俄军中央军事指挥体制改革的目标是：陆军部内部简化不必要的繁琐机制、清除臃肿机构、理顺机构之间的关系和整合相似机关；陆军部和作战部队的关系上将指挥权下放到作战部队，使指挥官有独立指挥部队的权力和强化陆军部的统帅地位，协调统一指挥全军调动；在央指挥机构与地方部队之间的关系上，改变指挥权集中于陆军部而地方指挥权不足的问题。

彼得一世军事改革的主要内容是建立海军、改革陆军、施行新兵役制度和构建军事指挥体制等。彼得一世进行的国家行政机构改革包括了中央军事指挥机构的构建。

彼得一世军事改革后，陆海军实力快速增长，此时中央军事指挥机关已经不能满足指挥调动部队需要。1718年创建陆军院和海军院，两院都归参政院管辖，中央军事指挥机构开始构建。陆军院主管后勤、炮兵和筑城部门；海军院则主管各造船厂、海军要塞，负责舰艇人员的补充和训练。“陆军院和海军院的设立，标志着军事指挥集中化过程的完成。”改革强化了中央军事指挥机构的指挥能力，陆军院和海军院必须对沙皇负责，沙皇掌控军队的指挥权。

18世纪后期，俄国激烈的阶级斗争和快速的军事扩张，使中央指挥体系发生变化。“叶卡捷琳娜二世时期，原有的最高统帅机构‘最高宫廷会议’改组为‘军事会议’。”

1763年，总参谋部由野战军的军务部组成，为俄军战斗活动研究情况，管理和绘制地图工作，准备未来各个战场的相关资料等。保罗一世时期撤销了总参谋部，成立了皇帝陛下军务侍从室，取代了陆军院和海军院职能。

1802年，亚历山大一世建立陆军部和海军部，原有陆军院和海军院被裁撤。1815年成立了皇帝陛下参谋本部，把陆军部纳入其中。1827年，亚历山大一世恢复了总参谋部编制，增强了参谋部的地位和参谋军官的作用。1828年，成立海军参谋部，使海军部变成行政机构。

由于高级指挥机构并存，互相交叉并行，以及多头领导，使中央军事指挥机构变得混乱。1828-1829年俄土战争期间，针对中央军事指挥机构暴露的问题，尼古拉一世对军事指挥机构开始进行一场有限的改革。1831年6月，切尔内舍夫向尼古拉一世提交了一份军事管理秩序和重组办法的简要回顾’的报告。

报告中概述了中央军事管理机构的发展历程，还对中央军事指挥机构的现存的问题进行了分析，他认为军事改革最重要的任务就是把陆军部和总参谋部进行整合，减少中央指挥机构的重叠。1832年实施军事管理改革的项目主要概述了四个主要的方面：中央军事行政管理的统一；军事委员会的建立；

一个单独的军事管理的中央办公厅的建立；沙皇陛下行动办公厅的重建。中央军事指挥机构的改革，合并了指挥机构、提高了效率和减少了人员的开支。彼得一世以来俄国不断加强中央军事指挥机构的力量。中央军事指挥机构的加强一方面是俄军面对新的军事变革的需要，另一方面是沙皇为巩固统治和加强中央集权的需要。

俄国中央军事指挥机构就是陆军部。军事改革前陆军部是一个机构臃肿重叠、效率低下、人员众多的封建农奴制的官僚机关。军事改革前，陆军部由总参司、监察司、粮秣司、医务司、军法司、炮兵司、工程司、军需司构成。除外还有炮兵总监、工程部队总监和军事院校总主任三个军事职位，直接由沙皇领导。

军事改革前陆军部的指挥权有限。近卫军部队和掷弹兵部队是沙皇最忠诚的部队，归沙皇直接管理，陆军部无权管辖。高加索、奥伦堡、西伯利亚当地的总督既是行政长官也是军事首长，设有独立的军事机关，可独自行动。陆军部作为中央军事指挥机构却无法指挥全部军队，所以中央军事指挥体制改革势在必行。

1862年，成立炮兵和工程总局以取代炮兵和工程部队总监。1863年，成立军事院校总局，取代军事院校总主任的职位。陆军大臣的职权扩大，炮兵、工程兵以及军事院校都由陆军大臣管理。同时，军事地图局和尼古拉总参军事学院全部并入总参司，总参司改名为总参总局。

1866年初，将总参总局与监察司合并，成立了参谋本部。1864年，撤销了粮株司和军需司，建立了军需总局。

《陆军部条例》的颁布标志着中央军事指挥机构改革的结束。陆军部新的组织结构确立，陆军部二级机关由“司”改为“总局”。组成机构：皇帝大本营、参谋本部、军事委员会、陆军部办公厅和军法总院，除此之外还有军事院校、军事医务、炮兵、军需、工程、军事司法等总局和非正规军局、骑兵总监局以及射击营监察员局。军事委员会的权利和构成也被扩大，被赋予对军队的监察职能，陆军大臣是军事委员会主席。

皇帝大本营保留在陆军部，沙皇出巡和在战区停留时发挥一定的作用，陆军部办公厅结构更加合理，军事法院拥有最高上诉的权力，参谋本部负责与军队指挥相关的问题，参谋本部既是中央指挥机构也是部队指挥机构，被称为“军事指挥与指令机构”。“中央军事指挥机构改革后陆军部有327位军官和607位士兵被裁掉，公文来往减少了45%。”陆军大臣和陆军部的权力增强，理顺了陆军部内部的关系，新的中央军事指挥体系确立起来。

俄国军事指挥体制分为中央和地方两部分。地方军事指挥机构改革的目标是建立国家军区制，整理地方指挥机构秩序，减轻陆军部管理压力。军队建制改革的目标是精简部队人数，改革部队编制，使之适应近代军事需要。

克里米亚战前，地方军事指挥体制是作战与指挥相结合的模式。彼得一世改革时，陆军最高编制“师”被确定下来，师在非战时是行政地区兵团。“1763年，俄国野战军共划分为8个地区性的师，均冠以地名，这些师是未来军区的雏形。”十九世纪时，师已经成为高级战术兵团，几个师可以组成一个军。

“1812年卫国战争前，俄军分别组建了第一西方集团军、第二西方集团军和第三预备集团军。”战争结束后，集团军的编制被保留下来，被称为“作战集团军”。作战集团军和其余在边境部署的军，既是作战单位，也是军事行政单位。

克里米亚战争中暴露地方军事指挥体系的缺陷，地方军事指挥体系改革刻不容缓。国家军区的建立是地方军事指挥改革的主要内容，军区制的建立是中央指挥机构改革的前提和基础，陆军部的改革能否成功，取决于军区制是否能建立。

“不完成军区改革，就无法对军队进行进一步的改造”，所以国家军区制的建立，关系到本次军事指挥体系改革的成败。

陆军大臣米柳京提出建立国家军区制方案。米柳京在高加索和黑海地区部队任职期间了解到地方军事指挥机构所存在的问题，并开始在高加索的军事指挥机构尝试初步军区制改革构想。陆军大臣米柳京认为现存的集团军和军的体制不符合现代战争的要求。

1862年，陆军部向沙皇呈送“按军区设置军事指挥机构的主要理由”的报告，所给出的理由有：1.集团军和军既是作战单位，也是军事行政单位，这样的设置并不合理，集团军和军在战场上完整使用非常少。

2.集团军和军作为战术单位，过于庞大，不利于部队的机动作战。3.俄国地广人稀，建立军区制，有利于维护区域的稳定，也是分散指挥权的需要。4.能减少和平时期的部队人数，为战时扩大部队编制创造条件，使陆军部更好地指挥部队。

1864年8月16日，沙皇批准了《军区条例》，标志着军区制的正式建立。《军区条例》批准之前，陆军部就已经成立了：华沙军区、基辅军区、敖德萨军区和维尔诺军区作为实验军区，为“军区条例”修订提供了丰富的内容和依据。1864年成立六个军区，1865年又成立五个军区，累计共成立十五个军区。

《军区条例》中最高的军事长官是军区司令，军区范围内所用的部队和军事机关都受司令管辖。边疆军区的司令一般兼任当地的总督，实行军令和政令的一统。军区委员会是军事管理的最高机构，军区司令是委员会的主席。

军区的各总局受陆军部各总局和军区的双重领导。军区制减轻了陆军部的工作负担，使陆军部有足够多的力量处理军事指挥、军队行政管理和后勤等事务。

军区制建立减少了地方军事指挥机构的人员编制。军区制解决了中央指挥机构和地方指挥机构存在不统一的问题，陆军部可以随意调动部队。军区制的建立，除了军事改革需要外，另外就是镇压革命运动，维护地区的稳定。

军区制有许多的好处，但也存在问题。国家军区制的建立是首次而且是非战时建立，对军区在战时的职责和任务不明确；军区司令由沙皇任免，军区司令直接向沙皇汇报工作，一定程度削弱了陆军大臣的职权；军区制是否取消了军的编制并不是十分明确，之后俄军又恢复了野战军的编制。

国家军区制建立时，俄军开始了新一轮的整编部队，以适应军区制和现代军事变革的需要。整编部队目的是缩减部队人数、减少支出和强化战斗力，使部队编制适应现代化军事的需要。军队建制改革的主要内容是废除军团制，“师”成为最高的战术单位，将部队编制分为战时和非战时两种编制。

陆军部认为集团军和军作为最高战术单位不利于部队的机动，吸取克里米亚战争时部队机动性差的教训，并且认为集团军和军不利于当时军区制建立。

克里米亚战争战败后，俄国在维护国家安全和社会稳定的前提下，开始缩减部队人数，以便减少社会负担和恢复经济发展。军事改革时陆军部认为在非战时应维持适当的部队，而继续裁减军队人数，裁减的都是非作战部队的士兵。

1862年部队开始进行整编计划，步兵部队编制用四连制代替五连制，每个团有四个营，共计16个连。营级单位有战时和非战时两种编制，根据战时编制，每营必须达到900人、每连180人、每个团4个营，战时部队可以扩编人数满足战时需求。

炮兵部队分成两种，第一种是双炮连组成的炮兵旅；第二种是四炮连组成的炮兵旅。骑兵部队和工程兵部队的编制与步兵部队的编制一样，骑兵师和骑兵团的部队数量不再增加。预备军部队进行了整编，主要负责战时的警戒和内勤任务，还需要负责训练新兵。