曹操杀华佗的原因，据《三国演义》记载是因为华佗给曹操治头风病，建议将头颅劈开，做一个手术，方可治愈。生性多疑的曹操认为华佗意图谋杀自己，将其关押拷打直至华佗殒命。

但据陈寿《三国志》记载，曹操听说华佗医术高超，征召他到许昌为自己治病。华佗用针刺法，随手而愈。后来，随着华佗的年岁增加，医术也不再像原来那样神奇。曹操的头风病时常发作，华佗有时也没有什么好办法。曹操因此不再像从前那样礼遇他。华佗心中失落，借口妻子病重离开了许昌。曹操三番五次写信让华佗回来，又下诏令郡县征发遣送，华佗自恃有才能，厌恶为人役使以求食，仍然不上路。曹操很生气，派人去查，结果发现华佗撒谎，于是把华佗带到许昌监狱，经审讯验实，华佗供认服罪，最后他在狱中被拷问致死。

总之，曹操杀华佗是因为华佗不服从命令，欺骗曹操，触犯了曹操的权威。同时，曹操对华佗的医术也产生了怀疑，认为他的治疗效果不如从前，因此不再信任他。