崇祯十七年（1644年）五月二日，李自成前脚刚撤离北京没几天，多尔衮后脚便率满清军队进驻北京。

看到一队队装束怪异、脑后还拖着根长辫子的“鞑子兵”进占北京，明朝遗老遗少及京师绅民们惊愕不已，但他们已经无力抵抗，不得不俯首称臣或做个顺民。

之前大顺军的奸淫掳掠和追赃助饷政策已经完全失去了京师官民之心，这座帝王之都是无法为大顺朝而坚守了。

满清摄政王多尔衮比李自成目的更明确，也更有远见和策略。他以顺治帝的名义张榜安民，凡投诚官员，不论是前明的还是新顺的，只要自愿剃发易服，一律委任原职，废除明末一切加征、苛役，并下令为崇祯帝服丧三日，以收买人心。上述政策除了让吏民剃发结辫令人难为情、有些抵触情绪外，其余各项新政都颇得人心，因而京师的社会秩序迅速稳定下来。随后，多尔衮将顺治帝爱新觉罗・福临从盛京迎来，北京城就成为了清王朝的都城。

多尔衮率八旗兵进京时，勒令吴三桂及麾下关宁军不得随其入城，而是让他与清军一起继续尾追李自成军，务必悉数歼灭之。

李自成在山海关一片石之战大败亏输和放弃京师的消息传开后，原来归降大顺的明军将领又纷纷据城反叛。特别是那些所谓“传檄而定”的州县，仍然由归降明军官兵驻守，李自成根本没派大顺军去接防，有的只派去少量人马，甚至只象征性地派去一个守令。一旦形势有变，留守这些地方的归降明军立马反叛，叛军所据州县也不再为大顺政权所拥有。

李鸿基

譬如涿州的明朝驻军原本已经献城归降了李自成，此地距离京师近在咫尺，按理说，大顺政权对该地的影响应该比较大。但当李自成率大顺军主力在当年5月1日撤至涿州时，原明军降将却率部将大顺政权委派的主官袭杀，旋即据城固守，紧闭城门不让大顺军入城。李自成大怒，督军猛攻，城上箭如雨下，砖石横飞，结果久攻不下，还损失了数百兵卒，李自成本人也被流矢击中负伤。由于担心在后边紧追不舍的吴三桂军和清军，害怕追兵突然袭来，李自成只好放弃攻城，匆忙率军往南撤走。

话说李自成撤出北京后，先败于涿州城下，旋撤军南走，取道保定、真定，再穿越太行山，由井陉关进入山西。负责殿后的大将谷可成和明降将左光先在庆都、真定一带被尾追而至的吴军、清军赶上，旋即展开一场恶战，此时的大顺军早已没有当初进京时摧枯拉朽的锐气了，因连遭败绩，士气不振，加上官兵皆患上了“恐清症”，一见“辫子兵”便惊呼“东兵来矣”！将士争相溃逃，早先面对明军的心理优势早已荡然无存。大顺后军与吴军、清军在庆都、真定等地连战数次，由于军心涣散，均遭失败，悍将谷可成战死，左光先受伤。

到了此时，李自成进京时那种威风八面的气势已经看不到了，如今简直成了惊弓之鸟，昔日横扫明军的大顺军将士也已畏清如虎，大有风声鹤唳、草木皆兵之感，马不停蹄地昼夜兼程连连撤退，向山西太原狂奔而去，几乎得不到喘息的机会。

5月中旬大顺军主力撤至山西太原。此时，清军、吴三桂军在真定一带休整，暂时停止了追击大顺军，由于满清政权几乎没费太大力气就轻易占领了北京和京畿、北直隶大片地区，需要派兵驻守、设官治理，对此加以巩固，所以英亲王阿济格等人暂时放弃了对李自成的穷追猛打。这使李自成得到了一个十分难得的、短暂的喘息之机，他在太原留驻了十多天，大顺军将士也稍事得到了一段休整时间。

十余天后，李自成留明降将陈永福率一万兵马留守太原，他自己则率大军南进平阳，后辗转渡河进入陕西，不久撤回到西安。

七月上旬，大顺军在山西、河北发起了一系列的反击作战，虽然取得了一些进展，收复了一些失地， 但最终均被清军击退。

九月中旬，固山额真叶臣率八旗劲旅由固关进逼太原城下，陈永福督军固守，旋即展开了一场激烈的攻防战。由于陈永福防守严密，抵抗顽强，清军在攻城时死伤惨重，一时无机可乘。于是固山额真叶臣调来许多尊“西洋神炮”，集中火力猛轰太原城西北角，将城墙轰塌数十丈，大批清军沿缺口蜂拥而入。大顺军虽拼死迎战，但抵挡不住，陈永福见大势已去，就率残军往西南方向撤去。当大顺守军从东门突围后，又遭清军伏击，将士措手不及，伤亡惨重。大顺军在突围南撤的过程中，屡遭清军截杀，陈永福和节度使韩文铨都先后战死，巡抚李若星带残余兵士投降了清军。

十月，爱新觉罗・福临在北京正式登基称帝，君临天下。清廷任英亲王阿济格为靖远大将军，率吴三桂、尚可喜等部自陕北渡黄河进攻关中；任豫亲王多铎为定国大将军，率八旗大军南下河南，自潼关威胁关中，对李自成集团形成夹击之势。