乾隆五十七年（1792年）闰四月十八，福康安、海兰察及新任四川总督惠龄由后藏日喀则前往江孜，督运军粮准备发起进攻。四月二十五，福康安亲往绒辖（今西藏定结县境内）、聂拉木（今西藏聂拉木县）察看军事地势，定下了后续的进兵路线。
闰四月二十七，福康安由藏廓边境的第哩浪古（西藏定日县）进兵，于五月初六行至擦木（今西藏吉隆县宗喀镇南）附近，与四川提督成德会师，并决定由擦木、济咙（今西藏吉隆县）向南攻入廓尔喀本土。
当时擦木两山夹峙的山梁都由廓尔喀军驻扎，难以攻取。但福康安乘夜色派兵冒险进攻，兵分五队深入敌寨左右的山梁堵截、迂回进攻，而海兰察亲领精锐从正面直攻敌寨，福康安则坐镇后方督军往来截杀，指挥作战。
激战至次日的黎明时分，福康安终于督战登上山梁，击毁两丈余高的敌军修筑城垣，短兵相接后攻克了防守坚固的碉寨，斩杀二百余人，在滂沱大雨中成功夺取了擦木。
五月初八，清军乘胜进至玛噶尔辖尔甲，然后击溃了由济咙前来支援并迎战的廓尔喀军。五月初十，清军再攻济咙，廓尔喀军在济咙建有防守要塞，设下诸多碉卡，相互援应成犄角之势。福康安则分兵出击，先攻各辅寨，再以主力攻中坚要塞。
清军以木梯前赴后继登寨，击毁石垒，再用大炮不断轰击主寨，历经苦战后终于成功占领济咙廓尔喀军要塞，攻克木萨桥，并斩杀六百余人，俘二百余人，廓尔喀军将领咱玛达阿尔曾萨野同时被俘。
至此，清军廓清了自擦木至济咙边境的廓尔喀入侵军，而藏地被廓尔喀占据的全境都已收复，福康安所率清军已经抵达了藏廓边境。乾隆帝闻讯福康安出兵初战告捷后十分欣喜，特赐福康安御制‘志喜书扇’，再加御用佩囊，以示嘉功之意。【伯虎42首发】
擦木、济咙之役结束后，廓尔喀朝野上下胆战心惊，唯恐清军会乘胜攻入境内报复大掠；于是，廓尔喀国王喇纳巴都尔（即拉纳·巴哈都尔·沙阿）主动放回了之前在入侵后藏时于冲堆所俘虏的绿营教习军官王刚、噶厦宗本官塘迈，并委托他们带回一封廓尔喀主动要求讲和停战的‘求和信’。
但福康安在赶赴藏地之前，就曾在京师被乾隆帝面授机宜——乾隆帝认为廓尔喀贪得无厌、藐视天朝，擅自攻伐劫掠藏地，不严惩不足以震慑狂妄宵小之徒，所以即使大军反击获胜，廓尔喀惨败后请降议和，清军也必须攻入廓尔喀境内，占领其国都，迫使其王纳土归降，才能一劳永逸地实现藏地边境永久安宁。
于是，得到乾隆帝临行前诏命的福康安干脆地回信给喇纳巴都尔，拒绝与廓尔喀休战讲和，并命令大军乘胜继续前进。
乾隆五十七年（1792年）五月十三，福康安率军由济咙出发，在海兰察、成德、台斐英阿、阿满泰等将领的协助下沿吉隆河东岸南下，先进至索勒拉山（今西藏中尼边境一带），再于当月十四越过藏廓边界的摆吗奈撒，追敌至济咙西南八十里外、廓尔喀境内的热索瓦（尼泊尔地名），与廓尔喀守军隔着热索河展开了对峙。
热索河是吉隆河的支流，廓尔喀人在其上建有木制的浮桥，即为‘热索桥’。当清军大举攻来之时，廓尔喀兵在热索河北岸的索喇拉山上紧急修筑了高大石制碉楼一座，在南岸临河处又建碉楼两座，并将热索桥上的木板全部撤去，沿河两岸重兵据守。【伯虎42首发】
五月十五，福康安指挥清军佯攻河北岸的廓军主碉楼，另外暗中派遣副都统阿满泰大金川屯田土兵（即当年第二次大小金川之役中的降兵，熟悉碉楼攻防、且善于登山疾行）翻越了热索河两岸的高山，绕道迂回至热索河上游六七里隐蔽处，直接伐当地巨木做成木筏，再渡河后沿着南岸疾行，突袭了南岸的廓尔喀军临河碉楼。
南岸廓尔喀军在毫无戒备之下被清军偷袭，于是慌不择路出石卡抵御，而北岸的清军主力则乘机搭木板架在桥上渡过热索河，两面夹击之下一举夺取了两岸的三座石碉，大败廓尔喀守军，这就是‘热索桥之战’。
‘热索桥大捷’之后，福康安率军越过喜马拉雅山南麓的崇山峻岭，进至密哩顶，然后抵达了旺噶尔（均在尼泊尔境内），深入廓尔喀国境八百七十里，一直打到距廊尔喀都城阳布（今尼泊尔加德满都）一百余里的雍雅（今尼泊尔境内）。
当时，得知清军将至国都时，廓尔喀沙阿王朝举国震惊，因此其国王喇纳巴都尔（即拉纳·巴哈都尔·沙阿）仓惶离开阳布，逃往临近英属印度的边境上去避祸。
而留守的摄政王巴都尔萨野（即巴哈都尔·沙阿）则紧急召见在沙堆被廓尔喀军所扣押软禁的噶厦噶伦丹津班珠尔，请其转告口信给福康安——
廓尔喀之所以出兵侵犯后藏，都是逃亡廓尔喀的十世夏玛巴曲朱嘉措的指使和挑唆，现今曲朱嘉措已死（诡异得很，十世夏玛巴恰好在这个时候突然去世了，至于是怎么死的，那就可以想象了），廓尔喀上下也‘幡然悔悟’，请求与天朝休兵议和，并保证归还从扎什伦布寺劫掠来的财宝法器，赔偿在冲堆、扎木遇袭（前往谈判时被廓尔喀军偷袭）而不幸死亡的官兵命价；这就相当于廓尔喀已经再次向清军主帅福康安发出‘乞降信’了。
另外，为了做好两手准备，巴哈都尔·沙阿又派人向英属印度殖民政府（东印度公司）出使请求援助，希望能得到英国的武器弹药支持和人员。但英印总督康沃利斯侯爵在接到廓尔喀求援信后，出于在广州的贸易活动将会因援助廓尔喀而受到影响的考虑，于是拒绝了巴哈都尔·沙阿提出的‘东印度公司出兵出物资援助’的请求。
但康沃利斯后来又觉得这件事是乘机控制廓尔喀沙阿王朝与英属印度进行商业贸易活动的绝佳机会，于是便派海德拉巴土邦执政官克尔帕特里克率英印使团随廓尔喀使者返回阳布，进行外交及商贸沟通活动。
就在沙阿王朝派人前往英属印度寻求援助的同时，乾隆五十七年（1792年）六月二十五，廓尔喀官员‘噶布党普都尔帮里、噶箕朗穆几尔帮里、乃尔兴、巴拉巴都尔哈瓦斯’（都是直接音译）四人及随员二十余人，奉摄政王巴都尔萨野（巴哈都尔·沙阿）之命来到清军在雍雅的大营拜见福康安，并将去年在藏地冲堆所掳走软禁的噶厦噶伦丹津班珠尔、官员扎什端珠布，以及藏军军官聂堆、绿营教习官卢献麟、冯大成等人送还给清军，同时再次提出‘罢兵议和’的请求。
面对廓尔喀方面的‘乞降’，福康安当面告知廓尔喀诸求和使者，让他们转告摄政王巴都尔萨野，必须遵办五条事宜，方准廓尔喀请和归顺——
一、廓兵须退出噶勒拉、堆补木、甲尔古拉、集木集等处山梁；
二、廓尔喀王喇纳巴都尔、王叔巴都尔萨野亲自前来议和；
三、将潜逃至廓尔喀（且已死）的十世夏玛巴尸骨及其追随徒众交出；
四、将廓尔喀所劫掠的扎什伦布寺财宝法器全部归还；
五、乾隆五十四年廓尔喀与丹津班珠尔私订之和议作废，所谓藏地‘交付赎地银’之事不得再提。
当时，以噶布党普都尔帮里为首的廓尔喀使者们，面对福康安所提出的‘和议五项事宜’时唯唯诺诺，不敢立即应承下来，只说回去后向摄政王（巴都尔萨野）面奏，请摄政王定夺；随后福康安派清军将廓使送还。【伯虎42首发】
但七天之后，廓尔喀一方并无任何回音，且廓军仍旧占据着旺噶尔、旺堆、协布鲁、克堆寨诸处险要山梁，与清军继续对峙（巴都尔萨野这是在等待出使英印使者带回的‘英军来援’好消息，以为抵挡清军进攻的最后手段）。
连等了数天都没有得到廓尔喀方面的‘和议答复’，福康安认为这是廓尔喀统治者的缓兵之计，以拖延时间、求得转机；福康安及诸将不肯坐失时机，于是率军出营，沿路攻打敌军驻守的碉寨。
旺噶尔的西南有大河横亘，旺堆、协布鲁、克堆寨也有廓尔喀军修筑的碉楼，准备以此据守对抗清军；而清军攻到旺堆后，因难以渡河。
于是福康安留下部分军队牵制廓尔喀守军，以副手海兰察率索伦士兵迂回至大河上游、将士们身上绑着木头强行渡河，在廓尔喀军防守不严的情况下，迅速逼近克堆寨并大败廓尔喀守军。
之后，清军兵分三路继续进攻，直驱噶勒拉山，攻克了甲尔古拉、集木集（均在中尼边境一带）的险要碉寨。其间清军六战六捷，斩杀廓尔喀军四千余人，三路大军都取得了胜利。七月初一，福康安、海兰察、台斐英阿、阿满泰等人率军进占甲尔古拉山的帕朗古，此地距阳布（加德满都）只有咫尺之遥了。
在连战连捷之下，亲率大军万里出征、功业昭昭的福康安内心中不免有些‘狂纵自满、洋洋得意’，认为‘大军势如破竹、阳布旦夕可下、庶几可奏全功’；于是在骄满之意的驱使下，福康安在指挥作战时居然‘拥肩舆、挥羽扇’，自比武侯（诸葛亮）在世，轻敌之心不可稍抑。
大将主帅都是这个心绪和做派，那么基层将士的‘骄横轻敌之心’更加显露，疏忽懈怠思想在清军全军中蔓延开来，都认为只要最后一击，廓尔喀必将土崩瓦解，其王当‘俯首称臣、白衣出降’；而就在这种骄傲轻敌的懈怠思想影响下，清军即将遭遇自出征以来的最大、最惨烈一败。
乾隆五十七年（1792年）七月初二，福康安指挥清军向噶勒拉、堆补木一线进攻，意欲直取阳布、生擒廓尔喀摄政王巴都尔萨野。在这即将亡国的危急时刻，巴都尔萨野以及留守的廓尔喀军队不得不背水一战，在甲尔古拉山的‘帕朗古’集中最后的力量，设下埋伏以待清军。
而因之前连战连胜导致上下轻敌骄纵、作战松懈的清军进攻至帕朗古时，廓尔喀军队先是佯装不敌撤退，然后诱清军进入了灌木丛生的树林之中，再三面放火烧林，将清军围困其中不得脱困。
清军因毫无防备，被烈火攻击而遭遇失利，统兵将领——都统衔护军统领台斐英阿、副都统阿满泰、二等侍卫莫尔根保、二等侍卫英贵、绿营将领张占魁等人英勇战死，士卒也损失惨重。【伯虎42首发】
而清军主力失利后，廓尔喀军抓住时机大举反攻，几乎将福康安的主将中营击破；最危急时刻，廓尔喀军已经杀到福康安的‘肩舆’前，几乎将‘手握羽扇’的福康安给当场乱刀砍死；幸好是海兰察及时率军回援赶到，这才击退了强弩之末的廓尔喀军，保护了主帅的安全（要是福康安真的被廓尔喀军阵斩，那笑话就大了！）
这就是清军‘征廓之役’中最惨痛的失败——‘帕朗古之战’。
帕朗古之战惨败后，清军上下士气为止一堕，福康安也不复之前的‘骄纵自满’心态；而廓尔喀水土恶劣、且霖雨不止，清军阵中因疫病（高反病）亡故者不计其数，止兵帕朗古不前，已经失去了攻克阳布的先决条件和最佳时机。
而廓尔喀侥幸得胜后，因军事实力上的巨大差距，也不敢继续与清军交战，于是在乾隆五十七年八月初八派出了以噶箕第乌达特塔巴为首的第三批‘和议’使者，来到清军帕朗古大营，向福康安再次提出‘罢兵归诚’的请求，承诺退回在扎什伦布寺劫掠的财物法器，今后再不侵犯藏地疆域；噶箕第乌达特塔巴并请代替国王（喇纳巴都尔）、摄政叔王（巴都尔萨野）进京朝觐纳贡。
八月十九，经奏请乾隆帝并得其谕旨同意：
“今已届深秋，即可趁其畏惧哀恳，传旨允准，将其紧要头人带回进京瞻觐，具表纳贡，虽系下策，但为气候所限，亦不得不如此办理。”
福康安准许了廓尔喀的‘归降’请求，双方正式罢兵；八月二十一，清军从帕朗古撤军，九月初四，清军自廓尔喀境内全部撤回了济咙，清军‘二征廊尔喀之役’宣告结束。
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