【其一、性质不同。】
“巡抚”这一称谓，其溯源可至《晋书》。然而，作为正式官职概念的“巡抚”，实则形成于明代。据史料记载，洪武二十四年，明太祖朱元璋敕令太子朱标巡察西安，彼时虽称“巡抚”，但此“巡抚”与后世所确立的巡抚官职，在职能与性质等方面，并无实质关联。
永乐十九年，明成祖朱棣选派十六位朝廷大臣，命其分赴各地展开巡查工作，旨在对军民予以安抚与治理。彼时，巡抚一职以钦差身份“代天巡狩”，这一表述具有确切的实际意涵，彰显了该职务身负皇命、代行皇权以整饬地方之特性。
在洪熙元年之际，朝廷经审慎安排，委派大理寺卿胡概与参政叶春对南直隶及浙江地区进行巡抚之职。此阶段，巡抚这一称谓正式演变为官方的官职名称，诚如相关史料所记载：“巡抚自此始设。”
宣德五年，明宣宗朱瞻基敕令六位侍郎分别巡抚山东、河南、湖广等省份，自此巡抚一职正式确立为省级最高行政长官，正如相关史料所记：“各省专设巡抚自此始” 。然而，巡抚制度在全国范围内形成定制，时间则相对滞后。大致于天顺年间，明朝十三布政司均已设置巡抚，标志着巡抚一职成为各布政司的标准配置。
需明确指出，于明代历史语境下，巡抚一职无论处于何阶段，均非严格意义上的地方行政官员。从官员任用体制而言，巡抚皆由京官担任，其编制属性归属于朝廷官员范畴。只不过，巡抚是奉朝廷旨意，临时性地对一省的军事与政务实施统筹管控。
清朝时期，局势与前朝有所差异。在康熙帝执政阶段，明确规定各省巡抚需长期驻守地方，全面掌管一省政务。从编制层面而言，巡抚虽仍属京官范畴，但实际职权与地方官员并无二致，故而常被尊称为“封疆大吏”。
从性质层面而言，其发生转变之后，晋升模式亦随之变革。在明代，巡抚的升迁遵循京官的晋升路径。以某巡抚原官品为侍郎为例，吏部于廷推之际，会依据侍郎所应擢升之官职标准予以判定，在此过程中，判定依据与巡抚本身的关联性并不显著。
在清代的官僚体系中，巡抚遵循地方官员特定的升迁路径。通常而言，巡抚一职向侍郎、尚书转任的情形较为鲜见，相比之下，升任各省总督则是更为普遍的晋升方向。
【其二、品级不同。】
在清代职官体系中，巡抚初始品秩为从二品。自雍正朝以降，相关规制渐趋固定，形成定制，各省巡抚依例加授兵部侍郎与都察院右副都御史衔。如此一来，巡抚的品级便与中央六部侍郎等同，皆为正二品，于官员等级体系中位居大员之列。
在清代巡抚的任命环节，构建了一套严谨规范的制度体系。按照既定规制，一旦各省巡抚职位出现空缺，通常会从内阁学士、翰林院掌院学士、都察院左副都御使、顺天府丞、奉天府丞以及各省布政使等官员群体中选拔擢升。
明代的职官体系中，巡抚一职的品级设定颇为复杂。其品级并非固定，而是依据巡抚在京所任职务予以确定。具体而言，若由尚书或右都御史担任巡抚，其品级为正二品；若由侍郎出任，则为正三品；倘若由大理寺少卿担任此职，品级则为正四品。
此外，从明代典章制度层面观之，针对各省巡抚职位出现空缺时，并未对需从哪些特定职务范围内进行遴选作出明确规定，呈现出较大的灵活性与非限定性。
由此衍生出一种颇为独特的情形，即于地方行政架构中，各省巡抚在官品等级方面，时常不及布政使与都指挥使，甚至在某些情况下，亦逊于按察使。
明代于各省分设三司，其中布政使司之布政使，官阶从二品，执掌民政事务；按察使司之按察使，官居正三品，主管刑名事宜；都指挥使司之都指挥使，品秩正二品，负责军事管理。然而，若朝廷选派大理寺少卿担任巡抚之职，其品级仅正四品。如此安排，在权力层级与管理效能方面，难免显现出力量薄弱之态势。
为有效应对相关局势以实现权力架构的均衡，每当巡抚赴任地方之时，皇帝皆会颁行敕书，以此强化巡抚所执掌的权力与权威。从明代的任职实际状况来看，以尚书之职出任巡抚者极为鲜见，侍郎担任此职的情形亦不多见。彼时，巡抚一职多由都御史、佥都御史等官员充任。
【其三、权力不同。】
在明代，从名义层面而言，布政使乃各省的最高长官。依据定制，每逢八月，各省的布政使、按察使以及督指挥使均需赶赴京城进行述职，在此过程中，他们能够获得觐见皇帝的机会。
在明代政治架构中，巡抚一职主要承担监督与协调之责。虽至后期其权力稍有扩张，然而，终明朝一代，三司始终握有较大权力，并非巡抚的下属机构。三司官员不仅需对巡抚负责，同时亦需向朝廷负责，呈现出显著的二元责任属性。
明中期以降，巡抚于地方的职权扎根日深，其地方化态势持续强化。鉴于此，朝廷为制衡巡抚权力，于各省特置巡按一职，旨在对省内官员实施监督。虽巡按品秩仅为七品，然其握有“小事即时裁决、大事奏请圣裁”之特权。此特权在一定程度上对巡抚权力予以了削减，进而引发了巡抚与巡按之间的权力纷争。
自清代康熙年间裁撤布政使朝觐制度以降，布政使地位发生显著变化，渐沦为巡抚之属员。至此，督抚专政格局得以形成。虽布政使与巡抚仅一阶之差，然二者权力悬殊迥异。在此情形下，巡抚于地方权势煊赫，形同割据一方之诸侯。
权力差异在人事权领域亦有显著体现。于明代，人事权高度集中于吏部。具体而言，巡抚在知县的任免与保举方面，并无实际权力。知县的所有任命决策，皆取决于朝廷。
此种情形致使众多中下级官员有恃无恐，敢于公然与巡抚抗衡。以海瑞为例，其在担任淳安知县之际，便多次公然违逆上级指令，对浙江巡抚亦毫无尊崇之意。然而，若海瑞身处清代，毋庸置疑，即便有再多胆量，他也绝不敢与浙江巡抚当面公然抗争。
【其四、地位不同。】
在明代的官僚体系中，官场呈现出显著的“重内轻外”格局。彼时，科举入仕者，尤以进士出身者为甚，对地方官职多存轻视之意。他们普遍认为，于京城担任七品微职，亦胜于出任地方四品知府之位。
从官制体系而言，巡抚虽隶属京官编制范畴。然而，于京官群体的普遍认知中，巡抚一职并非令人心仪的职位，相较六部九卿，其受青睐程度明显逊色。
清朝时期，局面发生逆转。自雍正帝推行养廉银制度后，官场逐渐呈现内轻外重之势。彼时，无论是科举登第的进士，还是入值翰林院的翰林，皆千方百计谋求赴地方任职。究其根源，地方官员因职权之便，经济收益颇丰，任职三年所获，足以媲美京官一生所得。
从利益关联及权力考量层面而言，相较于六部堂官，清代皇帝对各省督抚更为重视。以乾隆皇帝为例，在其认知体系中，六部所司职责在重要程度上远不及督抚。他认为，六部堂官能力稍逊，于朝政并无重大影响。然督抚一职，地位关键，若选拔任用不当，极有可能引发朝野动荡。
在清代的官僚选任体系中，皇帝对于督抚这一级官员的选拔任用秉持审慎态度。就巡抚这一职位而言，朝廷通常不会将其调往京城任职，而是将巡抚在不同省份之间进行调配。从巡抚自身的视角审视，若被调至京城出任品级相当的侍郎，往往被视作仕途前景黯淡的一种信号。
