淝水之战以晋军的全面胜利告终，东晋朝野振奋，司马曜不仅逃过了亡国的危机，而且被举国上下寄予了振兴东晋的厚望。平心而论，从太元元年（376年）褚太后下诏归政，司马曜亲自处理朝政后，权力与威慑官员的赏罚政策都出自他的手笔，很像有一番作为的样子。
然而司马曜这位被寄予厚望的皇帝令人大跌眼镜，本该肩负起中兴大业的他对国事根本不关心，从没考虑过自己要做什么，他美名其曰是崇尚黄老哲学，实际是什么都不愿做，不想理会朝政，只想天天混吃等死，花天酒地。
谢安等人在淝水之战取得巨大成就，谢氏一族名声大振，司马曜疑心很重，不但有功不赏，还担心谢氏功高震主，谢安会成为下一个桓温。但司马曜又懒得去操心这些事，于是司马曜就让弟弟琅琊王司马道子去代劳，用于制衡着一些权臣。便于太元八年（383年）九月司马曜下令，以司马道子任录尚书六条事，开始与谢安等人分权。
王国宝是已故中书令王坦之的三儿子，谢安的女婿，他的堂妹嫁给司马道子为妃。王国宝虽然是谢安的女婿，但是因为人品不好，行为不端，谢安没有委以重任。王国宝却自恃出身高贵，不肯屈尊接受朝廷安排的职位，于是依附司马道子，从中挑拨离间，拼命诋毁谢安。
由于桓冲在淝水战后不久就病逝，使司马道子代表的皇权在向士族门阀的挑战中，得以集中力量对付谢氏，导致谢氏面临空前的危机。
太元十年（385年）四月，有着浓厚名士情结的谢安不愿争权夺利，主动交出手上权力，自请出镇广陵的步丘，建筑新城来避祸，到八月就去世了，享年66岁。
朝廷下诏以司马道子为扬州刺史、录尚书事、假节、都督中外诸军事，将原来谢安卫将军府的文武部属全部拨归司马道子。谢安死了，谢玄也不能自安，加上北伐失利，便于太元十二年（387年）上疏朝廷，奉还符节，引咎辞职，1年后就抑郁而终，他所节制的徐、青、兖三州也被司马道子和谯王司马恬两位皇室成员瓜分。谢玄的引退标志着陈郡谢氏的门阀政治落下帷幕，也意味着孝武帝完成了皇权的收回。
司马道子毛病多多，跟他的皇帝哥哥一样喜欢靓妞美酒。兄弟同心协力夺回皇权后，常常一起饮酒高歌，直喝到分不清谁是哥、谁是弟，谁是君、谁是臣。
司马道子既为扬州刺史亦录尚书事，权倾天下，又笃信佛教，耗费在这方面的钱财很多。他亲近的人又都是三姑六婆、和尚尼姑，受其宠信之人都趁机玩弄权术，公开收受贿赂，封官加赏既复杂又混乱，刑罚惩戒多数是冤假错案。
尚书令陆纳望着皇宫叹息：“多好的一个家啊，却要被小孩子给毁了！”
司马道子的行情日渐见涨，很多官员都投到他的门下。司马曜虽然天天喝酒，但也有清醒的时候，心里开始有些不高兴了，可由于母亲皇太妃李陵容从中调解，司马曜起至少表面上还没拿司马道子怎么着。
可树欲静而风不止，侍中王国宝受到司马道子的宠爱后，在朝中极力奔走，联络八座（朝廷的八种高级官员）大臣联名上奏，请求擢升司马道子为丞相、赐黄钺（皇帝诛杀大臣专用的铜斧），并加以特别尊崇的礼节等。
护军将军车胤（就是囊萤映雪那位少年）刚正不阿，说：“这是周成王尊敬他叔父周公的做法。如今主上在位，与周成王时不同，相王（司马道子）也不可能成为周公！”拒绝在奏章上签名。
奏章呈上去后，司马曜勃然大怒，而夸奖车胤有节操。
中书侍郎范宁、徐邈都是正直大臣，时常提出合理化建议修正朝中的政策，并敢当面痛斥奸邪之辈。范宁虽然是王国宝的舅舅，但十分痛恨外甥阿谀谄媚的行径，劝司马曜将其撤职查办。
王国宝连忙找死党、能言善辩又有文采的袁悦之帮忙，袁悦之写了一封信，大致意思是说王国宝忠心谨慎，应该值得信赖。再找相好的尼姑妙音转交给为司马曜生下俩儿子的陈淑媛。
司马曜看到信后大为光火，有事不光明正大反映，通过女人搞小动作，这算怎么回事？加上袁悦之又是司马道子集团的重要成员，没少撺掇司马道子独揽朝政。司马曜趁机把袁悦之公开处斩，主相之间的矛盾由此公开化。
太元十四年（389年）六月、太元十五年（390年）正月，镇守江陵的荆州刺史桓石民和镇守京口的青、兖二州刺史谯王司马恬相继死去，对长江上下游控制点的争夺就成为主相相持的焦点。
王忱是王国宝的弟弟，也就是司马道子的堂大舅哥。王恭则是王皇后的哥哥，也就是司马曜正儿八经的大舅子。两位虽然都姓王，但一个是琅琊王，一个是太原王，可这不影响他们友好相处，曾经两人好到穿一条裤子都嫌肥。
王恭看到主相两派朋党之争日趋激烈，向王忱表达了自己的忧虑，并希望两派能够和好，同心协力奔小康。王忱表示赞同，考虑到自己的意见不会引起司马道子重视，就请说话有分量的袁悦之转达。
袁悦之一直嫉妒王恭与王忱的关系，早想离间他们，于是故意在司马道子面前怒斥王恭“妄生同异，疑误朝野”。王恭觉得自己被出卖了，王忱则是有口难辩，两人的关系由此破裂。
桓石民没有子嗣，他死后，司马道子抢先一步任命王忱为荆州刺史，都督荆、益、宁三州军事，镇守江陵。司马恬一死，司马曜就让王恭担任都督兖、青、冀、幽、并、徐及扬州之晋陵诸军事，前将军，兖、青二州刺史，假节，镇守京口。
太元十七年（392年）十月，王忱死于荆州刺史任上，激起了司马曜夺回荆州的欲望。司马道子打算以王国宝接替其弟为荆州刺史，司马曜当然不乐意荆州这块肥肉落入司马道子之手，迅速采取行动，绕过司马道子所控制的吏部（人事部），直接以中诏（皇帝亲笔诏令）任命心腹近臣殷仲堪为荆州刺史。
与此同时，司马曜又擢升太子右卫率郗恢（郗鉴之孙）为建威将军、雍州刺史、假节，代替因老病退休的朱序，镇守襄阳。通过一系列的人事变动，司马曜在相持中已经占了上风。
可是，一生嗜酒如命的司马曜却意外死于酒后的一句玩笑话。
太元二十一年（396年）九月二十日，司马曜又在后宫的清暑殿与最得宠的张贵人喝上了。史称张贵人是千杯不醉，在喝酒这件事情上与司马曜倒是志同道合，虽然只挂着贵人的头衔，可地位等同于皇后（王皇后死后，皇后位置一直空缺），后宫中人人都敬畏她三分。
两人喝到兴头上，司马曜突然对张贵人说：“你年近三十，美色大不如前，又没生孩子，按理应该要被废黜了，我喜欢更年轻的。”
司马曜酒后胡言乱语也不是头一回，张贵人一开始也没当回事。但司马曜脑子控制不住嘴巴，叫停乐队，当着众宫女嫔妃指着张贵人说：“明天就废了你，再找个年轻貌美的佳人陪我喝酒。”
张贵人面子上挂不住了，心里异常愤怒，司马曜以前最宠爱的两位美人就是因失宠被打入冷宫的，而烂醉如泥的司马曜丝毫没有察觉自己宠爱的女人已经起了杀心。
当晚，司马曜就在清暑殿留宿。张贵人先拿酒赏赐所有的宦官，等宦官们纷纷醉倒睡去后，召来心腹宫女，趁司马曜醉酒沉睡之际，用被子蒙住司马曜的脸，把睡梦中的司马曜活活闷死。
随后，张贵人用重金收买左右的侍从，谎称司马曜做了个噩梦，受惊吓导致窒息而死。此时皇太子司马德宗愚昧懦弱，司马道子巴不得司马曜早死，这件弑君大案竟然无人过问。
司马曜在位24年，终年36岁，他的最大政绩是恢复了皇权，如果不是死得太窝囊，人们很难想起他这位皇帝。
司马曜死后，由太子司马德宗继位，是为晋安帝。改次年为隆安元年。由于司马曜死得太突然，没有留下遗诏，安置朝中的尚书左仆射、征虏将军、太子詹事王珣及尚书、领军将军、太子少傅王雅等人都失去了依附，大权就落到司马道子和他儿子司马元显的手上。
司马德宗打小就是个聋哑痴呆儿童，从来没有独立做过一件事，可他像司马衷一样占据着长子的位置，5岁时就被立为皇太子。想当年，司马懿何等奸猾狡诈，他们父子干尽了坏事，没有想到自己的后代出了两位傻皇帝。历史上人们都把“痴呆皇帝”的桂冠扣到司马衷的头上，其实司马德宗才是名副其实的痴呆皇帝。
司马衷虽然傻，可他只是智商不高，最起码他还知道吃喝玩乐，还分得清美丑，不明白的事还懂得问：“没有饭吃，为什么不吃肉糜？”而反观司马德宗，这是个愚笨到连话也不会说，路也不会走，甚至连寒暑冷热都不知，吃喝拉撒一概不能自理，离开别人服侍就不能存活的主。
江山交到这样一位皇帝的手上，也就意味着离改朝换代不远了。而司马德宗应该算是历史上最令人放心的傀儡，不管他活多少年都不会改变。因此司马道子的位置就成了各方争抢的目标。而最先起兵的是镇守京口的王恭和江陵的殷仲堪。
隆安元年（397年）王国宝由于忌惮与自己矛盾日深的王恭，劝司马道子削减其兵力、减少其军费。王恭也打算领兵入朝诛杀王国宝，他正在操练士兵，筹备军需物资，并且上表声称准备北伐。司马道子心生疑窦，就以此时出兵会影响农事为由，命令王恭停止一切军事行动。
王恭决心已定，当然不会服从，于是派人到广陵联络殷仲堪。殷仲堪虽然是名正言顺的荆州刺史，可在荆州的地盘上真正说了算的人是桓玄，也就是桓温的幼子。桓玄凭借桓氏家族长年治理荆州的威望，在荆州可是说一不二，士民们都畏惧他。
太元末年（396年），朝廷曾让桓玄出任义兴（今江苏宜兴）太守，桓玄到了义兴觉得不如意，竟然炒了朝廷的鱿鱼，弃官跑回其封国南郡（今湖北江陵）。他回到荆州的第一件事是拜见父母官殷仲堪，意在告诉对方：我桓大公子回来了。
当时殷仲堪正抱着小妾午休，而且事先告诉警卫：“今天老夫要睡个午觉，天王老子也不许打扰！”受到阻拦的桓玄岂肯善罢甘休，殷仲堪赶紧起来“迎驾”。
因此，殷仲堪接到王恭的邀请，自然要征询桓玄的意见，桓玄觉得是笔好买卖，就劝说殷仲堪，推举王恭为盟主，共同兴兵讨伐依附于司马道子的王国宝，殷仲堪于是答应支持王恭。
王恭起兵的檄文送到建康后，司马道子一伙顿时慌了手脚，立刻弃车保帅，把所有罪责往王国宝身上推。司马道子处死了王国宝，又杀了王国宝族弟王绪，再派使者去面见王恭，表达歉意和作了一番自我反省。王恭于是偃旗息鼓，带兵退回京口。
这次起兵，不但让王恭、殷仲堪人气指数大增，连桓玄也跟着获益，被朝廷任命为广州刺史，加建威将军、平越中郎将、假节，无非是想把他调离桓氏盘踞已久的荆州，但桓玄受命后却不赴任，他在静等第二个回合。
一向养尊处优的司马道子显然被吓得不轻，虽然才33岁，可也已两鬓泛白，神衰色减，苍老了许多，而他的儿子会稽王世子司马元显刚满16岁，英气勃勃。
司马元显此时的职务是侍中，他断言王恭、殷仲堪有了第一次就会有第二次，终究是祸患，劝司马道子早做准备。司马道子已是身心俱疲，便任命司马元显为征虏将军，将自己的卫队及徐州的文武官员都配备给他。
司徒府长史王廞是王导的孙子，因母亲去世回吴郡（今江苏苏州）守丧。王恭讨伐王国宝时，任命王廞暂时代理吴郡内史，让他在东面起兵。王廞便让前任内史虞啸父等人到吴兴（今浙江湖州市南）、义兴（今江苏宜兴）一带招兵买马，招到了数万人马。
可人刚招上来，王恭那边就完事了，写信通知王廞可以回家继续守丧，人马就地解散。
王廞起兵之初就在三吴杀了不少持反对意见者和异已势力，已经骑虎难下。他不但拒不从命，还派儿子王泰带兵前往京口找王恭算账，叫你耍我！
王恭只派司马、南彭城内史刘牢之率5000北府兵就轻松斩杀了王泰，进而在曲阿大败王廞、虞啸父等人，王廞只身逃跑下落不明，虞啸父则被生擒送交廷尉治罪。
司马道子经历了王恭、殷仲堪举兵，诛杀了王国宝之后，起用宗室谯王司马尚之、司马休之兄弟为心腹。司马尚之献计，让司马道子多树立心腹作外藩以屏护朝廷。司马道子于是任命王国宝的哥哥王愉为江州刺史，加辅国将军、假节，将豫州刺史庾楷属下的4个郡改由王愉都督，以防备王、殷两人再次闹事。
庾楷本来是站司马道子一边的，可对此变动极为不满，加上他与王国宝是铁哥们，司马道子斩杀王国宝时就窝了一肚子火，于是愤而派儿子庾鸿去劝王恭讨伐司马尚之。
王恭上次起兵尝到了甜头，一听就来了精神，通知殷仲堪、桓玄再次起兵。
刘牢之劝谏说：“将军您是国舅，相王是皇叔，都享有很高的声望，相王已经杀了自己的宠臣王国宝和王绪，已经给足将军面子了。近来他又没什么大错，要说把庾楷辖下的4郡割让给王愉这事，对您又没有什么损失，为何非要兵戎相见呢！”
王恭不听，向刘牢之许诺：“事情成功了，就把北府交给你。”遂派刘牢之先去占据竹里（今江苏句容县北）。
王恭的动作之快出乎庾楷的意料，他马上整军跟上。殷仲堪因为去年起兵时表现得不够果断，这回没有半点迟疑就发兵了。
桓玄是唯恐天下不乱，要的就是这个机会，好乱中夺权，带上自己不多的人马也出发了。这次起兵的结果是，刘牢之被司马元显策反，杀了王恭，并取代了王恭的职位；庾楷被朝廷打得大败，落得个无家可归的下场；
司马道子分化瓦解殷仲堪、桓玄和殷仲堪所倚重的战将杨佺期，杨佺期被任命为雍州刺史；桓玄为江州刺史，并收编了庾楷的部众；殷仲堪被贬为广州刺史。
桓玄、杨佺期得了便宜，又不得不卖乖，因为自己的兵力不足，老婆子女都捏在殷仲堪手里，所以3人共同上书，请朝廷收回成命，保留殷仲堪的荆州刺史职位。
司马道子见好就收，说既往之事，不宜挂怀，恢复众人原职，彼此解甲休兵，内外安宁。
隆安三年（399年），桓玄经过1年的充分准备，给朝廷上书请求扩大自己的辖区，司马元显乐得让桓玄与殷、杨打个两败俱伤，就加封桓玄都督荆州长沙、衡阳、湘东及零陵四郡诸军事，等于放纵桓玄。桓玄心领神会，突然袭击了杨佺期，杨佺期战败被杀。当时坐镇襄阳的殷仲堪听说杨佺期兵败，准备出奔长安投靠后秦，在途中被俘，桓玄扔给他一把大刀。殷仲堪拿起刀往脖子一抹，倒地身亡。
桓玄灭了杨佺期和殷仲堪后，向朝廷提出领荆、江二州刺史。当时朝廷正全力应付五斗米道孙恩叛乱，全都依了他。桓玄趁机在荆州任用心腹，训练兵马。至此，桓玄和刘牢之分别控制了长江中游和下游北岸，东晋朝廷只剩下江东八郡。
孙恩出身琅琊孙氏，曾祖父就是八王之乱时赵王司马伦的谋主孙秀，五斗米道是孙家的传世宝。五斗米道教主之位传到孙恩的叔父孙泰手里时，也不知道是多少代了，总之这是个有野心的家伙，曾隐瞒身份到会稽王司马道子身边当了一名勤杂工。他觉得朝廷不过如此，于是想把五斗米道的事业做强做大，取代东晋的地位，回去纠合了几千徒众就想起事，遭到司马道子的镇压，侄子孙恩逃到了海上。
隆安三年（公元399年），司马元显在三吴大量征兵，引起大规模骚动。孙恩趁机率领徒众从上虞登陆，杀上虞县令，攻克会稽（今浙江绍兴），徒众迅速发展到数万人。
三吴八郡都起来响应孙恩，郡县官员跑得慢点的都成了刀下鬼，孙恩就在会稽登坛作法，自号征东将军，凡是加入其组织的人均称为“长生人”，并下令诛杀异己，非“长生人”者连婴孩也不放过，造成大量民众惨死，朝廷不得不调刘牢之的北府兵前去镇压。
孙恩大肆屠杀手无寸铁的百姓时，还牛皮哄哄地对属下说：“天下没大事了，过几天咱们就穿着朝廷的官服到建康去！”
听说刘牢之来了，孙恩立即改口说：“就算我只割据浙东，也能做个勾践！”
等到刘牢之渡过浙江，向会稽杀来时，孙恩又放低目标，说：“大丈夫能屈能伸，逃走也不是什么丢人的事！”
带着部众再次逃到了海岛上。之后孙恩又先后3次率众登陆，给朝廷制造了不少麻烦。
隆安五年（公元401年）三月，孙恩第4次登陆攻打海盐（今浙江海盐县）时，遭遇了一位克星，此人名叫刘裕。刘裕声称自己是汉高祖刘邦的弟弟楚王刘交的后代，不管是真是假，反正到他了这一辈，已经沦落到靠砍柴、种地、打鱼和卖草鞋为生的境地了，斗大的字没认识几个，与整天把“中山靖王之后”挂在嘴边的刘备有得一比。
刘裕参军后，受北府军将领冠军将军孙无终的赏识，提升为司马。刘牢之奉命镇压孙恩时，孙无终向他荐举了刘裕，刘裕由此转入刘牢之的麾下，担任参军。刘牢之率部抵达吴地，派刘裕率几十个人前去侦察叛军的动向。不巧碰上了数千叛军，刘裕率众迎战，随从大多战死，而他却手执长刀，越战越勇。
刘牢之的儿子刘敬宣见刘裕出去很久不回，率数十骑兵前去看个究竟，这一看差点没惊掉下巴，只见刘裕一个人挥舞着大斩刀追着数千人砍。见来了援军，叛军逃得更快，刘裕乘胜追击，一举平定了山阴（今浙江绍兴）。
刘牢之欣赏刘裕是员勇将，让他驻守句章城（今浙江宁波）。句章城矮小，刘裕手下士兵不过数百，可他常常披坚执锐，身先士卒，每战都冲锋在前，力保城池不失。
这次孙恩不敢进攻句章城，改而进攻海盐，刘裕跟踪而来，在海盐城旧址临时筑城。叛军攻城时，刘裕挑选了数百人组成敢死队，手持短兵器赤膊上阵，击鼓呐喊着冲出城去。叛军被北府军的气势所慑，都丢盔弃甲而逃，大帅姚盛被斩。刘裕虽然一击得手，但考虑到敌我力量太过悬殊，便假装弃城逃跑，诱使叛军进城，再寻机歼敌。
六月，孙恩乘胜渡海，突然进军丹徒（今江苏镇江），兵力多达10余万。刘牢之主力还驻扎在山阴（今浙江绍兴市辖区），京师震动。刘裕日夜兼程，几乎与叛军同时抵达丹徒。当时众寡悬殊，加上长途急行军十分疲惫，而丹徒守军又被贼军吓破了胆。数万叛军击鼓呐喊攻打蒜山，蒜山居民都拿起扁担准备自卫。
刘裕率部身先士卒，猛打猛冲，叛军大败，跳崖投水者不计其数。
经此一战，刘裕名声大振，朝廷加封他为建武将军、下邳太守，率领水军追到郁洲（今江苏连云港东云台山一带）继续进剿，孙恩南逃。
南逃期间刘裕仍然一直跟踪追击，于是在沪渎（古吴淞江）又大败孙恩，俘虏的叛军数以万计。自此之后，叛军由于饥饿、疾病、瘟疫，死了一大半，孙恩于是在浃口再次逃入海中。
孙恩叛乱，消耗了晋廷的兵力，造成建康防卫空虚，这给盘踞长江上游军事重镇荆州，虎视三吴，伺机而动的桓玄以可乘之机。
