日军发动这次浙、赣作战，分三个战役阶段进行:
第一阶段，预计为半个月，即攻占到衢州以东的龙游镇—带地区时，部队暂停，调整战线，进行短时间的休整、做进攻衢州的准备。
第二阶段，仍预计为半个月，即攻占衢州和第三战区的所在地的上饶。
第三阶段，最后打通浙、赣线并攻占丽水、温州，预计时间为一周。
然后，即以各种手段，彻底破坏上述地区内的机场；拆除、运回浙赣铁路的钢轨与设备；听令撤回至原驻地。
顾祝同旧照 图片来自网络
第三战区司令长官顾祝同，字墨三，江苏涟水人，毕业于保定军校第六期，与新四军军长叶挺是同一届的同学。
北伐初期，黄埔学生就是再有能耐，也只有当小兵的份，指挥官主要由保定出身的老师们充任，而一众教官中，又以顾祝同和刘峙表现最为突出，堪称总教官何应钦身边的“哼哈二将”。
在何应钦的心目中，顾祝同的位置本来是排在刘峙前面的，因为觉得顾祝同的性格沉稳一些，有大将风度，但他后来又改变了这一看法。
要成为一个优秀的军事指挥官，并不是那么容易的事情，所谓过犹不及，太躁会被对手抓住漏洞，太稳亦容易错过战机。
生活中的刘峙看上去窝窝囊囊，到了战场之上却有着惊人的果敢和冷静，即使在弱势情况下，也敢于全力一击，因此屡屡创造反败为胜或以弱胜强的战例。虽然他后来被人绑着打仗，但“常胜将军”的确非浪得虚名。
与刘峙相比，顾祝同有时就显得过于犹豫，乃至当断不断，反受其乱，指挥大兵团作战总是差那么一点炉火纯青的味道。
在第三战区，包括川军、湘军、东北军，几乎清一色的杂牌，原先只有上官云相的部队能沾到一点嫡系军的边。至于部属同僚，除了韩德勤算江苏同乡，上官云相是保定同学，其他人全是五湖四海凑一块，过去跟顾祝同没有多少关系或往来。
他对蒋介石十分忠诚，唯命是从，其历史功过，早有定论。但是，作为性格的另一面，谦和宽厚，锋芒藏而不露，没有表现欲，人缘口碑极好，有“军中圣人”之赞誉。
首先，他采取了一种松散管理的治军方法，对士兵的管理较为宽松，不严格要求纪律，甚至不禁止士兵嫖赌，但要求士兵在战斗中要敢于冲锋陷阵，不吝生死。对于违反纪律的士兵，夜采取严厉的惩罚措施，如临阵脱逃者会被处决。
对于军官，他则采取笼络的方式，每月通过宴会和补助费来增进感情，对违反纪律的军官从轻处理，被撤职的军官通常只是短暂离开一段时间后仍会被重新任用。
其次，他在经济上对军官也有一套独特的笼络方法。营长以上的军官每月有一次宴会，团长以上的每月有补助费，营长每月可以透支100元，连长每月可以吃几个空额。
对于阵亡或受伤的军官，他会多给一些抚恤金，还创办农场或资助退伍士兵经营小商业，帮助他们安置生活，还特意办了随营军官子弟学校，用于收容军官子弟入学，解除其后顾之忧，使得他在军中享有极高的威望。
作战时，他从不对前线部队指手画脚，最多只是以电台交流，遇到紧急情况甚至允许麾下先斩后奏。
在战场上，顾祝同更是彻底放手，除了宏观的战略方针之外，几乎不会插手前线国军部队的任何细节作战指挥。
东北军于学忠部是顾祝同第三战区的主力，根据于学忠的回忆，顾祝同在下达命令后一般只会询问结果而不插手过程，这种上司在当时十分难得。
其治军方法虽然看似简单，但实际上需要极大的胸怀和智慧，能够在复杂的环境中保持军队的稳定和士气。
顾祝同的宽厚个性和驾驭部队能力，让他赢得了无数忠诚的追随者。所以，第三战区的地方系杂牌军虽然战斗力远远比不上嫡系部队，但是却爆发出了超乎预料的顽强斗志。
日寇行军途中
1942年4月下旬，国民党军侦知日军的这次作战计划，并对此进行了准备，向浙、赣地区增调部队，在纵深地区，建立主防御地带，收拢部队加强正面的重点防守，破坏交通、改造地形。
（一)令在鄱阳湖以东沿长江南岸之漳田渡（波阳县西北境内)、永丰、东至、石台、青杨、宣城、溧阳、临安、新登、诸暨、嵊县、宁海一线部队，加紧构筑工事，破坏敌可能利用的道路，增设水下障碍，同时收拢部队，准备在金华、兰溪地区组织重点防御。
（二)将第三战区主力丁治磐第26 军、王耀武第74军部署于浙、赣路东段的衢州附近；施忠诚第100 军部署于浙、赣路西段的弋阳附近。
（三)令薛岳第九战区（位于长沙)，准备以3 个军的兵力至赣东地区，策应第三战区作战。
根据掌握的敌情，第三战区将主力4个集团军作扇形、等距（每集团军平均相距约为60公里）部署于徽州、淳安、金华、缙云一线以东的正面，准备抗击敌第13 军的进攻；以1个军部署于浙、赣路的西段，以3个军位于衢州地区。
其作战方针如下：
以最小限度的兵力，配置于浙、赣路西段，进行持久抵抗；集中主力于浙、赣路东段，利用既设阵地持久抵抗，并竭力袭扰敌军后方，迟滞牵制敌人，特别在金华、兰溪，要预筑坚固阵地竭力抵抗，最后在衢州附近与敌决战。
部署与任务：
（一）李觉第25集团军担任浙江南部地区作战，总司令部位于缙云。
（二）王敬久第10集团军担任钱塘江南岸之作战及金华、兰溪的守备，总司令部位于金华。
（三）唐式遵第32集团军担任钱塘江北岸的作战，总司令部位于淳安。
（四）施中诚第100军担任浙、赣路西段之作战（位于弋阳）。
（五）丁治磐第26军、王耀武第74军控制于衢州地区。
（六）以上各部队于 5 月中旬集中、展开完毕，准备迎战。
(七）唐式遵第23集团军警备宁国、贵池（长江南岸)、都昌（鄱阳湖东岸）一线，并进行游击和布雷，以阻止敌在长江中的运输；另须抽出两个师，转用于寿昌（浙江省建德县西南）及鹰潭，准备参加浙、赣路作战。
（八）总司令部位于徽州。
5月11日，日第13军在杭州开设前进指挥所，其部队除中路小蘭江邦雄的混成旅团因从大同出发距离较远而未到达外，其余各部均于5月13 日进入到预定作战出发地，并按预定作战时间，在5月15日先后发起进攻。
日军进攻首先从左路开始，位于奉化的内田孝行第70师团，于 5月14日夜间，首先向西对冯圣法暂编第9军暂编第35师发起攻击；
接着，位于上虞东关镇的大城户三治第22师团于5月15日晨，沿曹娥江向南对当面何绍周第88军新编第 30 师、32 师发起进攻。
由于日军这两个师团指向嵊县以南地区，守军经抵抗后向南撤退，第22师团于17日晚，攻击前进至嵊县西南长乐镇。
位于绍兴的中路日军河野毅混成旅团，于5月15日傍晚向西南对第88军新编第 21师发起攻击，经枫桥于17日傍晚到达了诸暨以东附近。
在萧山集结的酒井直次第15师团，于5月15日的夜间沿铁道向南对第88 军的部队发起攻击，在渡浦阳江时，遭到强烈的抵抗，伤亡较大，17日，他们到达诸暨西北方向附近，与河野旅团形成对诸暨钳形进攻态势。
位于富阳西北地区的日军右路武内俊二郎第116师团，及原田次郎混成旅团，于5月16日晨向陶广第28军第192师发起进攻，17日傍晚前进至新登，这个师团是日军进攻部队中行动最慢的。
位于富阳地区的井出铁藏第 32 师团，于5月17日14时出发，沿第116 师团的尾后前进。
日军从5月15日开始，在东起奉化、西至富阳约 150 公里的正面发起了进攻，并以多路分进合击的战术，攻向衢州；其空军直接支援战场进行攻击、轰炸，掩护其地面部队向前进攻，同时侦察第三战区的部队调动和撤退情况。
18日，战斗激烈之时，日军参谋本部次长田边盛武中将，从国内飞抵杭州了解战况，并指示泽田第13 军：
作战结束后，须确保金华以东的占领地区（命令将经由中国派遣军下达），最希望获得的物资是萤石和铁道器材。
日军前进指挥所旧照 图片来自网络
这一天，第13军前进指挥所由杭州前移至当日被其占领的诸暨，泽田茂因需在杭州陪同田边盛武并向其汇报，故未随同机关前进。
在途中，其专用的汽船溯钱塘江由闻堰左转进入到浦阳江的义桥一带时，被水雷炸沉，死亡军官及卫兵 11 人，另有多人负伤，泽田茂因留在杭州得以幸免。
这是中国海军官兵的杰作，尽管当时海军舰艇绝大多数都已沉没，但是官兵们并未灰心绝望，他们分布在敌后大大小小的游击区，一边制造水雷，一边将水雷秘密设置在水道之中。
14年抗战中，长江流域的江河无论大小，在要害水域均有他们布置了高灵敏水雷，取得了不小的战绩，总计有上千艘日本舰艇触雷受伤或者沉没，此次泽田茂的司令部船只被炸，不过是中国海军众多杰作中的一例而已。
19日，中国派遣军司令官烟俊六于午后从南京飞抵杭州，了解战况和视察战场。
他先在机场听取了第1 飞行团长今西六郎关于对战场进行空中侦察和攻击轰炸情况的汇报，接着前往还未搬迁完毕的第13军司令部，听取司令官泽田茂、参谋长唐川安夫关于各路部队作战进展情况的报告。
烟俊六特别提出两点：
一是必须注意军纪，不能再出大事；二是在作战中要加强“宣抚”工作，努力造成和平气氛，以争取归顺者。
唐川安夫还报告说中国部队有很大一部分已由义乌、东阳南撤，越出了第70师团和第22师团的迂回包围圈。对此，烟俊六认为：
此次作战，已失去了围歼对方大兵团的机会。
5月20日上午，烟俊六和泽田茂同乘运输机，飞至桐庐、义乌、东阳等地上空，视察了战场，下午返回南京。
21日，小蘭江邦雄的混成旅团终于由山西大同到达杭州，并开向诸暨。当天20 时 30 分，第13军司令官泽田茂亦到达其在诸暨的前进指挥所。
浙赣作战开始后，日军采取各种手段获得情报，主要有：派遣特务、截获破译国民党军的电报、对国民党军军用电台测向定位、进行战地谍报、空中侦察、搜查国民党军牺牲人员之文件笔记，收集国民党军在战场上丢失的文件、地图，审讯被俘人员等等。
在其获得的情报中，就有蒋介石在 5月19日给第三战区的作战指示：
（一）日军在攻占金华、兰溪作现地整顿、补充之后，将继续向衢州进攻。
（二）为了遮断日军的后方，应在新安江两侧山地，诸暨、衢州铁路两侧的敌后，分别集中一定数量的部队，从若干地区攻击日军的后续部队并力求全歼。
作战方法，可采用敌进我退、敌退我进、敌驻我打的游击活动，在广大范围内不断地打击敌人。
此外，对富春江上的栈桥及日军的船舶，应集中一定的炮兵部队进行破坏和打击。
根据掌握的敌情，第三战区还制订了一个预期在金华地区与日军决战的保卫金（华）、兰（溪）、汤（溪）的作战指导方案。
但是，军委会予以否决，并于5月17日下达了“在衢州地区决战”的命令：
“务将王耀武军（第74军）、丁治磐军（第26军）、王铁汉军（第49军）三军集结衢州附近，切勿控置于金、兰一带被敌逐次消耗。我军方针决在衢州附近决战，不可变更。”
于是，第三战区顾祝同依照军委会的指示，于5月22日重新制定了“保卫衢州作战”的指导方案，并立即实施。
