东晋太元（376年-396年）年间，平民刘裕结婚了，新娘是东莞郡（侨治在晋陵县东南的侨郡）功曹臧俊的女儿臧爱亲，两家都是小吏郡功曹的儿女，也算是门当户对。
而且，臧家也很穷，据《宋书·臧焘传》记载，臧爱亲的哥哥臧焘“少好学，善《三礼》，贫约自立，操行为乡里所称……以母老家贫，与弟熹俱弃人事，躬耕自业，约己养亲者十余载”。《宋书·臧熹传》则说，臧熹“与兄焘并好经籍”。看来这家人穷是穷的可以，但操行、学问都比刘裕要好。臧焘后来还被谢玄举荐做了国子学助教，而比刘裕小五岁的二弟刘道怜也因为这层关系去了国子学读书（注1），成为了刘家三兄弟中唯一的“秀才”，于是未从军而以“徐州从事史”的文官位置起家。
然后又过了几年，大概公元392-393年前后，也就在刘裕三十出头的时候，刘裕终于做官了（注2），为北府军冠军将军孙无终司马。冠军将军为位次很后的三品军号，其司马官品大约在七、八品官品之间（注3）。如前所述，刘氏的门户到刘翘、刘裕时已破落得很厉害，“盛流皆不与相知”，而且刘裕在乡里的乡评估计也不咋地（意气楚刺，仅识文字，樗蒲倾产，为时贱薄），中正官对他的乡论评定恐怕不会很高（注4）。所以刘裕没有选择从常规途径起家出仕，而是从军走了一条将门之路。
如所周知，东晋门阀重文轻武，重士轻吏，士族子弟挤破头都想入朝做一个“清官”，武将、郡吏等“浊官”（注5）那都是不屑为的。所以刘裕可从军凭借军功走一条“快车道”，但他起家就能做上七、八品的中级武官（其起点已超过乃父郡功曹刘翘了），仍可算是一种破格任用。这其中刘裕唯一的高门好友王谧应该有所帮忙，另外如前所述，刘裕的祖父刘靖与外祖父赵裔可能都曾率领流民北伐，刘家在以流民为主的北府军中应该颇有一些关系吧！总之，大概在三十岁左右，刘裕终于得以脱离赌鬼与草鞋小贩的生涯，成为了一名光荣的北府军军官。
而就在这期间，失去了北伐动力的东晋王朝陷入了一连串的内斗之中，曾经翻云覆雨的各大门阀势力以及司马皇族势力在这一连串内耗中同归于尽，刘裕等中下层北府军人走上前台的日子终于来临了！
东晋孝武帝太元二十一年（396年）九月庚申（二十日），孝武帝司马曜在后宫清暑殿中与宠冠后宫的宠妃张贵人一起喝酒。司马曜喝高了，对年近三十的张贵人开玩笑说：“汝以年亦当废矣，吾意更属少者。”张贵人听了后心中暗自愤怒，当夜竟然趁孝武帝喝醉熟睡之际，派婢女用被子把睡梦中的孝武帝给活活捂死了。随后，张贵人宣称皇帝乃“因魇暴崩”，也就是做噩梦给吓死了；如此拙劣的谎言，辅政“相王”司马道子（司马曜之弟）以及朝中各位大臣居然相信了，“遂不复推问”，对张贵人竟也不予追究了。
随后，十五岁的皇太子司马德宗即位，是为晋安帝。这位东晋的（实际上的）亡国皇帝比西晋的（实际上的）亡国皇帝晋惠帝司马衷情况更严重，司马衷只是智商比较低，司马德宗是根本没有智商。《晋书·安帝纪》说得还算委婉：“帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。”刘宋檀道鸾《续晋阳秋》则直指其“寒暑饥饱亦不能辨，饮食寝兴皆非己出”。不会说话，不知冷热，甚至没有生活自理能力，安帝很可能是智力残疾中最可怕的脑瘫或者孤独症患者，所以翻检所有的晋代史料，就没有晋安帝说过半句话的记载。在这种情况下，朝政自然就全都落在了他叔叔会稽王司马道子的手里，所以有些历史学者怀疑孝武帝以酒后戏言而被张贵人所弑乃真凶散布的谣言，但他被宫人弑杀应属无疑，从而暗示孝武帝之死很可能是会稽王父子及其党羽王国宝等人策划的阴谋（注6）。
不管其中有没有阴谋，司马道子就是孝武帝死亡的最大受益者。二十日晋孝武帝驾崩，二十一日晋安帝即位，二十三日有司便奏请司马道子为太傅、扬州牧，假黄钺（注7），司马道子虽固辞不拜，但朝廷仍诏令朝中内外一切大小事务都要请示他。如此，司马道子便由辅政的“相王”变成了东晋的摄政王，离皇位只有一步之遥！
而司马道子的心腹王国宝也由中书令（中书省副首长，与中书省首长中书监品秩相同）被提拔为尚书左仆射（尚书省副首长）、领选（注8），加后将军（注9）、丹阳尹（京畿重地之首长）。司马道子还将东宫兵士全交给王国宝掌管。一时间，王国宝“遂参管朝权，威震内外”（《晋书·王国宝传》）。
在这种情况下，晋孝武帝一党的大佬们可就不答应了。毕竟司马道子与王国宝一党只掌握着国都建康的兵权，而东晋最强的两支流民军北府兵与襄阳兵却都在孝武帝当年的心腹王恭与郗恢手里。另外长江中游的强大荆州军也在孝武帝宠臣殷仲堪的手里。
王恭，出身太原王氏，如前注所述，太原王氏是地位不在东晋四大一流士族之下的超级豪门，而且王恭的妹妹王法慧正是孝武帝的皇后，所以王恭作为外戚一向深得孝武帝信任，得以担任都督兖、青、冀、幽、并、徐及扬州之晋陵诸军事、前将军、兖青二州刺史，假节，镇守京口，执掌北府。
郗恢，出身高门高平郗氏，是太尉郗鉴的孙子，郗恢曾领太子右卫率（注10），所以也是孝武帝最信任的心腹，故得以掌握荆州北方前线的襄阳兵，为建威将军、雍州刺史、假节镇襄阳。解释一下，五胡十六国时期，北方青、徐、兖三州的流民多难逃至广陵、京口一带，而原先关中一带的流民，则大多是在“胡亡氐乱”（即前秦灭亡）之后逃难至襄阳一带，故“晋孝武始于襄阳侨立雍州，并立侨郡县”（《宋书·州郡志》），而雍州流民组成的军队，就被称为“襄阳兵”。
殷仲堪则出身陈郡殷氏，殷仲堪是当时著名玄谈家，常说自己三日不读《道德论》，就觉得舌根僵硬，孝武帝非常欣赏他的才华，乃召其为太子中庶子，彼此十分亲密。后来，孝武帝又将帝国的西边半壁江山交给了殷仲堪，让他担任都督荆益宁三州军事、振威将军、荆州刺史、假节，镇守江陵。荆州军战斗力虽不如两支流民军，但荆州的长江、汉江之间是山林蛮族聚居地，州府和他们也常发生战斗，这使得荆州军的战斗力也可一观。《通典·州郡典》称：“荆楚风俗，……杂以蛮僚，率多劲悍。南朝鼎立，皆为重镇。然兵强财富，地逼势威，称兵跋扈，无代不有。”更重要的是，“荆州居上流之重，地广兵强，资实兵甲，居朝廷之半”（《宋书·刘义庆传》），故“晋世幼主在位，政归辅臣，荆、扬司牧，事同二陕”（《宋书·何尚之传》史臣论）。可见殷仲堪这荆州刺史的地位，可不比扬州刺史司马道子低多少。
郗恢、殷仲堪虽然不属于东晋四大一流士族，但也属于门地二品的高级士族之列，长期以来外藩与中央的对立问题一直困扰着东晋王朝（注11），所以孝武帝决定提拔一些自己人来出任外藩，同时也可以制衡朝中四大一流士族以及相王司马道子的势力。
可如今孝武帝暴死，司马道子一党把持了朝政，这些先帝安排的外藩们自是有些恐慌愤懑，殷仲堪、郗恢还算情绪稳定，但王恭可就气炸了。《晋书·王恭传》上说，他“少有美誉，清操过人，自负才地（《建康实录》作“门地”）高华，恒有宰辅之望”，虽然他妹妹王法慧无子早逝，已做不成主政太后，但他仍将自己当做国舅，迟早是要做宰相的，怎么能屈居王国宝此等小人之下（注12）。另外王国宝与王恭虽都出自太原王氏，但王恭出自曹魏王昶这一支太原王氏直系，而王国宝出自王昶兄子王默这一支系，王恭作为直系自然也是看不起支系的。
而且王恭私下里也非常怀疑妹夫孝武帝之死，毕竟皇帝被弑这么大的事情，司马道子竟然也不追查不追究？而且孝武帝去世当晚，消息还没传开，中书令王国宝就深夜前来，叩打禁宫的大门，竟然打算进去替皇帝撰写遗诏，幸被王恭之弟侍中（注13）王爽阻止。田余庆认为，以其时内外形势度之，王国宝诈诏，不管是否涉及皇位继承问题，都会有处置强藩、抢夺要冲的目的。（注14）。
于是，孝武帝暴毙仅半年后，晋安帝隆安元年（397年）四月，王恭在得到了殷仲堪的声援后，愤然上奏章陈述了王国宝的罪状，然后正式出兵，请求清君侧。
当然，王恭这种“清操过人”的门阀贵公子是不可能会打仗的，《晋书》称其“不闲用兵，尤信佛道”，此前在对阵北方胡族时就未打过一次胜仗，更因曾败于鲜卑慕容，军号由前将军降为辅国将军。总之北府兵虽然是把神兵，但王恭根本使不动，他急需一个“操刀手”。于是，当年淝水之战时叱咤风云的北府名将刘牢之被王恭请出来当了自己的司马，并兼任南彭城内史，加辅国将军。
刘牢之的出身其实比刘裕要高一些，乃雁门太守刘羲之曾孙，征虏将军刘建之子，可谓出身将门，但在东晋门阀当道的时代，刘牢之只被当作一介武夫，妥妥是个被利用的工具人。当年淝水之战，刘牢之“领精锐为前锋，百战百胜，号位北府兵，敌人畏之”，可以说是是北府军的一杆旗帜。后来，谢玄与刘牢之又率军北伐，收复了不少地盘，甚至还在邺城一度击败过当鲜卑战神慕容垂。但如前所述，对于北伐，东晋门阀大多没有热情，谢玄卸任之后，失去了高层支持与后勤供应的刘牢之被迫一路南撤，最终还被安了一个怯弱畏敌的罪名，罢官回家。
此后，其他北府宿将亦日就零落，他们分散于淮北、淮南各州郡及其他军府，不再自成系统。刘牢之回归之后，曾长期被置于边裔的北府将亦纷纷随之南返，京口北府兵恢复了对建康举足轻重的地位（注15）。刘裕加入孙无终幕府成为一名军官，应该也就在此期间。
淝水之战后，北府这把最锋利的“倚天剑”入鞘十余年，如今再现锋芒，却是为了门阀之间的内斗，令人感叹。
获悉当年名将刘牢之率强大北府兵杀来，司马道子与王国宝都大为恐慌，王国宝吓得立刻辞官待罪，司马道子也来了个弃卒保车，在王恭声讨王国宝仅十天后便下诏赐王国宝自杀，并收斩王国宝党羽、族弟王绪。然后司马道子又派使者去向王恭表示深深的歉意。事已至此，王恭出师无名，只得班师回到京口。
注1：《宋书·宗室传》：“长沙景王道怜，高祖中弟也。初为国子学生。”国子学兴建于晋武帝咸宁二年（276年），其宗旨与太学不同，乃是专门让贵族子弟入学的。案《南齐书·礼制上》“（西晋惠帝时）官品五品以上（子弟）得入国学”以及《通典·礼一三》云“（东晋孝武帝时）选公卿二千石子弟生（入国学）”，国子祭酒殷茂更表示“国学生皆取冠族华胄，比列皇储”（《宋书·礼志》），总之无论哪个标准刘道怜当时都没有资格入国子学，这应当是臧焘走关系得来的名额。东晋后期国子学似乎有不少关系户，所以殷茂又说：“而（国子学）中混杂兰艾，遂令人情耻之。”
注2：东晋南朝有限年之法，见《梁书·武帝纪上》：“甲族以二十登仕，后门（低级士族）以过立（三十而立之年）试吏。”刘裕出身后门，自然必须年过三十才能出仕。刘裕的二弟刘道怜也是在31岁公元398年才被徐州刺史谢琰征辟为从事史。
注3：祝总斌：《门阀制度》，载白寿彝主编；何兹全分册主编《中国通史》第5卷上册，上海人民出版社，1995年。
注4：李济沧通过对“乡品”称谓的探讨，看到南朝时中正根据乡里社会的乡论、清议决定官僚候选人“乡品”的结构依然如旧。也就是说直到南朝，强大的乡里舆论仍在发挥作用。参阅李济沧：《东晋贵族政治史论》，江苏人民出版社，2016年，第57-75页。
注5：魏晋时有“清官”“浊官”之分。“清官”的“清”指的不是清廉，而是“清逸”，是一种与世俗事务保持距离而以文化素养自持的态度。故“清官”指的是朝廷里那些地位高而又事情少的侍从顾问、文翰著述性的官职，而“浊官”指的是那些事务繁杂而又不受尊重的军事、法律、行政类官职。简单来讲，清官就是坐而论道、光说不练的贵族官；而浊官则是作而行之、真抓实干的庶务官。而由“清官”起家迁转之仕途，又被称为“清途”，乃高级士族子弟之专有，低级士族之“俗吏”、“将种”是决不能染指的。
注6：吕思勉：《两晋南北朝史》，上海古籍出版社，1983年，第279页。
注7：按《宋书·百官志》：“假黄钺，则专戮节将，非人臣常器矣。”各藩镇的都督大多是“使持节”（可杀刺史以下），但司马道子的“假黄钺”可以“专戮节将”，如此各藩镇诸侯的不满可想而知。
注8：主管官员选举的官员本为吏部尚书，如果由仆射等上级官员总领选举时，则称为“领选”或者“掌选”。
注9：汉代的常设将军只有八号，魏晋时将军发展到一百多号，并由军职发展为军阶——其功能类似今天的军衔。不仅武官，文职也经常用军号标志位阶。关于门阀的品官特权与品味特权，可参阅阎步克：《波峰与波谷：秦汉魏晋南北朝的政治文明》，北京大学出版社，2017年，第137-143页。所以我们看到王羲之（右军将军）、王国宝等文官其实并不领兵，但亦有将军号。而到了南北朝后，军号进一步增加至两三百号。由此可见，和平年代将军制度往往会趋于简化，而战乱频仍之时，各种军号就伴随着四起的狼烟一起增殖了。于是，地方行政的军事化色彩日益浓重，不仅州牧、刺史，郡守带军号也成了经常现象，甚至县令也有带军号的。大略说来，“将军”之号向将校以及各类官僚的普授、滥授，便是其虚衔化、位阶化的最主要动因。关于魏晋南朝将军号的散阶化，可参阅阎步克：《品位与职位：秦汉魏晋南北朝官阶制度研究》，中华书局，2023年，第299-309页。
注10：东晋皇权不稳，所以对太子的护卫特别留神，不敢含糊。西晋时，太子东宫只有左中右三卫率，东晋孝武帝之后却总共有了五个卫率（前后左右中）的强大禁军，精兵在万人以上。
注11：东晋时期皇权不振，北方战乱又使各州纷纷扩充军队，加之州府向百姓征收粮赋，可以优先供养本州军队，有富余才上缴朝廷，便出现东晋一朝各州相对独立的局面，而这也是维系东晋贵族门阀的共和政治的基础。参阅李硕：《楼船铁马刘寄奴：南北朝启幕战史》，2020年，文津出版社，第37页。
注12：王国宝是东晋名臣、中书令王坦之之子，且是宰相谢安的女婿、儒学名士范宁的外甥，还是司马道子王妃的堂兄，可谓门地清华，但此人偏偏“少无士操，不修廉隅”，得志后更“贪纵聚敛，不知纪极，后房伎妾以百数，天下珍玩充满其室”，在门阀之中也算是相当没有节操的。
注13：三省中之门下省首长，位居三品，乃皇帝侍从长。
注14：田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第267页。
注15：田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第279页，282页。
