在国民党“抢救学人”的计划中，陈寅恪离开北平，并不像胡适离开北平那样有许多政治上的意味，而是由于生活习惯使然。据他自述，离开北平，多半是因为他更适合南方气候，抑或怕共产党来了，只能吃小米，或买不到对他的严重失眠症至为重要的进口安眠药。

陈寅格一家只在南京住了一晚，第二天便匆匆赶往上海。 在上海，他写信给时任岭南大学校长的陈序经，表达了愿去该校任教的心愿。 陈序经求才若渴，马上答应为陈寅格南下广州做安排。 1949年1月,陈寅恪一家搬进了岭南大学。

不过，现实世界并非世外桃源。 1949年6月，国民党在广州组织了“战时内阁”其中有两位学人出身的人物担任了此时变得异常重要的职务，一为杭立武任教育部长，一为叶公超代理胡适任外交部长。

在这段风雨飘摇的日子里，杭立武一直念念不忘在岭南大学的陈寅格，他曾多次派人劝说陈序经动员陈寅格离开大陆，陈序经一直没有答允。杭立武深知二陈的价值, 多次碰钉子后退而求其次，力劝二陈先到香港看看情形再说，并说这样可以进退自如。到最后， 他竟拉着“战时内阁”的财政部长徐堪急已几近哀求地说，如果陈寅恪答应去香港，他马上给陈寅格10万港币及新洋房。陈序经当时抢白道:你给10万，我给15万，我盖新房子给他住。

直到1949年10月初，叶公超主持的“外交部”还在广州办公，还在为国民党认为必须离开大陆的各色人员办理护照。也就是说， 直到此时，若想离开大陆，陈寅格随时都有机会，但陈寅格却始终对这种机会不屑一顾。

1950年8月，陈寅恪受邀成为中国历史学会广州分会的委员之一，这是陈寅恪第一次担任中国共产党领导下的学术机构的职务。1952年底，陈寅恪任中山大学历史系教授，后拒任中古史研究所所长、中央文史研究馆副馆长等职。1956年1月，陈寅恪担任全国政协第二届全国委员会特邀委员之一，之后又担任第三届和第四届委员。1969年10月7日晨5时30分，陈寅恪病逝，享年八十岁。