在第二次世界大战结束之前，日本根据其1890年明治政府时期颁布的“教育敕语”，中小学一律使用由国家统一编写的教科书。与当时日本国家对外侵略扩张的战略相配合，教科书中充满了对青少年进行军国主义侵略和日本民族优越感教育的内容。

1945年日本战败后，美国对日本进行了民主化改造，其中一个很重要的内容就是废除军国主义的教育。按照美国占领当局的指令，日本废除了“教育敕语”和由国家统一编写的教科书。根据随后不久制定的《教育基本法》和《学校教育法》，日本中小学教科书改由民间编写并经文部省审定后出版，再由学校自己选择使用。

在《旧金山和约》生效、日本恢复独立之前，由于美国占领当局对日本军国主义分子的整肃以及迫使日本不得不对刚刚结束的战争进行反省，民间编写的教科书基本上都能够比较客观真实地记述日本的历史，包括对刚刚结束的第二次世界大战的历史，文部省的审定也客观而宽松。但是，日本恢复独立之后，随着美国对日政策的变化，过去被遭到整肃和监禁的一部分军国主义分子和右翼政治势力重新进入政界，这些人与日本过去的侵略历史有着千丝万缕的关系，于是他们开始试图否定历史，对历史教科书提出了各种不满，要求修改教科书。

日本在“二战”后废止了国定教科书制度，采取了审定制度。民间学者或教育工作者，可以根据文部省颁布的《学习指导要领》所规定的范围，自由撰写教科书，文部省每4年对教科书书稿进行一次审定。

1958年，日本第一次对历史教科书进行重大修改。这次修改不仅不再写明中日甲午战争的侵略性质及给中国人民带来的灾难，反而称赞甲午战争“提高了”日本的国际地位。文部省利用审定教科书的大权，把有关“战争反省”的内容全部删掉，强制加进提高天皇地位、复活神化教育等内容。

1982年是日本修改教科书的高潮。当时，日本文部省对送审的历史教科书进行了修改，大量掩盖了日本军国主义侵略中国和朝鲜的史实。

1982年6月，日本文部省对送审的高中二三年级的历史教科书进行了修改，将其中记述的对别国的侵略一概称为“进入”，并对南京大屠杀等历史事实进行了淡化和删减。

事情曝光后，引起中国、韩国、朝鲜、菲律宾等亚洲国家的强烈反应，使日本的修改教科书事件演变成国际事件。

1986年6月，“保卫日本国民会议”送审的高中教科书《新编日本史》把日本发动的太平洋战争，说成是从欧美列强统治下“解放”亚洲的战争。7月，日本文部省无视日本国内和中、朝、韩等亚洲各国的强烈不满，审定该教科书合格。

1993年8月，日本内阁官房长官河野洋平就“从军慰安妇”问题发表谈话，承认日军参与了此事，并就此表示谢罪。

1996年6月，文部省发表审定结果，在日本中学全部7个版本的历史教科书中出现了关于“从军慰安妇”的记述。

1997年，日本一些右翼学者以现行初中历史教科书带有“民族自虐”性质为借口，组成了“新历史教科书编撰会”，并着手炮制以他们的反动历史观为基准的教科书。

1998年11月，文部省给予在媒体座谈会上对教科书审定标准的“近邻诸国条款”持批判态度的教科书调查官严重警告处分。

2000年4月，“新历史教科书编撰会”通过扶桑社出版教科书，并将样书与原有的7家出版社的样书一并提交文部省审定。

2001年，文部科学省批准了由“新历史教科书编撰会”编写、扶桑社出版的《新版历史教科书》。该书非但没有正确记述战前日本对外侵略的历史，反而沿袭战前，将神话故事历史写进教科书，而且还宣扬“战争没有错误与正确之分”等错误的历史观，为日本的对外侵略战争历史辩解。日本政府批准这本教科书后，遭到国内进步力量的反对，也受到来自中国、韩国等亚洲邻国的强烈抗议。文部科学省迫于国内外舆论的压力，要求“编撰会”对书稿中137处明显篡改历史、美化侵略战争的记述进行修改。

之后，“编撰会”不得不对这些记述进行一些掩饰性修改，但并没有改变书稿中歪曲史实、美化侵略战争的实质。日本政府也没有因此而改变审定结果，反而于2005年4月再次宣布批准该书。中国、韩国等周边国家对此提出强烈抗议，甚至引发了相当规模的反日游行示威。日本历史教科书问题可谓愈演愈烈。

日本保守势力在历史教科书问题上发难，主要目的是为了通过历史教育来培养日本国民的“爱国心”与“自豪感”。在他们看来，只有日本的历史和现状全部是好的，国民才会热爱日本，只有全体日本国民“爱国”了，才会为了国家、为了企业努力工作，才不会反对政府的任何政策。这正是日本历史教科书问题的根源所在。