在北方十六国乱作一团的时候，整个南部，却是风云变幻。虽然受到了北方少数民族政权的威胁，但是在东晋时期，争权夺利也是经常发生的，只不过没有西晋时期那么剧烈，在有敌人的时候，也会有一段时间的缓和。这样的争斗，慢慢地削弱了东晋的势力，虽然在北方乱糟糟的时候，他们也曾有过一次一统天下的机会，但每次都错过了最好的时机，就连内江的崛起，也让他们不得不退守江南。东晋王朝由司马氏皇室和南来北往的各大世家以及江南土著共同组成，一旦司马氏皇室丧失了影响力，那么，东晋王朝也将走向毁灭。

公元420年，掌握兵权的刘裕推翻了大金朝，建国为刘宋。宋代开启了一个与南、北对立的历史阶段。刘宋建国初期，北魏数次参与朝政，刘宋亦数次出兵讨伐，两军互有得失。宋文帝刘义隆在位执政期间，政局相对稳定，国家实力在整个南朝都是数一数二的，宋文帝和大臣们策划了对中原的北征；而此时，北魏的皇帝也是个有野心的人，他一统天下后，也有了征服江南的野心。

这是一场决定人类命运的战争。首先，魏太武帝亲率大军，攻打黄河以南刘宋重镇悬壶，未果。宋文帝趁机调集了所有的兵力向北方进发，其中一支大军向潼关进发。魏太武帝亦率大军，自称发兵百万，渡黄河，作最后的决战。宋军只能坚壁清野，坚守一些重要的战略要地。魏军阵形太大，无法渡过大水，也无法攻破坚固的城池，只好渐次后撤，一路上烧杀掳掠，遍地荒芜。刘宋元气大伤，北魏损失惨重，自那以后，两国就再也没有了交手的心思，只是在淮河和秦岭之间僵持了下来。刘宋在渡过了这场浩劫之后，很快就陷入了朝堂矛盾之中，经过一场又一场的战争，终于在479年，武将萧道成登上了大位，成为了齐国的君主，也就是后来的萧齐。南齐儿乎和刘宋一样，在经历了一段时间的和平之后，内部争斗不断，到了公元502年，大权落入了萧衍之手，国家改名为大梁，被称为南梁。

但梁武帝在四十七年的执政中，推行了一种“文治”，提倡礼乐、士族，反对佛教、权贵。这些年来，他们一直在与其他国家交战，但一直都是左支右绌，国破家亡。547年，东魏侯景战败，向南梁臣服，梁武帝大喜，但没想到反而引来了一个心怀叵测的敌人。翌年，侯景起事，攻打建康城，南梁皇室和达官贵人都有自己的打算，打着平定叛军的旗号，其实都是在伺机而动。最终，梁武帝饥荒而亡，五朝的国都，建康成了一座荒凉的古城。侯景的叛乱持续了四年之久，对江南这一繁华之地造成了前所未有的伤害，导致了南朝的灭亡。陈霸先，一位武将，在公元557年创建了陈朝，史称南陈。可是现在，南陈已经是江淮之地，更是与大江相望，失去了地利。南陈国内纷争不断，各自为政，民不聊生。陈后主登基之后，更是骄奢淫逸，等待着北方王朝的到来。

北魏战争结束后，放弃了向外发展，集中精力加强内部管理。孝文帝自登基以来，在全国范围内进行了一系列的变革，加快了北方地区的经济恢复和发展，促进了整个国家的大整合。但是孝文帝去世之后，民间的冲突再次加剧，各地的民众纷纷起义。而此时，在朝堂之上，却是发生了一场惨烈的争斗，后来因为平定民变而势力大增的尔朱荣，更是借此机会造反，差点将所有的官员都杀死。尔朱荣很快就被杀了，公元534年，北魏分裂为东西两大阵营。东魏建置邺都，并占据了洛阳东部原来的北方地区，而北方的权力则落在了高欢的手里。西魏建立长安作为首都，并占领了洛阳西部原来属于魏国的疆域，但事实上却是由一位名为宇文泰的诸侯把持。如此一来，南北分裂后，形成东西对峙的局面。公元580年，高欢之子高洋代魏称帝，改为“齐国”，这就是历史上所谓的“北齐”。公元557年，宇文泰之子宇文觉代替了西魏，建立了周王朝，这就是历史上的“北周”或“宇文周”。