汪海洋刺死李世贤后，势力更加孤单，屡战屡败，他本人更是在攻打程官埠（今广东梅州蕉岭高思程官铺）清军营寨时负伤，退回镇平后多日闭门不出。

汪海洋擅杀李世贤，使太平军内部士气更加涣散，部分李世贤旧部惊惧莫名，为保命或逃亡或降清，预示着汪海洋必将败亡。在广东东北部的崇山峻岭中继续坚持作战的来王陆顺德，也因为天将林振扬的叛变而被其擒送清军，后惨遭凌迟。

南方太平军本就是强弩之末，又因将帅内讧而变得更加虚弱。就在太平军内讧激烈时，左宗棠上书清廷，详细陈述自己的军事部署和作战目的：闽军自入粤以来，处处成尾追之势。好比捕鹿，终是处于被动。考虑高连升所带之兵较为薄弱，臣派刘清亮率三千将士与其合兵一处，且将康国器等所率五千粤勇划归高连升统带。其作战方向集中于粤东，根据“发匪”行踪进击，是为追剿之师。另刘典已率军从江西会昌、安远移师泉州南安，臣令黄少春带兵由平远等地前去与刘典军会合，以巩固赣省防守、扼制湖湘关隘，以防发匪回窜，是为拦头之师。而在福建获胜之军中，仅留王德榜部驻守闽境，其余各军均派出追剿发逆。

随后，左宗棠又详细部署，各军有条不紊地展开了追剿行动。

同治四年（1865年）9月20日，康国器率粤军攻克福建长乐后留驻守御。同日，高连升、黄少春率军进驻分水坳，汪海洋立即派兵来攻，被击退后次日又会同李远继、何明亮等军分三路大举进击，计划突破清军重围，从武平进入江西。高连升、黄少春率军坚决阻抗，太平军死伤颇重，汪海洋突围失败，不得不又退回镇平。

值得一提的是，黄少春原是太平军将领，投降左宗棠后作战颇出死力，曾经在天京城破后于浙赣交界处击杀太平天国堵王黄文金，差点擒住幼天王洪天贵福，这次转战闽粤追剿太平军余部，他作战勇猛，屡建奇功，颇受左宗棠青睐与倚重。

9月28日，康国器率军猛攻镇平县城。高连升、黄少春等军也攻克了城池外围的好几处太平军营垒，只有白泥胡的太平军军堡未下，旋即高、黄也挥军兵临城下。康国器军攻南门，高连升军攻北门，黄少春军攻东门，三方同时发起猛攻。汪海洋督军拼命抵抗，无奈清军攻势很猛，火力占据压倒性优势，太平军有些抵挡不住，汪海洋见情势危殆异常，被迫率众从西门溃出，辗转往平远撤退，镇平被清军收复。

就在左宗棠部击败汪海洋收复镇平时，江西巡抚孙长绂奏请朝廷派重臣进驻广东，以节制闽、粤、赣三省军队，集中力量彻底剿灭太平军残余势力。10月1日，清廷发布谕旨，指出汪海洋及其所统“发匪”余部一日不除，粤境一日不得安宁，并敦促左宗棠集中三省兵力围逼夹攻，力图迅速歼灭之；命左宗棠率高连升等军驰赴广东，调遣三省之军，相机合力攻剿。

左宗棠接到谕旨时，战局又发生了出乎意料的变化。

原来，汪海洋率太平军退出镇平后，择路逃往平远，途中侦知清军正从长宁、下坝等地赶来，便避实就虚，令大军折向平远大柘。10月2日，太平军的断后部队被清军大举追上，600余后军士兵集体向清军投降。次日，汪海洋率太平军主力赶至兴宁黄陂墟一带，联络当地的天地会武装，联合设伏待敌。随后，高连升、康国器率军尾追而至，太平军、天地会伏兵聒噪着卷杀冲出，清军猝不及防，将士伤亡惨重，大批辎重、火炮、枪械被太平军掳获，吃了大亏。遭此重挫，高、康两军只得收拾溃卒，就地休整。

彼时，粤军已经攻克长乐县城，距兴宁不过百里之遥，但粤军在长乐拖延观望，没有出兵相救或堵击太平军。汪海洋乘机率太平军摆脱清军尾追，满载大量战利品顺利进入赣南。10月10日，汪海洋军进入江西瑶田，12日，太平军开始进攻龙南县，接连猛攻三日，均被清军击退，未能得逞。17日，稍事休整的太平军卷土重来，再次进攻龙南，清军顽强抗击，激战两日不克，汪海洋损兵折将，只得怏怏率军南窜，又撤返回广东境内。

汪海洋兵败江西龙南后，无奈之下，又率军南撤广东。

左宗棠

严防太平军余部西窜江西，是闽浙总督左宗棠再三强调的方针，为此他在兵力部署上做了周密的安排，但粤军并未认真执行他的军事部署，以致太平军钻了漏洞，从缝隙间摆脱清军围追堵截，从广东突入赣南，也使左宗棠制定的作战计划被彻底打乱。

左宗棠因此奏报朝廷，对粤军的消极应战进行了强烈的谴责。他在奏报中说，从收复镇平到追剿四处流窜的“发逆”，闽军不顾疲劳，连续六天六夜跟踪追击，而粤军却袖手旁观，未派一兵一卒参与会剿。此次衔枚疾追，闽军昼夜兼程，长途奔袭，“发逆”又凶悍无比，负隅顽抗，致使本已穷途末路的“贼匪” 残部残部得以乘机逃逸。粤军在未克镇平时，没有配合闽军攻城；克复镇平后，没有会合闽军追剿。

对于粤军的消极表现，左宗棠痛心疾首，他在奏疏中陈词痛斥，历数粤军在嘉应州（今广东梅州地区）一系列战事中的失职。清廷收到奏章后，命左氏节制闽、粤、赣三省诸军。此后，左宗棠令行禁止，其围剿南方太平军余部的战事进入了最后阶段。

当太平军在江西龙南作战失利后，再次由赣南折返广东境内时，左宗棠因势而变，对兵力重新进行了部署：刘典军由江西南康移防广东南雄；高连升军由广东河源入驻长宁，控扼太平军南攻广东之路；黄少春军由赣州移师信丰，防止太平军窜入赣北。

汪海洋见前路已被清军阻断，立即率太平军由连平翻越大山进入平和、兴宁等地，旋即直趋嘉应州（今梅州）。12月8日，太平军突袭嘉应州城，迅速破城而入，闽、粤震动。

左宗棠

左宗棠获悉嘉应州再被太平军攻据后，急令游击军扼守永定，飞檄传令王德榜速率2500将士由汀州驰奔嘉应州，又调黄少春军自江西信丰经安远进至武平，据城死守；他本人亲率卫队驰守平和，以防太平军进图福建。此外，他还筹谋调集闽、粤、赣三省大军，进围嘉应州。

不久，各路大军陆续源源开至，在嘉应州外围排兵布阵。左宗棠督军完成合围，各军渐迫渐紧，包围了嘉应州城，打算集三省兵力毕其功于一役，彻底歼灭南方太平军余部。

1月，嘉应州城东面、东南、东北以及北面长围之势已然形成，只待鲍超的霆军以及席宝田等军从江西开到后进扼州城西北的相公亭和大坪两路，诸军便可以并进封锁、环攻嘉应州，或从四面将其将其牢牢锁住、困死。

汪海洋见清军集结大军渐逼渐近，马上就要完成对州城的合围之势，必须立即破围，否则就要困死城中。汪海洋遂于1月28日率军主动出城迎战。太平军出东门与围城清军鏖战，刘典、高连升、王德榜以及康国器所率的粤军与太平军大战于塔子坳、指湖顶、佛子庙、双板桥一带，双方你来我往，枪炮齐鸣，皆奋死搏杀，战况异常惨烈，嘉应州城外伏尸遍野，热血横流。

汪海洋

汪海洋虽然为人戾狠猜忌，却也不愧是天国末期一员骁勇善战的悍将，他冒着枪林弹雨，身先士卒，一马当先，率兵卒猛打猛冲，倒也悍不畏死。因叛徒丁太阳泄密之故，刘典知道了汪海洋每战必身先士卒的内情，命丁太阳带降兵携带枪炮埋伏侧击。1月中旬，汪海洋在一场激战中再次一马当先，叛将丁太阳督军“枪炮齐施，弹如雨注”，汪海洋被一枚子弹击中头部，护兵拼命将他救出战团后，于2月1日伤重而死。是役，太平军战死者多达3000余人，损失异常惨重。

汪海洋战死后，太平军群龙无首，士气几乎瓦解，当夜，太平军将士相率出营降清，数不胜数。但也有部分信仰坚定、意志坚韧的太平军将士在偕王谭体元的领导下继续坚持战斗。清军得知汪海洋已被击毙，趁机连营步步进逼，迅速完成了合围。谭体元派兵猛攻康国器的粤军和鲍超的霆军大营，企图撕开一道口子强行突围，均被清军击退，反复几次都没有成功......范文澜认为：“李世贤之后，汪海洋是当时唯一能够统辖全军的将领，他的牺牲加速了太平军余部的彻底覆灭。”