（一）
在打垮了王保保的主力部队，夺取了山西省之后，徐达和常遇春又挥师进军陕西，向着盘踞在陕西的元朝军阀李思齐与张良弼发起了进攻。
洪武二年（1369年）三月，明军自山西永济渡过了黄河，进入陕西境内。
李思齐和张良弼二人得知明朝大军杀到，哪里敢于抵抗？两个人不约而同地脚底抹油开溜。李思齐从凤翔一口气逃到了甘肃临洮，张良弼则逃到了甘肃庆阳。
对于这两位军阀，朱元璋采取了又打又拉的策略，在明朝大军压境的同时，他还主动写信，劝说他们投降。因为这两个人实际上都是汉人，所以朱元璋的劝降就起到了效果。
尤其是李思齐，他此时身处临洮，再往后退，就要进入吐蕃宣慰司的地域，也就是要进入藏区了。因此，李思齐首鼠两端，彷徨犹豫，不知道该如何是好。
在这种情况下，大将军徐达看穿了李思齐的窘境，决定再给他施加一点压力，大军直取临洮。
在此之前，很多明军将领都认为应该先打位于庆阳的张良弼，大家都认为张良弼比较好打，而李思齐名气大，当年是仅次于察罕帖木儿的元朝第二名将，打起来要费很大力气才行。
然而，徐达的眼光却是高人一等。他看出李思齐这位昔日的名将如今已经是落魄凤凰不如鸡了，而张良弼盘踞的庆阳反而却比较坚固。明军先打李思齐的临洮应该能够顺利拿下，同时还能在这里获得补给，这时回过头来再打庆阳城就会更有把握。事实证明，徐达的判断完全正确，整个战事就是按照他的设想来进行的。
四月，盘踞在元朝上都（今内蒙古多伦）的元顺帝派出大将伊苏南下袭扰北平城。徐达急忙派副将常遇春率军回去支援北平，他自己率领明军主力则向着临洮进军，向李思齐发起进攻。
李思齐面对着走投无路的绝境，把心一横，干脆就举手投降了。
在庆阳的张良弼得知李思齐已经投降了，吓得六神无主。他不敢留在庆阳，只是让自己的弟弟张良臣在这里坚守，自己则跑到宁夏，去投奔扩廓帖木儿，也就是王保保了。
王保保在太原被徐达击溃之后，逃到宁夏，四处招兵买马，实力渐渐地恢复，不过要想和徐达正面对抗，那还差得远。他满心希望李思齐和张良弼能在陕西替自己抵挡一阵，以便多争取点时间来恢复，没想到这两个老家伙竟然都是软骨头，一个降一个跑，这不是反过来帮了徐达的忙吗？
因此，王保保火冒三丈，立即下令把张良弼给抓起来，然后让张良弼给庆阳的弟弟张良臣写信，要他坚守庆阳，与徐达血战到底。
（二）
张良臣显然是个直肠子，脑袋不知道转弯，大哥让他守庆阳，他就守庆阳。
本来，张良臣此前已经向着明朝方面交上了降书，准备投降了，但是接到大哥的书信后，张良臣就变了脸，转而与明军对抗了。
徐达得知张良臣变卦，随即率领大军杀向庆阳，开始了围攻庆阳之战。
庆阳之战打得很激烈，张良臣在城中死守，明军一时难以攻克。位于宁夏的王保保和躲在上都的元顺帝都派出兵马来支援庆阳。庆阳之战变成了一场全面的大会战。
徐达从容应对，他调动冯胜、汤和、傅友德和李文忠等将领分头迎击元军。元军的两路援军都被明军打退了。
最终，庆阳变成了孤城一座，经过三个月的激烈战斗，明军终于将这里攻克。张良臣带着自己的儿子跳井自杀，但是可惜水太浅，没死成。明军把他捞了出来，随后，徐达下令将其斩首。
就在庆阳之战激烈进行之时，明朝另一位名将常遇春率军远征北元的上都开平。盘踞在上都的元顺帝妥懽帖木尔不敢迎战，吓得逃往应昌（今内蒙古克什克腾旗）。常遇春攻克了上都开平，缴获无算。可惜的是，上都之战结束不久，常遇春就突然暴病身亡，一代名将就此结束了他轰轰烈烈的一生。
此时，西北的元军就只剩下王保保一支孤军了。不过，王保保显然是从张良臣的坚守之中占到了便宜，他的兵力得到了一定程度上的恢复，战斗力又变得强悍起来。
洪武二年十二月，王保保向着兰州发起了进攻。明军将领于光率军援救兰州，结果中了王保保的埋伏，全军覆没，于光也被擒杀。王保保对明军终于打了一个像样的胜仗。
如此一来，王保保就又一次成为了明朝的头号敌人，不把他彻底打败，北元王朝就会一直苟延残喘。
为了对付王保保，朱元璋采取了两手齐抓的方法，一边派徐达率领精兵北进，争取一战将其消灭；另一方面还不断派人去劝降。为了让王保保投降，朱元璋甚至不惜编造他的身世，说小王啊，你本来是个汉人，是蒙古人把你抢跑了。现在你赶紧认祖归宗吧。只要你肯站到朕这边来，朕一定会对你裂土封侯的。
可是王保保不信这一套啊。他自己心里清楚，他是如假包换的蒙古人。他的父亲赛因赤答忽在元朝官拜太尉，相当于国防部长。他的舅舅兼养父是大名鼎鼎的蒙古第一名将察罕帖木儿。他只是缺少一个名叫赵敏的妹妹。因此，王保保是绝对不会投降明朝的。
在这样的情况下，王保保与徐达之间的第二场战略决战就不可避免了，一切问题都要到战场上来解决了。
（三）
洪武三年正月，朱元璋派出徐达与李文忠两路大军再次北征，扫除元朝的残余势力。
徐达率领的大军直取甘肃，去与王保保决战；李文忠的部队则直奔位于应昌的北元小朝廷。
甘肃这边，王保保正率军在围攻兰州，见徐达大军杀来，王保保赶紧放弃了兰州，向后撤退。他一口气撤退到了甘肃定西，在这里，他凭借着定西城外沈儿峪这一条深沟，与徐达对峙了起来。
两支大军隔着一条深沟对峙，相互之间用小规模的部队不断接触，多次发生激战，有的时候一天要打好几仗，但始终都是胜负难分。
四月初八这一天，王保保派出上千的精兵，绕到明军后方，偷袭明军东南方向的营垒。这里的明军疏于戒备，负责指挥的左丞胡德济手忙脚乱，结果被元军打得大败，乱作一团。
关键时刻，徐达亲自率领精兵赶来救援，经过一番激战，打退了元军。事后，徐达为了严肃军纪，下令将负责东南营垒防守的指挥赵某斩首示众，同时还杀了赵某手下的几个将校。至于左丞胡德济，因为他是名将胡大海的养子，所以徐达下令把他押送到南京城，交由朱元璋亲自处理。不过，朱元璋看在胡大海的面子上，并没有把胡德济杀掉。
然而，徐达森严的军纪已经让全军将士都为之畏服了。
第二天，徐达率领全军将士向着王保保发起了总攻。徐达自己一马当先，冲在前面。在他的带动下，明军将士无不奋勇争先，勇敢冲杀。王保保的元军只是抵挡了一会儿就土崩瓦解了。在明军的突击下，元军狼奔豕突、溃不成军。王保保在明军的追击下，慌不择路，带着老婆孩子逃到了黄河边上。幸亏遇到了一根漂在水上的木头，这才救了他一命。最终，王保保带着妻儿狼狈不堪地逃向了北元的临时首都应昌。
沈儿峪一战明军大获全胜，俘虏元军士兵八万四千余人，缴获战马五千多匹，还抓获了元朝的郯王、文济王、国公阎思孝、平章韩札儿等文武官员一千八百多人。可以说给了北元的残余势力一次歼灭性的打击。
与此同时，李文忠的应昌之战也取得了辉煌胜利。李文忠是朱元璋的姐姐所生之子，在朱元璋手下已经是屡建功勋。
此时，元顺帝已经病死，皇位由太子爱猷识理达腊继承，这便是元昭宗。面对着李文忠的大军，元昭宗爱猷识理达腊登时就了坐了蜡。他想打，可惜手下无兵可用；想跑，又有些来不及了。
没办法，元昭宗只好带着数十名卫士，骑着快马，丢下应昌城里的三宫六院、文武公卿自己逃命。
李文忠不费吹灰之力就占领了应昌城。俘虏了包括太子买的立八剌、皇后瓦只剌孙答里氏在内的后妃宫女数百人，另外还有文武官员军士等数万人，以及国玺、大圭等礼器。
元昭宗一口气逃到了位于今天蒙古国境内的故都和林，在这里他遇见了也是仓皇逃命而来的王保保。君臣二人面面相觑，最后只能是无可奈何。
就这样，经过徐达和李文忠的努力，到了洪武三年，蒙古人终于真正地、彻底地被逐出了中原。此后，中原内地就再也没有蒙古铁骑的踪影了。明朝军队与蒙古人交锋的战场将会转到塞外，明蒙战争将从此变成一场边境战争。
