在日军进攻南京之前，守军和国民政府为了防止日军轰炸而利用各种设施挖掘了大约5000余个防空掩体。这些掩体有军事用途的，也有的纯粹为躲炸弹所设，更多的是民间百姓自己在院子和房屋下自挖的地洞，大的可藏几百人，小至一家几口人所用。
一日，日军进城后发现，一些国民党政府和军事部门皆有坚固的地下工事，开始他们以为是蒋介石等珍藏宝藏的地方，因为这些洞穴一般不易被发现，皆有地表掩蔽物，有的深不可测，有的是水泥钢筋大门紧锁，有的曲径通幽，更有地堡式的军事设置。日军对此十分惧怕，干脆见到这样的建筑，就用炸药爆破或直接掩埋。
“有人！我们这儿有几十个活人呐！”日军某联队把重磅炸药放在一处地下工事的出口处实施爆炸。“轰隆”一声巨响后，只听倒塌的洞穴内传来几声乞求的哀嚎声，稍后见几个浑身血肉模糊的“泥人”从残洞口滚出来，举着双手。
“死啦死啦的！”日本兵见状，迅速后退几步，端起冲锋枪和步枪，一阵扫射。
洞口平静了。后来几个胆大的日本兵进去一看，里面躺着几十具尸体。有军人，也有百姓，他们都是中国人。
在原国民政府交通部的防弹掩体里，日军搜出100多名放下枪的中国军人，然后让他们站在一起，用坦克上的机枪扫射，不足3分钟时间，100多具肉体全部倒在血泊之中。有位日军坦克手觉得射杀的时间太快，一点儿不过瘾，于是他把同伴拉到一边，自己拿机枪，再度对准已经躺倒的尸体，猛烈地射击了2分钟，直到把几串机枪子弹打光。他一边打，一边看着机枪子弹扫射下的中国军人的尸体血肉横飞的情形，哈哈大笑，这就是他们玩的“砸西瓜”。
后来日本兵对这样的防空掩体不再采取进洞搜索，一律用炸药将掩体轰塌封死，不管里面有多少人，也不管是死是活，统统掩埋。
百姓的小掩体太多太杂，这是日本兵非常讨厌和无奈的。但他们也有办法——夫子庙附近有个澡堂，澡堂的大门口有个地洞，日军进城时，十几个来不及逃跑的守军伤员和几个老百姓与5名孩子躲在里面。日本军进入澡堂，发现了地洞，对准洞内就是一阵扫射。怕还有人活着，于是在澡堂浇上汽油，一通大火，烧个精光。房子和地洞一起被掩埋在火海之中——不可能有活着的人存在。
李秀华，住在城郊西干长巷的幸存者。11岁那年，除她父亲外，所有的家人都藏在家里旁边空地下的防空洞内。日本兵来搜索，不见大人，便给小孩发糖，让小孩告诉他们大人藏在何处。小孩不敢吃糖，于是日本兵又继续搜索，结果发现了李秀华家的一个防空洞。日本兵威胁里面的人再不出来，就堵住洞口，用火烧，用烟闷死里面的人。李秀华的哥哥当时19岁，刚刚结婚没几天，衣服穿着整齐，头发也理得有模有样，他第一个从洞里出来，日本兵一见，便认定李秀华的哥哥是“中国兵”，于是便用军刀砍死了。第二个出洞的是李秀华的堂哥，也是19岁，这回日本兵用刺刀将其捅死。第三个出来的是李秀华的堂叔，命运同样。日本兵将3个男人杀害后，似乎仍不解气，“他们把尸体扔进洞内，又放进黄颜色、四方块的像肥皂一样的东西，然后点着火……”几十年后，李秀华回忆说。
第一批日本兵走了不到2个小时，第二批鬼子也来到李秀华家，这回日本兵逮到了李秀华的嫂子，将其强奸。李秀华的另一位亲戚大娘，以为五六十岁了，日本兵不会拿她怎样，结果还是被野兽们奸杀了，并且还将扒光衣服的尸体“展览”……长白街头条巷18号，住着魏廷坤一家。日本兵进城后，魏廷坤的父亲带着老婆躲藏在成贤街的一座尚未竣工的楼房底下的地下防空洞内。当时的洞里已经藏了三四十人。一位炸豆腐干的老乡听到外面有动静，便在洞口张望，结果只听“嘭”的一枪，炸豆腐干的人就死了。
日本兵这下发现了地洞，用枪逼着里面的人一个跟一个地走了出来。就在大人往外走时，人群中有个小机灵鬼趁人不备，钻进了墙边的一个烟囱里，这个小机灵鬼就是魏廷坤。躲进烟囱内的魏廷坤不一会儿，便听到外面一阵阵枪声……深夜时分，魏廷坤从烟囱里悄悄探出身来，暗淡的月光下，他看到自己的父母和30多个人全都躺在地上，已经被日本兵统统枪毙了。
日本兵对待这样的零星掩体，他们总结为“掘洞、打洞、埋洞”的“三洞”战术。首先在市面的商店和市民家里，发掘有掩体的地洞，倘若见是男人便就地枪毙或刺死，倘见是“花姑娘”就进行强奸——这叫“打洞”，然后把强奸、轮奸后的妇女扔进洞内，用手榴弹或炸弹，将洞穴掩埋。这就是所谓的“三洞”。
多少市民和俘虏被日军处死在防空掩体里，无人统计过，这仅仅是日军实施大屠杀的一个形式而已。
这是日军进城第二个星期里在全城范围内犯罪最多的行径——
中华门内新路口一个院子里住着一户4口之家的回民，另一户是9口之家的夏家。夏家的三女儿叫夏淑琴，7岁，妹妹3岁，因为她和妹妹还小，所以幸存。
12月13日日本兵突然闯进夏家的院子，先将回民家的男人和夏家的男人枪杀，然后将夏淑琴的母亲和两个姐姐强暴后又枪杀掉。
夏淑琴和3岁的妹妹躲在被子里，妹妹被吓昏过去。夏淑琴由于恐惧大哭，被日本兵用刺刀在背上刺了3刀，当时就昏过去了。黄昏时候，小淑琴醒来，才知自己还活着。除了她和3岁的妹妹，其余7个大人全被日本兵杀害。
家住城南的秦老板，因为家里有三进房子，是祖上传下的家产。日本兵进城前，许多邻居都逃命远走了，秦老板舍不得家业，便带老婆和孩子一家6口躲在家里。15号那天一早，几个日本兵端着枪一脚踢开秦家大门。秦老板虽惊恐，却依然装笑脸迎候。日本兵见秦老板戴眼镜、理平头、穿长衫，文质彬彬，不像是“中国兵”，又见秦的后面站着一位白发长者，“你们的什么的干活？”日本兵气势汹汹地问。
秦赶紧回答：“我是生意人，开豆腐店。他是我们的房客，我们这儿的邮政局长。”
“你们家有中国兵的没有？”日本兵问。
“没有。我们都是良民。”秦回答。
“有花姑娘的没有？”日本兵继续问。
“没、没有。”秦回答得心虚，因为他老婆和孩子都在家里躲着。还有长者的老婆也在里面。
日本兵似乎生气了，将秦和姓徐的邮政局长一起拖到巷子口，然后用枪托猛击两人，秦老板和徐局长当即倒在街上。日本兵不甘心这样空手而归，便再次踏进秦家，很快将秦夫人和徐老太搜出。“哈哈哈，花姑娘的有！”
几个日本兵不管三七二十一，一拥而上，将半老徐娘的秦夫人和徐老太扒光衣服，当着秦家4个孩子的面实施了轮奸……被打昏在街头的秦老板和徐局长这时醒来，两人一听家里小孩哭、女人叫，知道出事了，赶紧往回走。年轻的秦老板走得快，一踏进门见自己的女人被日本兵糟蹋，欲上前与日本兵拼命，哪知还未动手，便被两个日本兵用刺刀一下捅死在家门口。
得逞的日本兵扬长而去。徐老太觉得自己一把年岁还被日本兵污辱，没有脸面活着，便要跳塘自尽。“你干啥？我没有走，你不要寻死嘛！”年近60岁的徐局长一声叹息，叫住了自己的老伴。
赤身裸体的秦夫人觉得自己在孩子面前给日本兵奸污了，无颜活在世上，于是边哭边拉着最大11岁的4个小孩子先后跳进了附近的水塘里……幸巧被路过人见着并救起，可怜最小的1岁孩子因溺水而亡。
玉带巷22号住着李福义父子俩，其他人家早已逃往乡下，李福义不舍两间旧居，所以日军进城后没有离家。
李福义平时胆小，一日，日本兵敲门，李福义不敢前去开门，敌怒，即向屋内连开数枪。李福义不得不踱着步子前去开门……“八嘎！”日本兵不等李福义将门全部打开，便飞腿一脚朝他胸前踢去，然后又把倒地的李福义拖到玉带巷口，拖一步刺一刀，一连刺了数十刀，直至他断气。
待在屋里的儿子李学才早已吓得浑身发抖。日本兵并没有放过他，在弄死李福义后，折身回到李宅，端枪直冲里屋，几把亮闪闪的刺刀戳向李学才的胸口。
“啊！啊啊——”李学才痛得死去活来，拖着血体，打算往后院逃跑。日本兵大步追来，直逼李学才至墙根，然后对准他的喉咙与脑袋，连开数枪，直至脑浆四溅……新街口有一深宅大院，里面住着一位姓杨的老先生，他是个旧式老知识分子，也是富有家庭的后裔。据说杨老先生的祖上明清时曾有人在朝廷里当差，故而其老宅是有模有样的大院子。国民政府成立后曾想征用作为一个军事机构所在地，但由于杨老先生“根子硬”，所以连政府都没能征下杨家的这块风水宝地。
日本人来了，杨家的上上下下纷纷逃到了外地，唯杨老先生坚持不走。“不就是小日本嘛！有啥可怕的，我又没欠他们啥。”杨老先生满不在乎。
无奈，杨家只留下两佣人陪杨老先生守院。
日本人进城，大搜索、大抢劫到处可见。自然，像杨家这样的大院也难免。
“咚咚咚！”日本兵用枪托猛砸大门。
岿然不动。
“咚！咚咚！咚咚咚——”
“咚咚咚！咚咚咚！咚咚——”
日本兵的砸门声响如雷震。
“老先生，好像外面有人在敲门。开不开？”佣人请示。
“开吧！不开非礼也。”杨先生抽着水烟，半闭着眼睛说。
佣人赶紧去开门。五六个日本兵瞪着眼珠，冲向开门的佣人就是几刺刀。“先——”佣人“生”字还没喊出，就一命呜呼倒在血泊之中。
日本兵闯前庭，进二院，再入杨老先生安坐的后庭。
“你的什么的干活？为什么不开门？”日本兵的刺刀逼到杨老先生的鼻子尖上，并且用枪刺挑掉了他手中的水烟。
杨老先生眼皮一抬，不冷不热地：“我，中国人。南京市民。在自己的家里，什么的不干！抽烟的不行？”
日本兵大为惊骇，因为杨老先生是用日语回答的。
“你的，我们大日本的朋友？”日本兵张着惊恐的眼睛等待回答。
杨老先生轻蔑一笑，说：“我的不是你们的朋友。我的爷爷是与你们日本国当年谈判甲午战争后续条约的翻译秘书……”
“哟西！你的了不得！”日本兵相互对视后，发出一片嘘声。
“你家的，私藏中国兵没有？”日本兵追问。
杨老先生摇头，说：“我们家从不问政治和国事。”
“那你为何迟迟不开门？”日本兵又问。
“你说什么？”杨老先生耳朵一侧，似乎没有听清。
“问你为什么不快快开门？”日本兵粗暴起来。
杨老先生听明白了，淡淡一笑，说：“我耳聋，听力不便。”
日本兵感觉眼前的这位会说日语的中国老人在耍弄他们，于是战胜者的强盗占有欲上来了，不由分说，几把枪刺直向杨先生胸膛刺去……“你们这些狗——！”杨老先生怒发冲冠地瞪大眼睛，大骂日军。
“死啦死啦的——！”日本兵抽出血淋淋的刺刀，又重新向这位不屈的老者刺去。
“鬼子！”倒下瞬间的杨老先生这回又用了日本兵听得懂的语言骂道。
以为神圣不可侵犯的杨老先生被剥夺了生命，他祖传数百年的杨家老宅也被日本兵一把火烧成灰烬……家门难挡日本强盗。佛门又能如何呢？
中华门外的长生寺，位于方家巷内。日本兵攻克雨花台后，也就是十四五日便逼近寺院。小僧宏量问师父梵根，“要不要闭门躲躲？”师父告诉他：“日本人也信佛教，都是佛门弟子，善哉善哉。”
梵根令宏量等所有寺院的大小和尚上大殿念经，香烛梵音。于是宏量等和尚们一个个跪在蒲团上，向慈善的佛祖顶礼膜拜。
这时，一阵皮靴声传来，一队持枪端刀的日本兵将和尚们团团围住，其中一个军官模样的家伙走进大殿，拍拍一个和尚的肩膀，意思让他到院中的丹墀上跪下。
这和尚在院中跪下后，口中仍然念着“阿弥陀佛”。
“砰！”跪着的和尚被日本兵一枪击毙。
第二个和尚又被叫出，同样跪在地上念经。又是“砰”的一枪……如此一个个和尚被叫出，又一个个被杀害。
17个僧人先后倒在血泊之中，他们的黄色袈裟，被鲜血染尽。
“你——念经的有！”日本兵发现有个人并非像和尚，也令他念经。
那是俗家人，是当地卖油条的吴老汉。由于日本兵来得快，吴老汉没处躲藏，便来求梵根师傅。救人一命，胜造七级浮屠。梵根师傅好心，便收留了吴老汉，也临时给了他一件僧衣伪装成和尚。哪知露馅，不会念经的吴老汉当场被日本兵用军刀砍在后颈上，结果颈骨砍断了，气管还连着，头耷拉了下来，血流如注。吴老汉疼得在地上翻滚……这时，一旁看热闹的另外两个日本兵上前，“咔嚓”连刺两刀，吴老汉顿时头断气绝。
“哟西，你的花姑娘的好！”日本兵突然被一位皮肤白嫩的和尚吸引住了。此和尚叫隆慧，是旗人，40多岁没长胡子，几个日本兵以为他是女人，于是好一阵高兴，七手八脚地扒掉隆慧和尚的衣服，结果一看是个男的，小鬼子气坏了，把隆慧和尚赤条条地拉到陀罗尼门的大石坎上，然后几个人一起将其抬起，又猛朝石头上摔下——隆慧和尚顿时脑浆四溅，一命呜呼。
平安数百年的长生寺，瞬间人亡寺毁，只剩下十三四岁的宏量和比他更小的妙兴徒弟二人。
年少的宏量吓得无处可避，于是逃到普照寺。位于莫愁湖的普照寺为千年古刹，当时有不少百姓也躲进了寺庙里面，包括不少老人和妇女。也就是十五六日，日本兵便踏进了这座佛门圣地。他们逮住一位60多岁的老婆婆欲奸，结果引出了一群躲在佛像后面的年轻妇女，其中最小的才十一二岁，女人们没有一个逃出魔掌。可憎的日本兵仍不罢休，非要玩花招——让和尚与那些妇女“快活快活”。一个和尚双手合掌，口念“阿弥陀佛”。日本兵讥笑他“没有用”，于是便用刺刀将其刺死.
日本兵的铁蹄无论何门，皆一脚而进，暴行施绝。南京小心桥百岁宫有位70岁的隆华老师太，她见日本兵无视教规，作恶多端，虐杀生灵，便让尼姑们在大殿上架好柴火，自己盘腿独坐其上，当日本兵冲进宫后，隆华老师太点火自焚，与百岁宫一起化为灰烬……令日本兵目瞪口呆，即鸣枪致敬。
家门佛门皆挡不住日本兵的屠杀刀枪。徐长福的家是在江边的拖船上，他的家会被日本兵闯上来吗？
日本兵进城第二天，徐长福带着一家7口人搭上一条破“小划子”，顺着惠民河往上准备到水西门一带躲一躲，结果半途小划子漏水，徐长福赶紧又带着全家人上了堤岸，在江滩上临时搭了两个芦柴窝，相距几十米远。徐长福与二女儿、三女儿一个窝，其妻带着四个小儿子住在一个窝。入夜，徐长福的小儿子才几个月，因母亲没奶水，便哇哇直哭，这声音给日本兵发现了。电筒照到了徐家的芦柴窝。
日本兵一见徐妻，顿起淫心。徐妻死抱着几个月的小儿子就是不放，日本兵连打两枪，将徐妻和小儿子当场击毙。
就在几十米外的另一个芦柴窝里的徐长福及两个女儿不敢吭声，只能低泣流泪。待日本兵走后的下半夜，徐长福才带着女儿来到妻子的窝棚，含泪将妻子和小儿子装在用门板钉成的木盒内，露放在堤上，等待天亮后再作处理。哪知天亮后，又一群日本兵路过，见了徐长福，抓着他便走了，从此徐家儿女再也不知父亲的死活。
没了父母的徐家5个孩子，只得由最大的13岁的二闺女带着，在堤岸寻吃的找活路。第三天天黑前，二闺女想给弟妹们寻些吃的，便上了堤岸，结果刚露出身子，就被日本兵发现。
“花姑娘！”日本兵一见徐家二闺女，立即令她站住。小姑娘吓得拼命往河运学校方向跑，小女孩哪是日本兵的对手，几下便被贼兵抓住。日本兵欲扒她衣服强奸，哪知小姑娘死活不从，还抽了一个日本兵一耳光。这下惹怒了小鬼子，拔刀就将徐家二闺女的头劈成两半……徐家只剩下可怜兮兮的4个娃儿，从此11岁的三闺女成了“家长”，她身后是3个五六岁的小弟弟。不日，三闺女被人领走当了童养媳，因受不了虐待而上吊身亡。徐家3个幸存的小儿子也分别被人领走，皆改姓易名。
徐家的悲剧代表了日军占领下的南京市千百个家庭的命运。
