法轮殿在永佑殿后平面呈十字形，是雍和宫中举行法事活动最重要的殿宇。

殿内巨大的宗喀巴铜像一脸喜容，这个形象真是太熟悉了！它的原型就在故宫的珍宝馆中，殿中一东一西设置着班禅和达赖的法座；背后的紫檀五百罗汉山堪称木雕绝品，可惜被玻璃罩子罩住，乌涂涂的什么都看不清；另一个在玻璃罩里的是洗三盆，据说乾隆出生后的第三日就是在这个雕有鲤鱼小孩的金丝楠木盆里洗净的，可现在的它已经变成功德箱了。

法轮殿东西各有一座楼，东为班禅楼，西为戒台楼，六世班禅晋京时曾居东楼，并于西楼戒台上为乾隆帝受戒，现在两楼成为了文物展厅，展出了许多珍贵文物。