日本考古的研究水平很一般，史料严重缺失，而且造假盛行，所以其早期历史，扯淡成分较多，可信度不高。

大约十万年前，日本列岛出现人类。

大约一万年前，全球气候变暖，冰川融化，大陆桥被海洋覆盖，日本列岛孤悬海外。

先秦时期，日本长期处在所谓的绳纹时代，也就是原始社会的新石器时代，发展极其缓慢。

秦汉时期，由于源源不断的大陆移民登入日本列岛，先进文明开始在各岛之间传播，日本逐步进入奴隶社会，他们称之为弥生时代。这一时期，日本首次出现在了中国的史书中，有倭国、奴国等称呼。这时的日本并未统一，形形色色的部落联盟分布各地，内战频繁。

魏晋南北朝时期，日本社会实现了第一次形式上的基本统一，其政权被称作大和，所以这一时代被称作大和时代或者古坟时代（因统治者大量营建高规格古坟而得名）。事实上，彼时的北海道地区、九州南部以及本州东北部皆未被统一。

隋唐时期，日本进入飞鸟时代，为了挽救社会危机，他们向中国学习，对内施行改革，著名的大化改新便是出自这一时期。经过数代人的努力，日本基本进入封建社会。其政权性质也由古老的贵族联合统治进化成了以天皇为核心的君主专制中央集权的律令制国家。日本这个名字还有天皇这个称谓都是出自这一时期。日本第一个女性天皇便是出自这一时期。

唐朝中晚期，日本进入奈良时代， 继续深入学习中国，唐风文化在日本社会盛行，极大影响了日本文化的形成。奈良时代是日本文化全面发展的重要时期，是在日本人心中备受推崇的一个时代。同时也是女性天皇频繁出现的一个时期。

唐朝末年到南宋初年，日本进入漫长的平安时代。由于律令制的统治基础崩溃，天皇的权威难以为继，外戚藤原氏建立的摄关政治开始长期操控日本政坛。天皇形同玩物。平安时代中后期，为了与藤原氏对抗，皇室建立了院政体制，由太上天皇执政，天皇还是傀儡。平安时代后期，以源氏、平氏为代表的武士阶层登上政治舞台，最终源氏打败平氏，建立幕府统治，掌握日本实权。

南宋到元朝时期，源赖朝建立的镰仓幕府统治日本，日本进入镰仓时代。源赖朝死后，岳父北条时政夺权，扶持源氏子孙为傀儡，自此北条氏开始统治日本。天皇与源氏皆为傀儡。北条氏统治时期，经历了两次元日之战，靠着神风之助，日本得以自保。镰仓时代后期，足利尊氏叛变，倒戈相向，弑主夺权，覆灭了镰仓幕府。

元末到明朝中后期，足利尊氏建立的室町幕府统治日本，日本进入室町时代。这期间，日本曾短暂分裂为南北两朝，最终在三代将军足利义满执政时期，完成了国家统一。室町时代后期，幕府统治衰弱，内乱爆发，日本进入了长达一百多年的举国混战的战国时代。

织田信长推翻室町幕府后，日本进入安土桃山时代（安土城是织田信长的大本营，桃山城是其继任者丰臣秀吉的大本营）。织田信长在统一前夕被部将明智光秀刺杀，随后的内斗中丰臣秀吉胜出，并一举扫荡群雄，实现了日本的统一。之后，志得意满的丰臣秀吉发动了侵朝战争，最终被明军击溃，郁郁而终。日本再次内乱，德川家康最终平定乱局，建立德川幕府。

明末到清朝末年，德川幕府统治日本，因政治中心在江户（今东京），故称之为江户时代。黑船事件后，美国强迫日本打开国门。幕府威信丧尽，统治基础迅速瓦解，倒幕运动频发。明治天皇趁势而起，组织倒幕军一举覆灭了德川幕府，重新恢复丧失了近千年的天皇统治。

江户时代末期，明治天皇借助倒幕派的力量夺回了政权，并一举肃清了国内反抗势力，实现了日本四岛大一统，日本正式进入明治时代。

明治天皇通过学习西方，在日本推行了一系列社会改革（明治维新），推动日本走向资本主义，拥抱军国主义，建立颇具日本特色的二元君主立宪制国家。

天皇为国家元首，拥有最高实权，内阁（行政）、议会（立法）、军部（军权）三权分立，各自为政，分别向天皇负责，各部重要官员皆由天皇任命。

北洋军阀时期，日本进入到了大正时代，此时的日本经过明治维新的改革已经进化到了帝国主义阶段，军国主义思潮在国内泛滥，军事扩张的野心昭然若揭。在扩张军备的过程中，其统治阶级内部矛盾爆发，最终政党政治取代藩阀政治，日本逐步进入政党内阁时代。

大革命时期，裕仁天皇登基，日本进入昭和时代。在他的批准下，以侵略并完全占领中国为目标的《帝国对于满蒙之积极根本政策》即田中奏折得以实施。之后便是旷日持久的侵华战争，在裕仁的主导下，日本侵略军对中国发动了惨无人道，灭绝人性的侵略战争，给中华民族带来了史无前例的巨大灾难，留下了永远无法弥补的惨痛伤害。

战争结束后，罪魁祸首裕仁躲过了制裁，一直活到了上世纪80年代末，真是祸害活千年。

二战后，日本被美军占领，为了建立反共包围圈，美国阻止了盟军对日本的彻底清算，反而扶持日本进行战后改革，帮助日本社会快速发展。

尽管天皇的权力被剥夺，但其家族却一直保留至今，且一直是日本国民的精神领袖，在日本依旧拥有相当大的影响力。

如今的日本只是名义上的主权国家，其外交、军事主权事实上受美国挟制，是一个丧失信义、毫无主权尊严的半殖民地国家。