抗战结束后，不少在延安的干部调去东北展开工作，叶长庚也身在其中。

抵达东北后，他被委以重任，调任黑龙江军区司令员，尽管职务不低，但手中的兵并不多，只能靠发动群众，扩大武装力量。

相比前线当纵队司令、师长来说，在后方的工作复杂，不仅要发动群众，更要剿匪，扩大武装，土改、支前等工作。对于在前线打仗惯了的叶长庚，很想到前线。

部队刚抵达东北时，尽管从各地调离不少兵力和干部，但还是不够用。像后方军区来说，主要的问题就是肃清匪患，建立根据地。这项工作有多重要不言而喻，因为没有稳定的根据地，就没有前线的胜利。

为了稳定大后方，上级还将洪学智调去担任司令员剿匪，他带领一个团到匪患最严重的地方，采取军事与政治手段结合。

当时，不仅仅黑龙江军区，就是嫩江军区、合江军区剿匪都很缓慢，原因就是缺少主力部队在后方。主力都在前线与敌人正规军较量，后方新组建起来的部队成分复杂，而且战斗力不强，加上土匪熟悉当地情况，剿匪不快。1946年夏，上级派洪学智到黑龙江，贺晋年从关内到合江军区。

他们在进行七八个月的剿匪后，取得重大胜利，叶长庚也在剿匪中贡献很大。洪学智离开后，他恢复职务继续担任司令员。

直到1948年辽沈战役结束后，曾泽生的部队起义，上级调一些干部到部队加强军事、政治工作，叶长庚调任第一副军长。

对于到前线打仗，叶长庚是在高兴不过了，但他表示不愿意到起义部队工作，原因很简单，不熟悉部队，部队不熟悉我军的打法，如何指挥作战？相比指挥老部队会更容易，也无需操心太多。

可上级对他说，曾军长不在位，他全权负责军部工作。因此南下作战时，他作为第一副军长发挥不少作用。尤其在解放大西南的作战中，与二野部队配合。当西南获得解放后，叶长庚被调离作战部队，管起后勤工作。

虽然他没有干过后勤，可他在后方工作时，实际上就是干后勤工作，源源不断为主力输送兵员、征粮、支前等。1952年被调去江西军区工作，因为身体不好，早早就离休了。