左良玉与弘光朝权臣马士英之间的矛盾，根源可以追溯到当时的“党争”。最初将左良玉提拔为副总兵的文臣侯恂，本身是东林党成员（这位侯恂，现代读者或许不太熟悉，他的儿子正是孔尚任所著传奇剧本《桃花扇》中的男主角侯方域）。
左良玉早年在辽东从军时，因抢劫军需物资被判死罪。同案犯中有人独自承担罪责后，他得以减刑并被免去都司职务。后来，左良玉在昌平重新投军，当时担任昌平总督的侯恂对他十分器重，两人之间的“私恩”便是在那时建立起来的。
由于门户之见和政治偏见，马士英、阮大铖等人自然担心左良玉会成为东林党的势力。然而实际上，东林党根本无法对左良玉形成有效指挥。
弘光帝继位之初，左良玉因事出仓促且自己未能参与“策立”，内心十分抗拒，不愿接受新帝的诏命。最终，在以兵部侍郎身份督军江西的袁继咸以及湖广巡抚何腾蛟的苦苦劝说下，左良玉才勉强承认了弘光帝。
南明时期，左良玉的军事力量极为庞大，麾下兵士号称百万，实际也有八十万之众。每当阅兵之时，武昌群山之间旗帜飘扬，连绵不绝，远望如同天际无边。然而，这支军队成分复杂，多为昔日“群贼”归附而成，因此极难驾驭。若能以忠诚引导、以礼教规范，这支军队无疑将是一支铁军；但若主帅心怀二意、居心叵测，则这看似庞大的军队便会如散沙一般，上下效仿，层层生乱。
弘光帝初登大位时，湖广巡按御史黄澍受左良玉之托前往金陵觐见新帝。表面上是祝贺新君即位，实际上却是替左良玉打探弘光朝廷的动向。
黄澍为人张扬，仗着背后有左良玉八十万大军撑腰，在朝堂之上当着文武百官痛斥马士英为奸臣，并对其拳脚相加，甚至用手中笏板猛击，差点让马士英丢了性命与政治地位。
马士英在说服弘光帝后得以重返朝堂，自然不会放过黄澍，于是指使与黄澍有私怨之人告其受贿，借此罢免了黄澍的官职，还准备派锦衣卫将其逮捕入狱。然而，关键时刻，左良玉以“兵乱索饷”为由对马士英施压，弘光朝廷最终不敢轻举妄动，未能成功逮捕黄澍。黄澍也因此躲入左良玉军中寻求庇护。
尽管黄澍在朝堂上表现得慷慨激昂，痛骂马士英，但实际上他并非正人君子。后来正是在他的鼓动下，左良玉之子左梦庚投降清朝，黄澍本人也在这一过程中积极促成投降之事，展现了其善于阴谋权谋的一面。
黄澍的气节远远比不上为南明殉国的马士英。实际上，黄澍无法左右马士英，马士英也拿黄澍没办法。
然而，左良玉却因黄澍与马士英之间的矛盾激化，被迫站到了与马士英直接对抗的位置上。
黄澍不断煽风点火，在左良玉面前反复诉说南京太子案的冤屈，鼓动左良玉以“清君侧”为名发兵讨伐南京。
当时，李自成余部在清军的追击下退入襄阳一带，而左良玉此前与农民军作战屡战屡败，心中难免惶恐不安。他正犹豫不决时，正好借“南都太子案”作为借口，率军东下。一方面可以暂时避开清军和农民军的锋芒，另一方面也可以找一个相对容易对付的目标下手。于是，左良玉对外宣称奉“太子”密旨，出兵南京“救驾”。
为了师出有名，左良玉开始四处散发檄文，声称此次出兵的目的在于“讨伐”奸臣马士英。
左良玉在出兵之前，曾上疏揭露马士英的八大罪状，内容详实具体。其幕下文人所撰写的檄文，堪称佳作，字句优美、铿锵有力，充满正义感。然而，从本质上来看，左良玉的起兵无疑是一场谋反行为。正是由于他的内部争斗，直接加速了南明弘光政权的覆灭。
当左良玉大军启程时，为了制造无法回头的局面，他命令士兵洗劫了整个武昌城，并强行挟持了巡抚何腾蛟一同随军行动。
何腾蛟作为一介文臣，深知造反意味着灭门之祸，因此起初打算以死明志。但被左良玉的军队强行控制，被迫登上船只。左良玉曾邀请他一同登上指挥大船，但何腾蛟坚决拒绝。无奈之下，左良玉安排四名壮汉严密看守他，并将其单独安置在另一艘船上。
当船队停靠在汉阳门时，何腾蛟身穿官服毅然跳入江中。由于水性不佳，他随着水流漂浮了二十里后，最终被一艘渔船救起。而负责看守他的四名军将则命运悲惨，他们担心回到左良玉身边会遭到责罚，经过短暂商议后，集体选择跳江自杀以求解脱。
起义大军沿江而下，声势浩大，从汉口一路延伸至蕲州，沿途烧杀抢掠无恶不作。
当部队抵达九江时，当地督军袁继咸前来迎接。他苦口婆心地劝说左良玉悬崖勒马，不要自相残杀。袁继咸质问道：“你说有太子的手谕，那能否告知是谁送来的？再者，先帝的恩情不能忘，当今弘光帝封你为侯爵的恩情也不能辜负！”
见左良玉默不作声，袁继咸以督师的身份，亲自跪拜船上诸将，恳请他们顾念百姓安危，勿要肆意妄为。诸将听后深受感动。
袁继咸语重心长地告诫众人，“兵谏”之举实属不当。作为臣子做出这种事情，在道义上已然站不住脚。
担心军心不稳，左良玉态度有所缓和，答应了袁继咸的要求，声称左军不会攻占九江城，并将先前发布的“檄文”改为“疏奏”，把“清君侧”调整为“请清君侧”，言辞间有了明显变化。
然而，左良玉麾下成分复杂，混杂着流寇、骗子以及野心家等各色人物。不少将领已暗中与九江城内袁继咸部下的将士勾结，里应外合，当夜便攻下了九江。左军士兵蜂拥入城，大肆烧杀抢掠。
江面上的左良玉目睹九江城内火光冲天，这位身患重病的统帅在船舱中惊醒，捶胸顿足喊道：“我对不起袁公啊！”
左良玉身患重病，造反之事已成定局，未来吉凶难料。他心中百感交集，悔恨与忧虑交织，最终吐血数升，昏死过去。这位侯爷去世的时机实在不巧，他一闭眼便再未睁开。左良玉这天夜里就死了。
然而，左良玉的军队并未因此停止行动，他们拥立其子左梦庚为主帅，继续进军，劫持了袁继咸，并在彭泽、左流、建德等地烧杀抢掠，随后攻下重镇安庆。
弘光朝廷闻讯大惊失色。一方面，他们派遣黄得功前去抵抗；另一方面，又命令史可法回师救援。而此时，清军也从归德开始大规模进攻。在归德至象山八百里的范围内，南明居然没有一兵一卒防守，扬州、泗州、徐州等地局势混乱，人心惶惶。史可法如同救火一般，在清江浦召集将领开会商议后，便率军渡过洪泽湖向泗州进发。
清军为了分散兵力，突然分作两路：一路奔向亳州，另一路则直扑砀山，气势汹汹而来。
四月三日，史可法正准备率领大军正面迎击清军时，弘光帝派人送来手诏，命他立即率兵赶往庐州和皖地的上游，以阻挡左良玉大军的攻势。
史可法上书直言，左良玉的军队并非主要威胁。他指出左军并未公开造反，仅提出“清君侧”，并表示愿意亲自前往劝说，即便许诺王爷封号也在所不惜，希望对方能放下成见，共同抗清。同时，他多次紧急上疏，请求弘光帝下令各部镇军分别驻守泗、临、淮、凤阳、寿州等地，以淮河为防线，阻止清军南下。
此外，史可法致信马士英，恳请他以国事为重，迅速增派兵力，集中力量对抗最危险的敌人——清军。
然而，当清军攻破亳州的消息传来时，弘光朝廷却本末倒置。他们不仅在南京处决了几名卷入“顺案”的官员，还召集大臣商讨防御策略。有大臣建议优先防范清军进攻，并对左良玉采取招抚政策。
然而，马士英却毫无阁臣风度，拍案大骂：“你们这些东林党人，想借防江之名，放任左良玉逆贼进犯南京！清兵来了还可以议和。若左逆得逞，你们东林党人自然高官厚禄，唯有皇帝与我二人难逃一死！我宁愿死于清军之手，也不愿丧命于左逆刀下！”对此，弘光帝端坐无言，如同泥胎一般，脸上毫无表情，群臣也噤声不语。
马士英派遣心腹拟写圣旨，严厉斥责史可法，要求他率兵入援。阮大铖自然遵从马士英的指令，以兵部尚书的身份督导黄得功、刘良佐两镇兵马堵截左良玉部队。
黄得功勇猛善战，在长江之上对左良玉军展开猛烈攻击。在灰河与荻港两次战役中，打得左军仓皇溃退。
尽管左军失利，但江北地区此时已显空虚，清军趁势攻下泗北淮河桥，顺利渡过淮河，并于四月十七日进逼扬州城下。
徐州方面，南明总兵李成栋早在四月八日便弃守徐州，向南逃至扬州。
左梦庚虽在战斗后损失部分兵力，但仍统领着二十万大军。然而，这样一支庞大的军队却选择不战而降。五月十三日，左梦庚在九江附近向清军将领阿济格投降。
当时，阿济格正率军追击李自成残部，恰巧抵达此地，并非专为攻打左梦庚而来。左军不仅未利用地利优势打击疲惫的清军，反而以众降寡，连阿济格起初都难以相信左军是真的投降。而为左梦庚起草投降文书的人，正是之前不断鼓动左良玉与南京政府对立的巡按御史黄澍。
左梦庚迅速进京觐见清帝，被编入汉军正黄旗。同年十月，他深谙主子心思，主动向清廷上疏，建议防范自己以往的手下，提出将各将领家属扣为人质，以便更好地控制他们。后来，山西姜瓖在大同起兵反清，左梦庚冲锋在前，表现得极为“英勇”，成功攻克大同左卫，因此被授予正黄旗汉军都统一职。五年后，这位清廷的鹰犬病逝于家中。
降清明朝将领中的佼佼者，大多被安置在北京闲置，例如刘良佐、左梦庚和董学礼等人。若他们表现“良好”，在归顺并入旗之后，通常会被安排为闲职，随着时间推移逐渐淡出权力中心，最终得以善终。以刘良佐为例，他在顺治五年跟随谭泰征讨江西金声桓，此后一直担任散秩大臣直至去世。
左梦庚仅在顺治六年随阿济格前往大同参与平定姜瓖之乱，此后再无显著作为。而河南的董学礼直到顺治十六年才获得出征机会，在郑成功北伐期间，他出任浙江总兵官，驻守温州负责防御与剿匪任务，战后被调往湖广参与围攻李来亨。
清朝对待降臣手下的次级将领，常常给予重用，不仅允许他们领兵打仗，还积极提拔。例如，李成栋、金声桓、王得仁、姜瓖等人曾降而复反，但像李国英、卢光祖、田雄（原为黄得功手下总兵，将弘光帝俘获并献给清朝）这样的将领却一直效忠清朝，且仕途顺遂，很快成为清廷一方的重要官员。
许多人以为明朝降臣被编入旗籍是荣耀与奖赏，但实际上并非如此简单。一旦降将入旗，他们便与“旗主”形成了类似奴隶制的人身依附关系，其日常行为乃至家庭生活都受到八旗各级官员（尤其是佐领）的严格监督和控制。这意味着，那些原本在明末拥兵自重、气焰嚣张的武将，在入旗后不得不屈从于满人或汉人旗主，连出城扫墓或与他人交往都需要向旗主请示。
左良玉父子以“清君侧”为名发动叛乱，导致弘光朝廷在面临清军威胁时不得不同时应对两条战线的作战压力，从而为清军迅速攻占江南提供了绝佳机会。因此，左军的叛乱实际上直接加速了南京弘光朝廷的灭亡。
在明清交替的历史舞台上，左良玉军队的数十万大军面对清军时选择不战而降，成为战争史上的奇特一幕。这支庞大的左军，在面对数量相对较少却凶悍的清军时，竟然没有放一箭一矢，便全体解甲归顺，堪称历史罕见的现象。
然而，令人唏嘘的是，这些曾经向清朝投降的将领中，不少人早年都曾在明朝辽东战场上与清军浴血奋战，是经验丰富的指挥官。例如金声桓、卢光祖、李国英、徐勇和郝效忠等人，他们在投降后迅速转变立场，成为清朝平定南明的重要力量。昔日不愿与清军交锋的他们，如今却对南明军队展开了势如破竹的攻势，为新主立下赫赫战功。
相比之下，文臣出身的袁继咸则展现了截然不同的气节。作为督军，他被左梦庚押送至清营后，始终坚守忠诚，坚决拒绝投降。面对多尔衮的劝降，袁继咸以笔代口，写下铿锵有力的回答：“大官好作，大节难移；成仁取义，前训是依。文山、袁山，仰止庶几。”这份文字既表达了他对气节的珍视，也流露出他对文天祥等先贤的崇敬之情。
在清营中，袁继咸始终保持高洁姿态，面对王爷时仅行长揖而不跪拜，受邀赴宴时亦不饮不言。在被送往北京途中，他曾多次试图自尽，包括自缢和绝食八日，但均未成功。即便如此，他依然坚持自己的信念。
入京后，清朝内院学士刚林再次尝试劝降，称清朝替明朝讨贼，若袁继咸出仕，便可为明朝皇帝报仇。然而，袁继咸坚定地回应道：“讨贼者，新朝之惠也。今弘光何在，而臣子图富贵乎？”当刚林提及弘光帝的昏庸时，袁继咸正色道：“君父之过，臣子何敢知！”
在囚牢之中，袁继咸依旧保持从容镇定，身着幅巾衲衣，端坐读书，始终坚持不剃发以示忠贞。他在囚禁近一年后，于六月二十四日慷慨就刑于菜市口。临死前，他高呼：“吾得死所矣！”这位忠臣以勃勃不屈的精神，追随文天祥的节义，用生命诠释了对明朝的忠诚，无愧为大明的义士典范。
