乾隆五十七年（1792年）七月，万里出征翻越大雪山攻入廓尔喀境内的清军，在经历了‘帕朗古之战’惨败、且主帅福康安也差一点战死沙场后，不得不中止了‘直捣阳布’的作战行动；而坐拥地利的廓尔喀军侥幸得胜后，囿于与清军在军事实力上的巨大差距，也不敢冒险与天朝上国（清朝）继续交战，决心见好就收。
于是，廓尔喀摄政王巴都尔萨野于八月初八主动派出和议使者前往清军大营，向清军主帅福康安再次‘请和’，还承诺退回廓尔喀军在扎什伦布寺所劫掠的财物、法器，保证再不侵犯藏地。
而福康安经奏请乾隆帝并得其谕旨同意后（按时间算，京师到万里之外的雪域，其往来信息传递没那么快，也许福康安出征时，早就得到了乾隆帝事先批准的在外自主决定权背书），准许了廓尔喀的‘归降’请求，罢兵停战。
乾隆五十七年（1792年）八月二十一，清军从廓尔喀撤军，至九月初四全部撤回后藏济咙境内，乾隆帝‘十全武功’的最后一战‘廊尔喀之役’至此结束（十功者，平准噶尔为二，定回部为一，扫金川为二，靖台湾为一，降缅甸、安南各一，即今二次受廓尔喀降，合为十——《十全记》）。
而清军自廓尔喀境内撤军之后，福康安委派参战的四川建昌镇总兵穆克登阿（即当年以正红旗鸟枪护军身份随福康安堂兄、云贵总督明瑞第三次征缅，并因明瑞断后掩护而得以生还的勇士之一）勘察藏、廓两地边界，设立界桩，以此永为边界；十月十五，福康安率军班师回到了拉萨。
乾隆五十七年十二月二十三（阳历已是1793年1月份），按之前的‘和议’内容规定，廓尔喀朝觐贡使抵达了京师，先拜见大学士和珅以商议觐见乾隆帝的礼仪流程；次日，贡使正式觐见了八十三岁高龄的乾隆帝，代表廓尔喀国王（及摄政王）奉表称臣纳贡，进献象二、马四、乐工一部。
十二月二十七，乾隆帝下旨恢复了廓尔喀国王喇纳巴都尔（拉纳·巴哈都尔·沙阿）的王爵、以及摄政王巴都尔萨野（巴哈都尔·沙阿）的公爵名号。至此廓尔喀（尼泊尔）也恢复了中原王朝‘藩属外臣’的名份，此后清、廓两国的宗藩关系一直持续到清末辛亥年为止。
就在廓尔喀沙阿王朝与清军达成议和协议之后，由克尔帕特里克所率领的英印使团才姗姗来迟、到达了阳布，并希望同廓尔喀统治者就武器供应、商贸往来之事进行详细地会谈。但摄政王巴都尔萨野（巴哈都尔·沙阿）以廓尔喀已与天朝达成和议为由，干脆地拒绝了英国人不怀好意的建议，并将使团礼送出境。
当初，在福康安奉旨准备率军入藏驱逐廓尔喀军队、恢复藏地安定局面、入宫向乾隆帝陛辞时，乾隆帝特别交待福康安——此次入藏反击廓尔喀入侵成功后，必须与八世达赖、七世班禅以及噶厦僧俗官员共同协商，对藏地的现行宗教、军政、民事制度进行一次彻底的整顿和改革，‘将来撤兵后，必当妥立章程，以期永远遵循’，福康安当即叩首领旨。
至与廓尔喀沙阿王朝在帕朗古达成‘和议’、规定廓尔喀达成‘五年一贡、永为藩属’、以及归还所劫掠后藏财宝法器的和议条件后，福康安自廓尔喀境内撤军班师途中，在路经班禅驻锡地札什伦布寺时，福康安特地向七世班禅说明了乾隆帝的谕旨圣意，七世班禅当即表示‘谨遵大皇帝旨意’。
而回到拉萨之后，福康安又将乾隆帝的旨意告诉了亲自前来迎接自己凯旋的八世达赖强白嘉措；与七世班禅的表态意见一致，强白嘉措也立即表示完全赞成大皇帝的旨意（都是聪明人），并进一步向福康安答称：
“卫藏诸事，上烦大皇帝天心，立定法制，垂之久远，我及僧俗番众感切难名，何敢稍有违拗，将来立定章程，惟有同驻藏大臣督率噶伦及番众等敬谨遵照，事事实力奉行，自必于藏大有裨益，我亦受益无穷。”
此后，福康安在拉萨停留了四个多月的时间，并与同在藏地处理军务的四川总督惠龄、署理四川总督协办大学士孙士毅、正蓝旗汉军副都统和琳等人，还有八世达赖、七世班禅、噶厦噶伦等藏地僧俗高层一起，多方商议修改补充认可，最终拟定了对藏地宗教、对外交往、军事、行政、司法诸项事宜做出详细规定的《藏内善后章程》。
起初，《章程》草案是一百零二条，在报请乾隆帝御览同意，翻译成藏文后，修订为二十九条内容，在藏地正式执行，这就是后世著名的《钦定藏内善后章程二十九条》。
根据原西藏地方政府档案册中的《水牛年奏折》所记载的《钦定藏内善后章程》，其二十九条详细内容如下：
一、大皇帝（乾隆帝）特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，由呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦佛像前正式掣签认定；
二、今后邻近各国来藏旅客和商人，或达赖派往域外人员，须由该管主脑呈报驻藏大臣衙门签发路证，并在江孜和定日两地方新派官兵检验；
三、铸“乾隆宝藏”字样金币，边缘铸年号，背面铸藏文。驻藏大臣派汉官会同噶伦对所铸造之章卡进行检查，以求质量纯真；
四、设正规军队三千人，前后藏各驻一千，江孜驻五百，定日驻五百；前藏代本由驻拉萨游击统辖，日喀则、江孜、定日各地代本由日喀则都司统辖。
五、军队编制，代本下设甲本、如本、定本等，由驻藏大臣和达赖挑选年轻有为者充任，并发给执照；
六、今后征调兵丁，每年每人应发粮食二石五斗，总共为七千五百石。受征调的兵员，由达赖发给减免差役的执照；
七、军队装备，十分之五用火枪，十分之三用弓箭，十分之二用刀矛，各兵丁要经常操演；
八、达赖和班禅的收入及开支，驻藏大臣每年春秋两次进行审核；
九、吉隆（济咙）、绒夏、聂拉木等地方免去两年一切大小差徭，宗喀、定日、喀达、冲堆等地方各免去一年的差徭。免去前后藏所有人民铁猪年（乾隆五十六年、1791年）以前所欠的一切税收；
十、驻藏大臣督办藏内事务，应与达赖、班禅平等，共同协商处理政事，所有噶伦以下的首脑及办事人员以至活佛，皆是隶属关系，无论大小都得服从驻藏大臣；
十一、噶伦缺补时，从代本、孜本、强佐中考察个人政绩，由驻藏大臣和达赖共同提出两个名单，呈报大皇帝选择任命。其余人员可由驻藏大臣和达赖委任，并发给满、汉、藏三种文字的执照；札什伦布人员则由班禅和驻藏大臣协商委任。
十二、达赖和班禅在世之时，其亲属人员不准参预政事；
十三、驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏各地和检阅军队。各地汉官和宗本等，如有欺压和剥削人民事情，予以查究；
十四、今后廓尔喀、不丹、锡金等藩属之回文，必须按照驻藏大臣指示缮写。关于边界的重大事务，更要根据驻藏大臣的指示处理。外方所献的贡物，也须请驻藏大臣查阅。所有噶伦都不得私自向外方藩属通信；
十五、西藏的吉隆、聂拉木等地区和廓尔喀疆土相连，又为交通要道，须树立界碑，限制互相出入；
十六、今后边宗宗本均由小宗宗本及军队头目中选派，任满三年后考查成绩，如果办理妥善升用，否则革退；
十七、普通士兵有战斗能力者，虽非贵族亦得升任定本甚至逐级升至代本；
十八、堪布应选学问渊博、品德良好者充任之。其人选由达赖、驻藏大臣及济咙呼图克图等协商决定，并发给加盖以上三人印章的执照；
十九、政府税收，照所定新旧章卡兑换之数折收，公平采买各物；
二十、吉隆、聂拉木两地方抽收大米、食盐等税，除非请示驻藏大臣同意，不得私自增加税额；
二十一、今后所有免役执照一律收回，所有差役平均负担。其因实有劳绩，需要优待者，由达赖和驻藏大臣协商发给免役执照；
二十二、达赖所辖寺庙之活佛及喇嘛，一律详造名册，于驻藏大臣衙门和达赖处各存一份，以便检查；
二十三、青海蒙古王公前来迎请西藏活佛，须由西宁大臣行文驻藏大臣，由驻藏大臣发给通行护照，并行文西宁大臣，以便查访；
二十四、各活佛头目等因私外出时，一律不得派用乌拉；因公外出时，由驻藏大臣和达赖发给执票派用乌拉（临时差役）；
二十五、对犯人所罚款项、没收财产，必须登记，呈缴驻藏大臣衙门。无论公私人员如有诉讼事务，均须依法公平处理；
二十六、每年操演军队所需用之弹药，由噶厦派员携带驻藏大臣衙门之公文，前去工布地方制造；
二十七、所有卸任之噶伦及代本，应将公馆及庄园移交新任，不得据为私有；
二十八、不得提前发给活佛及喇嘛之俸银；
二十九、派人催缴赋税，应按规定期限办理，各村逃亡户之赋税负担应予减免。
综上所述、这个由福康安等人提出并加以补充修改、并由乾隆帝批览同意执行的《钦定藏内善后章程二十九条》，对藏地政治、军事、宗教制度各个方面规定了详细而具体的实施内容，实现了中央政府对藏地的全面深入治理。
从此，中央政府对藏地的治理进入了全盛，藏地的社会秩序得以恢复，社会生产力也开始大力发展，中央政府与藏地地方的政治关系进一步加强，国家的统一、民族的团结方面均结出了良好的成果。
制定《章程》安定了藏地局势、恢复前后藏平稳秩序紧后，福康安继续上奏乾隆帝，要求惩办带头挑起祸端并在这场乱局中推波助澜的各个祸首；得乾隆帝谕旨允准后，福康安即开始大刀阔斧地施行惩罚措施——
首先奉旨废止白教（藏传佛教噶举派）红帽派夏玛巴系转世资格，出逃后挑唆廓尔喀入侵后藏的十世夏玛巴曲朱嘉措已死，其所留金银、田庄、牛羊、治下百姓全部充公，此后每年的收入作为藏军军饷，白教夏玛巴所属（羊八井）寺院房屋赏给济咙呼图克图领有，寺中尚存的红帽僧侣一百零三人一律改奉黄教（藏传佛教格鲁派），给三大寺管理。
而因贪婪自私、办事不公导致十世夏玛巴曲朱嘉措出逃，又在廓尔喀军队来袭时擅离职守、放弃扎什伦布寺的六世班禅之兄仲巴呼图克图，则以‘不思率兵保护庙宇，先期逃其罪甚重’的罪名，解职押赴北京治罪。
当廓尔喀军来袭时，托词占卜做出’不可抵抗’妄论的扎什伦布寺济仲喇嘛，也被即刻拿捕至前藏，在诸僧俗面前当众问罪、剥黄正法（去除法衣、明正典刑）。
在圆满完成了‘驱廓保藏’反击作战军事行动、又奉旨修订落实《钦定藏内善后章程二十九条》在藏地的顺利施行后，乾隆五十八年（1793年）正月，福康安等人（海兰察在廓尔喀请降后，就已经先行返京）向八世达赖及噶厦诸噶伦辞行，随后拜别了新任驻藏大臣额勒登保、成德、和琳；之后，福康安率军自拉萨启程，历经近四个月的时间，于乾隆五十八年（1793年）四月抵达京师。
可惜的是——就在福康安自藏地返程途中，他的战场得力助手、半辈子手足同袍、‘廓尔喀之役’获胜的功臣之一、一等超勇公海兰察，因为此次征战高原时的艰辛历程和恶劣环境（高反病严重）、再加上年岁已高身体不堪重负（本年海兰察已将近六十岁了），早在藏地时就已经身患重病，但依旧身先士卒冲锋在前，在咬着牙坚持到廓尔喀乞和请降、藏地安定之后，海兰察因身体劳损严重而不得不提前返回京师休养。
乾隆五十八年（1793年）三月，身体已经千疮百孔、无法再支撑下去的海兰察病故于京师家中，遗憾地没能和返程途中的主将福康安见上最后一面。
海兰察去世后，乾隆帝痛惜哀悼不已，赐谥号‘武壮’，将其画像第四次悬于紫光阁（前三次是平准、平金川、平台湾），以示海兰察‘武功卓绝、勇冠三军’的杰出成就。
当时，只有直接阵亡在战场上的将领才能入祀京师昭忠祠，但乾隆帝特旨宣谕：
“海兰察以病卒，例不入昭忠祠；念其在军奋勉，尝受多伤，加恩入祀！”
准许其神主入祠接受后世子孙祭拜。
乾隆帝还亲自制赞词，以蹉惜怀念这位征战疆场四十年、功劳赫赫，从一介马甲小兵直至升为正红旗蒙古都统、领侍卫内大臣、一等超勇公的盖世名将、绰尔和罗科巴图鲁：
“勇而有谋，侍卫洊公；索伦巨擘，黼衣锡龙；图形四番，福禄鲜比；旋终 於家，矜惜无已！”
福康安自藏地胜利班师回到京师后，因为其指挥‘驱廓保藏’军事行动的胜利，即保证了国家边境的安定、恢复了藏地秩序平稳，又维护了天朝上国的威严和地位，因此乾隆帝对福康安的赞誉和宠信无以复加，不但实授其为‘武英殿大学士、领侍卫内大臣’，还加赏‘一等轻车都尉’世爵，由其子德麟来承袭。
此外，乾隆帝再按宗室王公可在名下设置亲军侍卫的例子，额外赏给福康安府中六品顶带蓝翎侍卫三个名缺，让福康安在其家中得力仆役侍从中‘酌量给戴’，以示宠异群臣之意。
乾隆帝还特地下诏宣示天下：
“福康安若能克阳布，俘纳喇巴都尔、巴都尔萨野（即廓尔喀国王、摄政王），朕当酬以王爵；今以受降班师，不克副初原。然福康安乃孝贤皇后侄，大学士傅恒子，进封其为王，天下或议朕厚於后族，富察氏亦虑过盛无益；今如此蒇事，较荡平廓尔喀倍为欣慰矣！”
按照之前朝廷出兵得胜后的惯例，此次‘廓尔喀之役’的诸功臣们也将‘图像紫光阁’、以赞殊勋；而由于领班军机大臣、大学士阿桂的再三谦让，此战的实际指挥者福康安便居于‘驱廓保藏’紫光阁功臣排名之首了。
此战功臣前六位为——
一、大学士一等忠锐嘉勇公两广总督福康安
二、大学士一等诚谋英勇公阿桂
三、大学士三等忠襄伯和珅
四、大学士王杰
五、协办大学士四川总督孙士毅
六、原领侍卫内大臣一等超勇公海兰察
而在激烈的帕郎古战斗中英勇牺牲的护军统领台斐英阿则排名功臣榜十二、同时牺牲的副都统阿满泰排名十四。
福康安的画像上，有乾隆帝亲自作诗题赞：
“二人同心，其利断金；曰福康安，智超谋深；曰海兰察，勇敢独任；三月成功，勋扬古今！”
