清廷在攻入云南、并随后于南京击败郑成功后，基本上已经稳固了在大陆的统治。此后的郑成功虽然还占据着金、厦等地，但郑氏集团已无力在大陆与清廷抗衡，遂有跨海收复台湾之举，以为长久的打算。
至于台湾和大陆的关系，有明确记载的最早要远至三国时期了。孙权派遣卫温、诸葛直率万余人到达台湾，在舰队抵达时，当地人纷纷赶来准备与之贸易，可见其与大陆的交往早已有之。后来元代于澎湖正式设立了巡检司，明代继之，以加强对于台湾的管治。
有明一代，对于台湾的政策属于传统的羁縻统治，并没有真正意义上的管理，这也就造成了西班牙人和荷兰人的先后入侵，最终荷兰人得以盘踞台湾。但我们要注意的是，荷兰人之所以能够占据台湾，如同澳门一样，是其贿赂明地方官员的结果。而郑成功的父亲郑芝龙做为当时东亚海域海上贸易的重要力量和福建主要的地方官员，必然是和荷兰人有着某种交易，才使得荷兰人能够盘踞台湾，这也是郑成功后来收复台湾的重要理由。
清廷起先对于台湾其实并无太多的想法，之所以要对台湾采取军事行动，更多的是对于政权稳固的考虑。郑氏集团一直打着朱明的旗号与之抗衡，而且对于沿海有着颇多的骚扰。清廷在对郑氏集团无能为力的情况下，才有了迁海令。这个迁海令其实也并无太大的效果，但自身的伤害却不小，因此无论是从政治上还是经济上，郑氏集团都是清廷必须解决的。
经过长期的政治谈判无果后，清廷最终选择了以军事手段解决。公元1683年，福建水师提督施琅在澎湖歼灭郑军主力，迫使郑氏集团投降。清廷在消灭了最后一支反清的武装后，实现了对于中国的完全统治。这个时候，在面对台湾这块土地时，清廷内部发生了一场立场截然相反的争论，那就是守和弃的问题。
康熙和一大批“弃守派”大臣认为，台湾地域狭小，位置偏远，难以治理。加之地小民少，财赋不多，如果派兵驻守，不但因为远隔重洋有鞭长莫及之虞，还要白白的浪费粮饷。内阁大学士李光地更是提出了“空其地，任夷人居之”的主张，一时间放弃台湾的意见占据了朝堂的主流。
在主张放弃台湾的人看来，台湾太远，收益不大，派兵驻防得不偿失，只能是空耗粮饷，是不划算的。按照当时的实际情况而言，这个想法是没有大的问题的，这也是很多朝代面临相同问题时的传统做法，没有收益空耗钱粮的地方统统放弃，以节省朝廷的开支，以保证社会的稳定为首要考虑。
本来清廷对于台湾的军事行动就是以征服明朝残余力量为目的，当初和郑氏谈判就一再要求其“剃发、登岸”，也就是臣服、归顺，没有想过要在台湾实行正式的统治。这么看来，在解决掉郑氏集团、消除最后一个明朝的反攻基地后，放弃台湾也就在正常不过了。但总是有些异于传统观念的人，他们不是不知道守台的代价，可是他们更看到了守台对于国家长治久安的益处。
时任福建总督姚启圣就认为，如果弃台，则将会使沿海各省面临来自海上的威胁，导致“五省之界不能还，六省之海不能开”。只有守住台湾，才能永绝海滨之祸患。这是在面临大航海时代后出现的新的形势、海上的威胁成为外来入侵重要途径之下，一些有识之士对于台湾重要战略地位的重新认识。姚启圣身居福建沿海之地，得到的信息远远多于那些高居庙堂之上者，自然会反对弃台的政策。
最终使康熙改变态度的是收台的主帅施琅，他向朝廷上书《恭陈台湾弃留疏》，详细论述了台湾和东南海防的重要关系，并一一驳斥了“弃台派”的错误论点。他提出断断不可弃台，否则台湾必落入荷兰人之手，那样的话，必将成为中国百年之大患。
施琅本是郑氏集团的大将，因个人恩怨投降了清廷。他在清廷内部一直是力主攻台，最终也是亲率大军收复了台湾。可以说施琅一意攻台很大一部分原因是出于个人的恩怨，但在事后关于“弃、守”之争上，却能够从专业的角度、从国家国防的大局出发，坚持要固守台湾，多少使人对于他有了新的认识。
康熙虽被施琅的意见所打动，但朝内反对者依然不少。于是康熙召见反对最为激烈者李光地，就他们所担忧的问题和守台的意义进行了讨论，但李光地依然反对守台。康熙问李光地，如果弃台，荷兰人会不会占据台湾威胁沿海。李光地回答到，以陛下的英明神武，几十年之内不会。康熙又问，几十年后呢？李光地不能回答。于是清廷大计已定，决议固守台湾，于是台湾正式纳入中国版图。
清廷此举具有重大意义，台湾自此成为中国密不可分的领土，这也是二战后台湾得以回归中国的历史依据之一。而且在战略上也正如姚启圣、施琅所言，台湾成为屏卫中国东南沿海的要塞，其重大的意义，相对于一些人所说的粮饷问题而言，可谓是微不足道的。
什么事情不能只顾当下的利益而不做长远的打算，“弃台”和“守台”就如两百年后清廷的“海防”“塞防”问题中新疆的弃、守之争一样，都是一个现实问题和长远问题的选择。后来对于新疆的弃、守之争，面对着巨大的压力，左宗棠坚持要守，不如此，中国将丧失几千里的战略缓冲区，这些问题不是当下能节省几个钱的问题，而是关系到国家长远利益。
有些事情你做了，后人就不需要再考虑这个问题了。正如同我们认为穷兵黩武的汉武帝，他把匈奴解决了，后人就不需要考虑这个问题了。而康熙朝收复了台湾，台湾自此也就正式成为了中国领土。每代人有每代人的使命，无论有再大的困难都要完成自己这一代的使命。
