不服输的性格，而且心狠手辣，有点变态。
言归正传，司马道子让王愉取代桓伊江州刺史的位置，怎么就惹恼了桓玄呢？因为桓伊在江州任职长达十四年，是桓氏家族将势力透入长江下游的一个重要布局。江州所辖地盘很大，相当于今江西、福建两省；而且其地多流民，丰粮谷，其治所寻阳（今江西九江）更是处荆、扬之间的长江重镇、军事要冲，《桓冲传》说它是“一任之要”，《刘胤传》则说是“国之南藩，要害之地”。江州若合于荆州，上游就更能自主，从而对下游的优势也会加大，建康将感到威胁。江州若控制在建康朝廷之手，荆州方镇将难于独立，有可能受制于建康（注5）。如今这么重要、这么大的一块地盘就要被司马道子弄走了，不仅桓玄很恼火，殷仲堪王恭两家门阀外藩也深感威胁。正所谓唇亡齿寒，司马道子这是要大搞事情的节奏啊！
于是，在桓玄的串联下，一个反中央的外藩门阀联盟成立了，其主要成员包括：兖青二州刺史王恭、荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄（注6）、豫州刺史庾楷，南郡相杨佺期。大家公推王恭为盟主，并约定了日期，一起率领大军前往京师剿除奸佞。雍州刺史郗恢为人较保守，并未参加这个反中央联盟。
这个联盟之中，前面四人已经介绍，后面二人也说一下。庾楷出身于东晋四大一流士族中的颍川庾氏，乃东晋门阀政治的关键人物征西将军庾亮之孙（注7），桓温执政后，原先执政的颍川庾氏是其重点打击对象，故庾氏在东晋后期颇为沉沦。庾楷努力钻营，好不容易坐上豫州刺史的高位，得以执掌与北府兵齐名的西府兵（注8），没想到司马道子一句话，以王愉为江州刺史、都督豫州四郡，也就平白割走了庾楷四郡的地盘，所以他当然要反叛抗议了。
至于南郡相杨佺期，则出身弘农杨氏，这是东汉至西晋的顶级大门阀，只可惜东晋时过江太晚，其父又曾出仕伪朝（北方外族政权），于是门户中衰。不过杨佺期曾长期在洛阳一带领军驻防，手底下有一支从北方带回来的强大流民军，所以被殷仲堪拉到荆州来一起干事业。杨佺期跟庾楷一样，都是因为门户衰弱而受到门阀士族排斥，慷慨切齿，急欲恢复祖先的辉煌，故而成为了门阀联军的马前卒。
看到外藩门阀几乎全部跳反，司马道子吓坏了。事实证明，这位继承了司马家超强“宫斗”基因的“好儿孙”没有能力重振东晋皇权，也没有能力整合四分五裂的东晋门阀。于是，面对困难，司马道子做了缩头乌龟，他将全部的军国事务都交给世子司马元显（时任侍中、征虏将军）去处理，所有的府僚也都拨给司马元显管理，自己则一头扎进后宅，日饮醇酒而已。
司马元显这年也不过十七岁，与白-痴晋安帝年纪一般大，智商却比晋安帝要高很多。他手下的僚属们也都认为他聪颖机警，志气果锐，此次一定能够力挽狂澜。
其实，司马元显的能力并没有别人吹得那么厉害，不过相比司马道子，司马元显有个最大的优点。
那就是年轻，初生牛犊不怕虎。事已至此，怕是没有没有用了，管他三七二十一，干就行了！
于是，司马元显派出了两路兵马，分别讨伐北面的王恭与西面的庾楷。庾楷没有北府兵这样的劲旅与刘牢之这样的名将，结果一战即败，庾楷只身西逃，投奔正在顺江而下的荆州门阀联军。而与此同时，桓玄也已率军击败了江州刺史王愉（王愉手下估计有不少桓氏的旧部，这仗是肯定赢不了的），夺回了桓氏的江州地盘。王愉本是桓玄的大舅子，如今却做了他的手下败将与阶下囚徒，心中“甚耻之”。
接着，桓玄与杨佺期又打败了朝廷派来的水军，兵进横江津（今安徽和县东南），随时可以东渡长江直逼建康。
荆州兵顺江而下一千四百余里，一路势如破竹，北府兵却进展缓慢，本来从京口到建康，路程不过170余里，但他们从七月举兵以来已有两个月，大军才推进了一百里在竹里扎营（今江苏句容市北）。显然，北府兵内部出了问题，而且，聪明过人的司马元显看出了其中的问题。
这个问题，就是王恭与刘牢之二人之间的矛盾。
王恭出身高门嫡宗，长得又帅又有身材（时人赞他“濯濯如春月柳”），而且自诩风雅、“清辩过人”（《世说新语·赏誉》刘孝标注引《中兴书》），曾称“名士不必须奇才，但使常得无事，痛饮酒，熟读《离骚》，便可称名士”（《世说新语·任诞》）。可刘牢之呢？出身武勇寒家，且“面紫赤色，须目惊人”（《晋书·刘牢之传》）。这简直就是苏东坡与李逵的组合，他们没有共同语言，也没有阶级感情，只是因为追求利益暂时结合在一起，完全没有团结可言。而且王恭自负高门，“与下殊隔”“仗刘牢之为爪牙而但以部曲将遇之”，这更让刘牢之“深怀耻恨”。所谓部曲将，就是魏晋时豪强地主的私人奴客部队的首领，地位跟保镖打手差不多。王恭想要刘牢之帮他对抗朝廷，这是一个风险很大的事情，风险大收益就要大，结果刘牢之收益不仅不大反而还要天天受气，这不扯吗？人家又不是神-经-病！恰好，司马元显与刘牢之的亲家庐江太守高素颇有一点交情，于是派了高素作为说客前去策反刘牢之。
高素出身低等士族、北府将门乐安高氏。据田余庆考证，21年前谢玄在京口重建北府兵，与刘牢之一同应募的北府旧将乐安高衡，应该就是高素的父亲。高家与刘家乃是世交，所以后来刘牢之的女儿嫁给了高素的儿子高雅之，这种将门联姻，在北府军中也是常事。总之这是一个重要说客。高素代表司马元显提出的条件是，只要刘牢之帮忙干掉王恭，就将王恭现在的职位授予他。这可是一个不小的诱惑，须知自北府兵建立以来，从来都是由高级士族掌握兵权，像刘牢之这种寒族武人对此想都不敢想。
看来，司马元显作为一个年轻人，还是比父辈更明白关键时刻必须打破常规才能突破困局。事实证明，司马氏想要重振皇权，就必须打破门阀大族的桎梏，而要打破这个桎梏，就必须另寻低级士族与寒门武人作为同盟军。
果然，刘牢之枰然心动。如果事成，自己就将成为一百年来东晋王朝首位寒门高官，这可是要创造历史了啊。于是，刘牢之果断发动兵变，杀掉王恭的心腹将领严延，回军杀向京口。没有悬念，王恭的部下立刻崩溃，王恭只能弃城而逃，独自一人骑马西逃欲投奔荆州军。
王恭虽执掌了北府兵，但实际只会坐谈，不会打仗，甚至也很少有骑马的机会，等他逃到曲阿时，两腿的脾肉嫩皮已被马背磨得血流不止，痛得实在不能再骑，结果很快被追兵抓获，随后被送往建康斩首。随同被杀还有王恭的子弟与同党。如前所述，王恭长得很帅，号称“美姿仪，人多爱悦”，而他死前的表现也酷，一边梳理自己的胡须鬓发，一边吟诵佛经，颇有名士风流。但他的冤家对头司马道子看到那颗优雅的人头后，却不屑的冷哼了一声：“卿何故趣，欲杀我耶？”意思是你为什么急着要杀我呢？是啊，你没能力就认，斗来斗去斗个啥呢！人死了，再帅也就没用了。据说当时京口民间还编了民谣讽刺王恭说：“黄雌鸡，莫作雄父啼。一旦去毛衣，衣被拉飒栖。”（《晋书·五行志》）“拉飒”一词在古代文献中的读音近似于“lè sè”，现在粤语中还保留着这个古音，其义为“秽杂”，也就是垃圾。看来此时在民间，高贵的门阀子弟已被视为废物，迟早要被扫进历史的垃圾堆里。
王恭一家被杀后，魏晋以来鼎鼎大名的太原王氏的最大嫡宗也就宣告覆灭，以此为象征，东晋门阀政治从开场（琅琊王氏手中）、巩固（颍川庾氏手中）、巅峰（谯国桓氏手中）、下坡（陈郡谢氏手中），而开始走向衰败（太原王氏手中），而北府寒门武人则正式走上政治舞台——司马元显信守诺言，把王恭的军职都给了刘牢之，“都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州之晋陵军事”。但民政即刺史之职却未给刘牢之，说明会稽王父子对刘牢之仍有限制。
不过，这仍是北府兵由士族工具的地位转变为独立力量的开始，也是东晋门阀政治演变的一大关键。从此，门阀专兵的现象，已经不存在了。不过刘牢之的都督不加刺史，说明北府兵要成为一支独立的政治力量，那还需要等待一个过程（注9）。
此时，荆州军已经渡过长江兵临石头城下，就等着和北府兵一起发动总攻，不料局势突变，门阀大盟主王恭竟然这么轻易的就被杀了。殷仲堪、桓玄、杨佺期三位荆州大佬一商量，这仗没法打了，于是将部队撤退到蔡洲（为长江中沙洲，位于今江苏南京市西南）驻扎，同时联名上书，为王恭申辩讲理，请求诛杀叛逆的刘牢之。刘牢之闻讯，立刻带着北府兵驰援京师，他倒要看看，到底谁才是真正的叛逆！
其实在内心，这两边都不愿真正大打出手。会稽王父子与刘牢之北府诸将是刚刚联合，殷仲堪、桓玄、杨佺期三位荆州大佬也是刚刚联合，他们之间有合作也有矛盾，需要时间建立互信（或者互相吞并），真大打起来一则胜负难料，二则局面将更为混乱，谁都不愿意。
但就这么一直相持下去也不是个事儿啊！最后，还是跟两边都说得上话的左卫将军桓修，为大家提出了一个和解方案。
桓修为啥都能说得上话呢？首先，桓修是桓玄的堂弟也就是桓冲的儿子，他实际代表着谯国桓氏的利益；另外一边，桓修又娶了司马道子的妹妹武昌公主为妻。所以，桓修向大舅子司马道子建议，不如就像搞定王恭与刘牢之那样，以重利引诱桓玄和杨佺期，挑拨他们与殷仲堪内斗，则其联盟可破矣！
当然，桓修如此建议，也是为桓玄争取利益，如果能够搞定殷仲堪，那么桓氏家族就能重新成为荆州的老大，甚至重建桓温时期的辉煌。
其实桓氏坐大，对于东晋王朝是不利的。但司马道子只能先解决眼前的问题，若现在大打一场，无论是荆州军赢了，还是北府兵赢了，都将再度崛起一个权臣，那么会稽王父子的位置可就不保了。
于是，朝廷下诏，发布了一系列人事任免令：
1.解除司马道子司徒与扬州刺史的职务，让他继续在王府饮酒作乐，醉生梦死。加司马元显散骑常侍、中书令、扬州刺史，兼领中领军，不久又加录尚书事，正式代替司马道子主政（注10）。
2.任命桓玄为江州刺史，代替已经当了俘虏的王愉。当然，桓玄军队已经拿下了江州，朝廷这边只是予以承认而已，这叫惠而不费。
3.任命杨佺期为雍州刺史，都督梁、雍、秦三州诸军事，前往汉江前线襄阳镇守，原雍州刺史郗恢则调回朝廷任尚书。这才是桓修最大的阴谋，此前，荆州门阀全体反抗朝廷，只有郗恢拒不参加，导致荆州军后方被牵制，难以使出全力。只要搞走麻烦的郗恢，换上门地资望较低的杨佺期，日后桓玄整合荆州势力就更容易了。
4.任命桓修为荆州刺史，原荆州刺史殷仲堪调任广州刺史。这样一来，荆州、江州两大州的势力，就都在桓氏家族的手里了。桓修还希望刘牢之能派一千精兵护送他上任，想得倒是挺美。
诏令一下，桓玄、杨佺期二人大喜，都想接受这个任命。但手握重兵的殷仲堪肯定不能就范哪，于是他立刻领兵西撤，并放出风声警告桓玄和杨佺期部众，让他们尽快解散回荆州，如果不回来，自己回到江陵就要杀他们的家属。桓玄、杨佺期闻信大惊，赶紧撤兵追赶殷仲堪至寻阳，好说歹说，三人终于勉强恢复了互信，遂护送子弟为人质，再次结为联盟，并推桓玄为盟主。然后，三人又联名上书，强调殷仲堪无罪，不应被降级调职。司马道子挑拨离间退兵成功，自然也就不再坚持，于是以桓修“专为身计，疑误朝廷”而罢免其官职，并把荆州交还给殷仲堪管辖。殷仲堪、杨佺期遂各归其驻地江陵、襄阳，而桓玄却没有留在他的辖区江州，而是西行进入荆州的夏口屯兵，显然对荆州还有图谋。
此次，桓修虽然为家族利益牺牲了自己（不久桓家又运作他担任了朝廷中护军），但成功削弱了殷仲堪的势力，并为桓家清除了郗恢这一隐患。杨佺期回到荆州后，便以朝廷诏令为名，前往襄阳夺走了郗恢的官职与军队，郗恢被迫黯然回京，走到半路就被殷仲堪派人暗杀，他的四个儿子也一同被害。至此，东晋又一高门高平郗氏遭受重创，东晋门阀间的内斗厮杀，此起彼伏，看来还远未到结束的时候。
注1：晋初王导便曾加官“中外都督”（即督领建康宫中与宫外的禁军），而“并统六军”，此六军在晋代便是领军、护军（皆三品，领军掌中军，护军掌外军，另外护军还掌武官选举）、左卫、右卫、骁骑、游击（皆四品，各掌一营禁军）等六个将军统率的军队。参阅祝总斌：《都督中外诸军事及其性质、作用》，收录于《门阀时代：魏晋南北朝的政治与制度》，北京大学出版社，2023年，第202页。
注2：《梁书·武帝纪上》：“甲族以二十登仕，后门（低级士族）以过立（三十而立之年）试吏。”
注3：但他们又不能明着对付桓氏，因为孝武帝与司马道子的父亲晋简文帝乃桓温所立，如果宣布桓温之罪，则孝武帝一系的皇位将丧失合法性。
注4：据《晋书·桓玄传》记载，桓玄在二十六七岁任义兴太守时，就曾登高望震泽（太湖），叹曰：“父为九州伯，儿为五湖长！”
注5：田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第111-112页。
注6：桓玄在荆州根深叶茂，朝廷怕他加入外藩联盟，特意应他请求升其官职为建威将军、广州刺史，假节并都督交广二州，并让他赶紧去广州就任。不料桓玄假意接受了官位，却赖在荆州不走，同时借助刺史、将军的名义到处招兵买马，“树用腹心，兵马日盛”（《晋书·桓玄传》），大大耍了朝廷一把。
注7：东晋的门阀政治，发端于琅琊王氏，巩固则在颍川庾氏。门阀政治排除了各种障碍，能够在自己的轨道上正常地运转。这些就是门阀政治的创立者和巩固者，王导和庾亮共同起的作用。参阅田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第105-107页。
注8：豫州乃侨州，治所在京都建康西面的历阳（今安徽和县历阳镇）。案胡三省注：“晋都建康，以京口为北府以京口为北府，历阳为西府，姑孰为南州。”姑孰就是侨郡淮南郡治所，在今安徽当涂，也属豫州管辖。屏藩晋朝的三大流民外镇，就有两个在豫州，可见其位高权重。后来庾楷被朝廷打败，司马道子便以宗室谯王司马尚之为豫州刺史，率西府兵屏藩京师。
注9：田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第284页。
注10：在东晋，主政宰相的官职一般是中书监、令兼录尚书事领扬州刺史。如王导、庾冰、何充乃至后来的刘裕都是如此。
