上文有叙——因为‘顾念戚谊’、有心偏袒渎职犯事的表哥恒秀、结果被乾隆帝给痛斥了一顿之后，福康安的情绪一时间也有些蔫萎，办什么事都是心不在焉一样；有鉴于此，乾隆帝便顺势将其由四川总督改任为云贵总督，以使其稍稍减轻一下政务方面的压力（云贵总督比四川总督的军政事务要少一些）。
另外，因为此时已经到了寒冬时节，所以乾隆帝特地又赐给福康安御用的黑狐大腿褂，以示宠眷照旧、信任如故（让福康安不要多心、不安）。
就在福康安改任为云贵总督之时，乾隆五十八年（1793），湘、黔、川、鄂边界一带发生了特大的旱灾，各省粮食纷纷歉收，百姓生活日益艰难。
而当时朝廷虽有‘减免赋税’的恤民旨意，可相关省份的地方官员们、以及绝大部分的大中级别土豪地主们，为了各自的利益仍照常向佃户催租逼债，分派徭役，使得这些地方的受灾普通百姓几乎无法继续生存下去。
乾隆五十九年（1794）秋，贵州省松桃厅大塘汛大寨寅（今贵州松桃县长兴堡镇大寨寅村）当地苗族首领石柳邓，因为被官府和地主们盘剥已久、苦不堪言，于是联合了走投无路的四川秀山（今属重庆）青龙屯汉族百姓，共同起来反抗官府的压迫和剥削，率大寨寅苗民赶到秀山，与当地百姓一起进攻秀山土司衙门，又捣毁了衙门的部分建筑，还瓜分了土司所储存的粮草、财物。
此后，石柳邓率苗汉百姓打退前来镇压的清军官兵，其声势越来越大，迫使当地官府不得不减免了本地百姓一年的赋税。
成功击败官府压迫的石柳邓在返回了松桃大寨寅老家后，因为担忧官府秋后算账、又不再想继续忍受官府和地主的压迫剥削，于是开始四处联络反清势力，并与川、湘、鄂三省边界的‘白莲教’组织取得了联系，意在共同起义、推翻清朝的残酷统治。
乾隆五十九年（1794）十二月，为完成计划中的‘反清大业’，石柳邓亲自赶到湖南凤凰厅（今湖南凤凰）鸭宝寨苗百户吴陇登家中，与吴陇登以及湖南永绥厅(今湖南花垣)黄瓜寨寨主石三保、乾州厅平陇（今湖南吉首社塘坡乡平陇村）人吴八月，苗族女首领石乜妹（一说即吴八月妻子石舶柳）等人见面，秘密商议反清起义事宜。
诸人见面商议之后，就于当地的土地庙前同饮血酒，发誓反清起义、血战到底。石三保本人不识字，认为表兄吴八月会读写、有见识，便让吴八月为此次起义书写文告，宣传义军举措、反对清朝统治的政治主张。
此后，石柳邓紧急返回大寨寅，组织苗族百姓在寨内演练阵法、打造武器，准备起义前的诸项准备。与此同时，吴八月与石三保在黄瓜寨商定了起义日期，派人分别送信给石柳邓、吴陇登，以及共同参与起义的苗族首领吴半生、吴廷举、石乜妹，定于乾隆六十年（1795年）二月初二，分别在乾州、凤凰、松桃、永绥四厅同时发动起义。
然后，由于准备起义期间封锁消息不严密，导致石柳邓在大寨寅的演练、打造兵器行动外泄到当地官府耳中；因此，清军当地守将、绿营松桃协都司孙清元会同了松桃同知沈丙，纠集三百人的军队以及民壮衙役，于乾隆六十年（1795年）正月十六，出兵偷袭了大寨寅。
得知清军出兵前来镇压，石柳邓毫不畏惧，当即宣布提前起义，并自任统兵元帅，率大寨寅义军杀出了重围，随即通知参与起义的各苗寨提前发动。趁清军反应不及之际，石柳邓一鼓作气带着援军又杀回大寨寅，击败清军并把他们赶回了松桃城中。
紧接着，石柳邓先派人通知湖南境内各地苗族义军赶快提前行动，再兵分三路向地方官府发起了猛烈进攻；义军分兵进攻秀山、松桃，及盘石汛、正大营。震动西南的‘乾嘉苗民起义’至此爆发！
石柳邓所率的三路义军起兵后所向披靡、势不可挡；短短几天之内，秀山下辖的乡甲大部分都被攻陷，盘石汛随后也被拿下；义军随即合围松桃城，迫使守城的清军弃城后爬上了城南的云落屯上死守顽抗。
石柳邓率部起义后，贵州思南、印江及镇远等地四十八溪地方的苗族百姓纷纷起来响应，合计上万人参与起义，围攻清军；而贵州正大营内的绿营提督和总兵也被义军包围在营中，束手无策、无计可施，只得不停地向京师发出求援急报，请求朝廷出兵平乱。
石柳邓所率义军在贵州松桃率先起义并初战获胜之后，消息很快传到了永绥黄瓜寨，石三保、吴八月当机立断也决心马上发动了起义，以响应石柳邓。
永绥、乾州、凤凰三厅的平陇、关后溪、两岔溪、龙爪溪、犁口嘴、龙牙、雀儿寨、九十九峒、寨阳、矮板、捧风坳、廖家寨、木营、秦头坡、三岔坪、地岑坡、牯牛坡等数十个苗寨，都受吴八月的邀约，会聚平陇，准备起义事宜。
乾隆六十年（1795年）正月二十一，石三保、吴八月在平陇鸣地炮九响，当众宣布正式起义，响应贵州义军的反清行动。而当地清军守将、绿营乾州厅游击陈纶闻讯后率军赶至平陇，想要镇压起义，但却被义军一举击败，人仰马翻后狼狈逃窜回乾州，龟缩不出。
此后，石三保、吴八月、吴廷举、吴满儿等起义军首领顺势率军包围了乾州城，并于正月二十三破城，乾州厅同知（当地官府最高官员）宋如椿受伤后自刎而死，乾州巡检江瑶携乾州厅大印逃跑，也被义军斩杀于北门，乾州厅内外都被义军所控制。
另外，吴陇登也与苏麻寨苗民首领吴添半（吴天半、吴半生）在凤凰发动起义，围凤凰厅城，虽然没有破城，但也将清军堵在城内，无法出兵支援乾州等地。
随后，吴八月再度挥师东进，进攻浦市、泸溪（今湖南泸溪县），一直攻打到麻阳、辰溪等地边界上。
至此，义军的攻势南到贵州铜仁、松桃，西到四川秀山、酉阳，北到湖南古丈、保靖，控制区域达到湖南、四川、贵州三省交界区域内的十三个厅县，起义已呈现燎原之势，起义军的人数也迅速增加到十万人。
各路义军自举行起义后势如破竹、节节胜利，贵州松桃厅、湖南永绥厅、凤凰厅、乾州厅等地的苗汉百姓纷纷起来响应；石柳邓又不失时机地提出了‘穷苦兄弟跟我走，大户官吏我不要’的起义口号，使得普通百姓尽心拥戴、义军的声势迅速壮大，极大地震慑了清朝在西南地区的统治。
贵州、湖南总督、巡抚一面急忙派兵镇压，一面不断上报朝廷向乾隆帝告急。乾隆六十年（1795年）二月，垂垂老矣、即将内禅退位的乾隆帝不愿意自己的晚年惬意退休生活被苗民起义所败兴打断，于是下旨命相关地方官员‘痛加剿洗’，又紧急调动了湖南、云南、贵州、四川等省的十八万万清军出动镇压。
时任云贵总督的福康安也奉诏出征，会合了四川总督和琳（和珅之弟）、湖广总督福宁、一等侍卫都统额勒登保、湖南提督刘君辅，分四路向义军湘黔边区根据地进行大举围剿进攻。
福康安亲率湖北荆州八旗、四川金川屯练番兵，于二月底开始进攻正大、松桃等地，三月初四福康安抵达铜仁，四月初三击败石柳邓义军后进入了松桃城。
进军路上，福康安与四川总督和琳所率的清军对义军进行了南北夹击，清军在长兴五里牌会合后直扑石柳邓义军主寨大寨寅，以优势兵力四面合攻，将之前‘苗寨星罗、人烟稠聚’的大寨寅地区给付之一炬，还杀害了无数的汉苗老弱妇孺百姓。
石柳邓所部贵州义军遭遇福康安及和琳的优势军队合围后局势十分 不利，起义也几乎 被清军镇压下去。为了保存义军的实力，石柳邓率部从松桃突围，辗转湖南境内，与石三保所率义军会合。
石柳邓与石三保合军后，于乾隆六十年（1795年）四月在天星山召开了紧急会议，与吴半生、吴廷举、吴陇登、石乜妹等义军首领一起商讨如何应对清军来攻的作战方案。
就在这次大会上，在义军中威望最高的石柳邓谢绝了众人拥戴他为王的提议，并从大局出发、联合诸人一致推举吴八月为义军最高首领，号称‘吴王’(假称吴八月是吴三桂转世，继续领导大家进行反清大业)。
吴八月则封石柳邓为‘开国将军’，石三保为‘护国将军’，吴半生为‘翻天将军’，石乜妹为‘超男将军’，吴陇登为义军对外联络官（这个任命也埋下了日后的隐患）。
分封结束、会议完毕后，吴八月与各位首领商议决定执行‘官有万兵，我有万山，其来我去，其去我来’的游击作战方案，决心充分利用湘西大地的天然山形水系，一边修建木城石卡阻挡清军，一边采取游击战方式以分散清军的兵力，最终达到御敌获胜的目的。
同时，吴八月等人在目前所控制的管辖区域内推行了新的土地分配政策，把从官府和驻军手中夺回的‘厅田、军田’全部分给了贫困百姓耕种，这就使得广大地湘西汉苗青壮年‘情愿参与义军、一同抗击官兵’，去争取新的共同利益和战果。
乾隆六十年（1795年）四月中旬，为了抢在福康安、和琳，以及奉诏前来参与镇压起义的都统衔护军统领额勒登保率军从贵州赶到湖南境内继续攻打义军之前获取‘平乱’的战功，
时任湖广总督福宁率湖南提督刘君辅、贵州提督彭廷栋、永州镇总兵苏灵等将领提前从泸溪出发，扬言要一战击败义军、收复乾州（吉首）。
在福宁所部清军大举来攻之下，吴八月亲自率义军应战，并在险要之地设下伏兵，以诱敌深入战书将包括福宁在内的数十名清军高级将领全部包围在伏击圈中，全歼福宁进犯苗疆所部六千余人。清军主将福宁是狼狈地钻进了辎重车抱头鼠窜，才免战死或被俘，这就是震惊了乾隆帝以及清朝中枢统治阶层的“狗爬岩大捷”；义军由此巩固并继续开拓义军所掌握的管辖区域。
福宁战败后，乾隆帝大怒之下命福康安与和琳、额勒登保火速进军湘西，以攻灭渐成燎原之势的起义军；随后，福康安奉诏与和琳、额勒登保合军，自铜仁进入湘西，直驱凤凰厅吴半生义军所占据的区域。而吴半生则在凤凰厅大鸟巢河一带，阻击福康安所部大军达半年之久，使得清军不能顺利合围吴八月义军主力。
由于福康安部清军被阻击于凤凰，所以各路清军虽先后赶至苗地作战，但无法对吴八月、石三保、石柳邓义军位于以坪垄为中心的抗清根据地实施合围作战；并且由于当地的天然地形水系条件对处在攻击方的清军不利、却十分有利于义军的坚守，因此清军虽多如蚂蚁，但在进攻中处处碰壁、次次挨打，不断惨败。
尤其是登高坡之战中，湖南提督刘君辅所率的清军再一次被义军大败，刘君辅在作战中遍体鳞伤，勉强只身逃脱，其部下则大多变成了义军的刀下之鬼。
在军事行动方面迟迟打不开局面之下，清朝中枢采用了原宁洱知县、现以同知直隶州身份赴湖南军营中主司饷运事宜的傅鼐的意见，先招抚流亡百姓，建团丁壮班以安定地方，又在要害之地修筑碉堡，防备苗义军出没以稳固防守，用这样的办法来慢慢‘困死’义军。
此外，傅鼐在接任凤凰厅新任同知，成为当地最高行政官员后，又吸取了之前的教训，采取‘以苗治苗’策略，用高官厚禄来引诱、拉拢义军中的意志不坚定者，最终分化义军、各个击破。
在清军军事进攻和厚禄收买的双重措施下，义军中的某些投机分子很快就被拉拢、收买过去；参加起义前就是当地苗百户的凤凰厅鸭保寨寨主吴陇登，因为在‘天星山分封’中没有获封‘将军’头衔，而仅仅只是负责对外联络事宜，没有在义军中获取更大的权力和利益，因此早就对吴八月、石柳邓等人心怀不满，想要在义军中新划自己的权力范围、甚至于‘退伙、单干’。
就在此时，四面围攻的清军以‘高官厚禄、翎顶品级’的巨大利益条件（即以官秩和金银对义军进行招抚和利诱，收买叛徒）开始分化、引诱义军中的意志不坚者，这就恰好满足了吴陇登目前已经掩饰不住的私欲和野心。
于是，在朝廷的官爵利益诱导下，吴陇登很快与清军在私下里建立了联系并达成‘反正’协定，预备叛变起义背刺义军。
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