元太宗十三年（公元1241年）十一月，窝阔台汗病逝，皇后乃马真·脱列哥那临朝称制，即“乃马真后”。此后数年间，由于宗室之间不和，因此一直无法召开“忽里台”大会，以致蒙古汗位空悬，对外扩张的势头也有所放缓；
忽里台大会
元定宗元年（公元1246年），窝阔台长子贵由在“忽里台”大会上被推举继位，成为大蒙古国第三任大汗。同年，贵由以高丽没来朝贡为由，决定出兵讨伐高丽。
第四次、第五次蒙丽战争元定宗二年（公元1247年）七月，蒙古统帅阿毋侃与洪福源在做好充足的准备后，率军侵入高丽。据《高丽史·世家卷·高宗篇》记载：
去年（公元1246年）冬，蒙古四百人入北塞诸城，托言捕獭，凡山川隐僻无不知。国家以和好，殊不为意。至是百姓避匿者被驱掠，鲜有脱者。
元定宗三年（公元1248年）三月，王㬚命北界兵马使卢演将北部诸城的民众全部迁入海岛。当月，贵由汗暴毙，皇后斡（wò）兀立·海迷失称制摄政，即“海迷失后”，蒙古宗室也因汗位人选而再起争议。阿毋侃收到消息后当即撤军，第四次蒙丽战争就此草草收场。
横扫欧洲的蒙古铁骑
海迷失后摄政期间，高丽多次遣使入蒙，海迷失后亦要求高丽尽快履行“出海”、“亲朝”、“括民”等事项。高丽高宗三十六年（公元1249年）十一月，崔瑀去世，其子崔沆上台，成为崔氏政权的第三代掌权者；
崔沆延续了崔瑀对蒙古阳奉阴违的政策，一方面允诺“出海”，另一方面积极在江华岛构建防御工事，修筑了江都中城；
三十八年（公元1251年）正月，王㬚在梯浦宫宴请蒙古使者高丽人洪高伊，高伊谓王曰：“国之北鄙残破已甚，如家无藩篱，何可复都旧京，宜据江以自固，我当归奏皇后，无令东扰。”王㬚大悦，待之弥厚；
韩国影视剧中的高丽国王
同年六月，拖雷之子蒙哥在“忽里台”大会中被推举为第四任蒙古大汗，随即派人至高丽通报即位之事，并再次重申高丽王“出海”和“亲朝”的要求；
元宪宗二年（公元1252年）正月，高丽派枢密院副使李岘出使蒙古，根据《高丽史·叛逆传·崔沆篇》记载：
三十九年，李岘奉使入蒙古，沆谓岘曰：“彼若问出陆，宜答以今年六月乃出。”及岘至，帝（蒙哥汗）问：“尔国出陆否？”对如沆言，帝又问：“留尔等，别遣使，审示否则如何？”对曰：“臣正月就道，已於升天府白马山营宫室城郭，臣敢妄对？”
蒙哥于是留下李岘，派多可、阿土等人前往高丽查验，并嘱咐道：“汝到彼国，王迎于陆，则虽百姓未出，犹可也。不然则速回，待汝来，当发兵致讨。”
李岘的书状官张镒（yì）随多可等一同回到高丽，将此事密告王㬚，崔沆认为“大驾不宜轻出江外”，于是遣新安公王佺出江迎接蒙古使者。王㬚在梯浦宫设宴招待，宴未罢，多可等便因为高丽王不听从蒙哥之命而愤怒离席；
多可返回蒙古后，蒙哥令也窟（又名也古，成吉思汗弟弟合撒儿之子）与松柱（蒙哥之弟）率领蒙古大军征讨高丽，从而正式拉开了第五次蒙丽战争的序幕；
蒙古骑兵的“奔射”战法
元宪宗三年（公元1253年）四月，松柱率军一万侵入高丽东界，史书载：“东角藩屏数城，不日间悉见屠残”。七月，也窟、阿毋侃、洪福源等率蒙古军主力渡过鸭绿江，侵入高丽北界。高丽方面则依旧是要求各道按察使“督领居民入保山城海岛”；
此后数月之内，蒙古军先后攻占了禾山城、东州、春州、三角山城、杨根城、天龙城、襄州、五里山城、瓮子城、竹林寨等地。期间，也窟还遣使向王㬚转达了蒙哥的旨意，诏曰：“……凡有黎庶，咸令逸乐，缘汝辈逆命，命皇叔也窟统帅往伐，若迎命纳款，罢兵以还，若有拒命，朕必无赦。”
九月，王㬚派大将军高悦前往也窟大营恳请退兵，并献上金银、酒器、罗紬（chóu）、纻（zhù）布、獭皮、笠带等物，也窟曰：“国王如诏出降便当回军，不然可一战也。”
十月，蒙古军进围忠州，出质蒙古的高丽永宁公王綧（zhǔn）与归顺蒙古的李岘也相继写信劝崔沆认清形势，交出王子作为人质。崔沆起初坚决反对，后见蒙古大军来势汹汹，内心逐渐妥协；
十一月，也窟患病，于是令阿毋侃与洪福源率军留守，自己则带一千精骑北还，高丽永安伯王僖一路追至开京保定门外，奉上礼物后，再次恳请退兵，也窟曰：“国王出江外迎吾使价，则兵可退也。”随即遣蒙古大等十人前往；
蒙古大军
几天之后，王㬚渡江至升天府迎接蒙古使者，蒙古大对王㬚说道：“自大军入境以来，一日死亡者，几千万人，王何惜一身，不顾万民之命乎？王若早出迎，安有无辜之民，肝脑涂地者乎？也窟大王之言即皇帝之言，吾之言即也窟大王之言也。自今以往，万世和好，岂不乐哉？”
王㬚返回江都后，依旧犹豫不决，根据《高丽史·叛逆传·崔璘篇》记载：
蒙古大举入侵，宰枢请遣安庆公淐入蒙古，乞班师，王不允，璘独前奏曰：“爱子之情，无贵贱一也，然不幸有死别者，殿下何惜一子？今民之存者十二三，蒙古不还，则民失三农，皆投於彼，虽守一江华，何以为国？”王不得已颔之。
元宪宗四年（公元1254年）正月，蒙古军撤离高丽，一同带走的还有王㬚的次子安庆公王淐（又名王侃），至此，第五次蒙丽战争结束。
第六次蒙丽战争尽管在第五次蒙丽战争后，王㬚同意送次子王淐前往蒙古作为人质，但“出海就陆”与“国王亲朝”两件核心的事情仍未落实，并且蒙古大军刚刚撤离，高丽就出兵杀死了已归顺蒙古的李岘等人。蒙哥为此大为恼怒，命令车罗大与洪福源率军第六次征讨高丽；
此次出征蒙哥不再以直接征服高丽为目的，而是希望通过焦土作战来逐渐消耗高丽的有生力量，最终彻底摧毁高丽的抵抗意志；
骁勇善战的蒙古骑兵
元宪宗四年（公元1254年）七月，车罗大领军五千渡过鸭绿江，五个月内一路长驱直入，最远打到了高丽南部的丹溪，掳掠百姓二十万六千八百余人，杀戮者不可胜计，所经州郡皆为煨烬，史书曰：“自有蒙兵之乱，未有甚于此时也。”
五年（公元1255年）八月，车罗大再次率兵两万入侵高丽，攻破忠州，屠州城。七年（公元1257年）五月，车罗大第三次出征高丽，破泰州，陷神威岛，所获人口、牛马、财物众多。八年（公元1258年）八月，车罗大统兵两万第四次讨伐高丽，一直打到忠州朴达岘，《高丽史》记载：“是岁，诸道禾谷尽为蒙兵所获。”
王㬚遣使求和，车罗大提出只要送太子入朝即可退兵，但王㬚以太子生病为由推脱，始终不愿交出太子。同年十二月，高丽人赵晖、卓青以和州以北的地区归顺蒙古，蒙古于是在和州置双城总管府，与此同时，车罗大在平壤、开京等要地驻兵屯田，作长期占领的准备；
蒙元时期高丽的疆域范围
眼见高丽全境都有被蚕食的危险，王㬚只得被迫同意了蒙古的要求。元宪宗九年（公元1259年）四月，高丽太子王倎（tiǎn）奉表赴蒙古，朝见蒙古大汗蒙哥。此外，高丽还拆除了江都的内城和外城，以示臣服于蒙古的诚意。
崔氏政权的垮台元宪宗七年（公元1257年），崔沆病逝，其子崔竩（yì）上台，成为崔氏政权的第四代掌权者。此时的高丽，由于多年战争，大量的田地荒芜，饥荒和瘟疫连年而至，饿殍（piǎo）遍野，民不聊生，再加上蒙古兵的掳掠与屠杀，有生力量已经消耗殆尽；
饿殍遍野，民不聊生
而高丽长年向蒙古进奉金银布帛，也致使国库空虚，有时候甚至还要强迫高官们上交财物作为经费。与之相反的是，掌权的崔氏家族不仅囤积了大量的钱谷，富可敌国，还依旧变本加厉的搜刮民脂民膏，上至宗室贵胄，下至黎民百姓，无不怨声载道，人心思变；
元宪宗八年（公元1258年）三月，金仁俊、柳璥（jǐng）与神义军都领郎将朴希实、指谕郎将李延绍、将军李公柱、金洪就、林衍等人密谋发动政变，并约定在四月初八起兵举事；
宫廷政变
金仁俊是奴隶出身，因善射好施，深得人心而被推荐给崔瑀，崔瑀免除了他的贱籍且授予军职，后来由于支持崔沆上台有功而成为崔沆的心腹。崔竩掌权后，亲近柳能、崔良伯，疏远金仁俊，金仁俊为此心生不满，宋吉儒流放事件发生后，为求自保，决定推翻崔氏政权，取而代之；
三月二十五日，崔竩获悉了金仁俊等人密谋起兵之事，随即召来崔良伯、柳能等亲信商议，崔良伯的女儿是金仁俊的儿媳，她在得知消息泄露后立刻告知了金仁俊，金仁俊当机立断，决定先下手为强；
当晚，金仁俊等人带领三别抄先是处死了崔竩的亲信，尔后开始攻打崔府。第二天黎明时分，别抄兵攻入崔府，藏在密室中的崔竩和柳能被搜出后惨遭斩首。至此，执掌高丽政权六十余年的崔氏家族覆灭；
尽管崔氏政权垮台，但此后柳璥、金仁俊先后上台掌权，高丽国王依旧没能掌握实权；
这里提一句三别抄，三别抄是高丽时期的一支特殊部队，属于崔氏家族的私兵，前身是崔瑀以防备盗贼为名所建立的夜别抄，人数逐渐增多后分为左别抄和右别抄，后来神义军加入，因此合称为“三别抄”，是崔氏家族能够持续掌控高丽政权的重要基础。
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