1979年，陈云因为罹患结肠癌，即将进行手术治疗，由于手术有一定的风险性，陈云担心自己可能会出意外，因此在术前特地写了遗嘱，详细交代了身后事，以防万一。除此之外，陈云还致信胡耀邦同志，请他主持重审潘汉年案，务必要查清真相，还潘汉年一个清白。

潘汉年是一名情报工作者，曾长期潜伏敌营，从事各类特工活动，为革命事业做出了不朽的贡献。然而谁都没想到的是，就在建国后，有人突然举报潘汉年是国民党特务，声称他在1936年秘密加入了国民党中统，并泄露了很多有关中共的机密情报，给我方造成了不可挽回的损失。此外，在1949年上海解放后，潘汉年还包庇了不少国民党战犯，严重违反了党规、军纪，在社会上留下了极为严重的负面影响。

中纪委、中组部对此事高度关注，当即联合责成专案组对潘汉年进行隔离审查，结果发现潘确实有不少“污点”，于是便将他交由司法部门处置。最高法在全面审核了有关潘汉年的卷宗后，认定他犯有“反革命罪”、“资敌罪”，最终依法判处他有期徒刑十五年，并剥夺政治权利五年。

陈云与潘汉年是老相识，他非常了解潘汉年的为人，潘在性格、个人行为上确实有一些缺点和瑕疵，这无可厚非，但在民族大义和革命理想上，其绝对无可挑剔！陈云根本不信潘汉年是什么国民党特务，他为了帮潘洗脱罪名，曾先后两次上书党中央，给潘汉年鸣不平，可当时党内舆论比较敏感、复杂，大家对于潘汉年持否定态度，所以陈云“伸冤”的行为并没有得到多少支持。

直到70年代末，党内舆论稍微宽松了一些，陈云这才委托胡耀邦同志重启对潘汉年的调查。胡耀邦同志立即指示中央办公厅提调有关潘汉年的所有卷宗，逐一进行复核，同时又走访了许多与潘汉年相熟的老同志，系统了解潘汉年的革命履历和个人事迹。

1936年，潘汉年在苏联学习的时候，确实与国民党驻苏联大使深入接触过，但这完全是为了调和国共矛盾，促成两党冰释前嫌，再度达成合作，党中央对此事也是知情的，周总理甚至还通过电报，数次给予潘汉年“外交指导”，帮助他和国民党斡旋。至于1943年，潘汉年在南京会见汪精卫，这完全是一场蓄谋已久的政治陷阱！潘汉年是在毫无准备的情况下，被敌特强行哄骗到南京的，而且他在与汪会面时，一直保持着底线和尊严，从头到尾没有出卖过一个同志，泄露过半点机密情报，因此不应以罪论处。

而在1949年，所谓的“潘汉年包庇国民党战犯”也完全是无稽之谈，当时上海刚刚解放，政治秩序、金融秩序仍未恢复，上海老百姓更是人心惶惶，对中共党组织和解放军并不信任。为了改变这一局面，党中央便指示潘汉年启用一批上海国民政府的旧官员，让他们在纪律部门的监督下，重新回归工作岗位，尽力维持各项秩序正常运转，让上海尽快由旧社会过渡到新社会。

建国后，上海市政府对国民党旧官僚进行了一次从头到尾的审查，鉴于他们有功于革命，所以政府也没有过分为难他们，其中品行优良、工作态度认真者继续留在体制内任职，其余人等一律革除职务，改造为新中国公民，与老百姓一起生活。

从头到尾，潘汉年都是在依照党组织的命令行事，何来“反革命”一说？很快，中央办公厅便将调查结果告知给胡耀邦同志，胡耀邦同志又将其转达给邓公审阅。1982年，邓公在经过仔细斟酌、考量后，以党中央的名义下达文件，正式为潘汉年平反。但可惜的是，潘汉年早在1977年便去世了，他无法亲眼见证自己沉冤得雪，实在让人遗憾！

潘汉年的妻子董慧也是一位优秀的革命志士，她长期在敌占区从事地下活动，期间数次遭遇敌人的通缉和追捕，但她每次都能虎口脱险、全身而退。建国后，董慧受潘汉年案的牵连，被革职下放到某农场劳动，1977年，她因为长期劳累，加之营养不良，患上了严重的老年疾病，几乎完全丧失了行动能力，往后只能卧床静养，1979年，她病重去世。1982年，她的骨灰被迁回北京，与潘汉年合葬在八宝山公墓。