前言：左宗棠集中全力对付李世贤，李世贤在撤出漳州后连遭打击，想去投靠汪海洋，汪却在李到达前夕率军离开，导致李世贤最终全军覆没，曾经纵横东南数省多年的侍王大军不复存在。
汪海洋彻底退出福建，转战粤东嘉应州。左宗棠上报福建全省肃清，再无太平军存在，遂挥师入粤。
一从1865年5月14日开始，福建清军对漳州发动最后进攻。
王德榜与记名提督刘清亮先试探性攻打漳州北门，被城门外营垒击退。当天王德榜、刘清亮与郭松林、高连升、黄少春、杨鼎勋等人商议，决定集中兵力攻城，仍以北门为突破口。
第二天一早，清军按计划行动，各军先突破北门，杀入城内，然后与太平军展开激烈巷战。
左宗棠战报渲染清军的英勇，“各军奋威齐进，呼声震天”“逆贼叫号乱掷，尸满濠馀贼弃垒望城而窜”“杀贼万余名，生擒三四千名，拔出难民数千，夺伪印百余颗，旗帜、枪炮、骡马无算”等等。
实际上，李世贤已经制定撤离计划，邻近县城太平军也一起撤退，会合进入广东。清军开始攻城时，太平军任务是阻滞追击，掩护主力撤转，先坚守城外营寨，再进入城内，最后从西门撤去南靖县城。
漳州城内激战一直持续到15日凌晨，城内再无一名太平军。从前一年10月14日算起，李世贤共控制漳州前后7个月时间。
呤唎在《太平天国革命亲历记》第二十六章摘录了厦门英国长老会牧师麦克古内格5月26日的信件，提到漳州城破后发生的一些事情：
……中国人的向例系于入城后即出安民告示，嘱令兵士不得滥行杀戮与劫掠，我偶然从一位对于中国衙门的消息十分灵通的教士那里获悉，清军入漳州四、五日后，始出此种告示。
事实上，除了太平军离城时带走了许多为他们挑行李的人外，其余留在城里的人也至都慌忙逃走了。
几个逃走的人告诉我们说，太平军撤走之前，城中并无屠杀之事。清军在漳州城内和四乡干了些什么勾当，只要举出一件事就可以說明，他们入城以后，即贩卖妇女，每名售价四元。
被太平军带走挑行李的人，也未必是自愿，至于清军为何入城后四、五天才贴安民告示，这几天干了些什么勾当，以清军的素质，也不难猜测。
入城清军发现太平军撤去南靖后，王德榜一路穷追，只追上后队，未构成太大威胁。
然而，在汪海洋转移去大埔后，原本对付汪的刘典一路军迅速南下，也到达南靖城外。两军夹击，刚撤到此地的太平军无力组织抵抗，包括原本守卫南靖的陆顺得、林正扬等人一起再次退出，5月16日，清军收复南靖。
福建南部及广东东部地区地图，文中提到府州县均加标横线方便查找——谭其骧主编《中国历史地图集·清时期》
二左宗棠上奏收复漳州府的好消息，清廷却不太高兴，上边要的是歼灭两股残余发匪，要的是李世贤与汪海洋的人头。智商正常的人都看得出左宗棠是有意将太平军赶去广东，这样猫赶老鼠一般，还要耗费多少两银子，浪费多少时间才能最终解决？
面对质疑，左宗棠上奏为自己辩解：
李世贤、汪海洋上年由江西窜粤，由粤东窜闽，期时江西追兵不入粤，粤东追兵不入闽，故令逆贼得以一意狂奔深入闽省腹地。而江西、粤东专顾本辖，藩篱重兵列屯边界，臣宗棠于两省援闽之兵，亦并未尝调其深入也……本省堂奥有贼，不能为邻省代固藩篱；本省腹地渐清，自必与邻省共谋夹击。
左宗棠摆出理由，当时太平军由江西进入广东，再进入福建，江西、广东两省也没有越境追击，导致福建府县被太平军攻破。既然这两省都只顾自己，现在凭什么要福建清兵越省去支援他们？更何况福建省内太平军还未清剿，顾不了其他省，迟些再算吧。
清廷收到这份奏折肯定生气，又毫无办法，唯有再次下谕强调：此时闽省腹地渐清，左宗棠素能不分畛域，必能与粤东官军共谋夹击，不至贻患邻封也。
在此期间，发生一件对晚清历史影响深远的大事：5月18日，北方太平军余部遵王赖文光、首王范汝增，与捻军张宗禹、任柱、李允、牛洛红、陈大喜，宋景诗等部在山东曹州高楼寨大破并杀死钦差大臣科尔沁亲王僧格林沁，清朝最后一支能战的八旗马队自此覆灭。
清廷担心捻军杀向京师，胆战心惊之余，只能完全倚仗汉人督抚，遂任命曾国藩为钦差大臣赴山东督师，以刘长佑为直隶总督扼守大名。福建的事情，不太顾得上了，你左宗棠看着办吧。
正准备集结出发的湘军——电视剧《太平天国》剧照
三在左宗棠与清廷文书扯皮期间，福建清兵也确实加强对省内太平军的攻势。李世贤率军向闽粤边境的平和县城前进，同时令陆顺得接应漳浦、诏安、云宵守军，一起前往平和会合。
清军继续穷追，高连升、黄少春、刘清亮于5月19日追至平和附近，赶上太平军尾队，随即发动袭击。太平军在附近营垒的掩护下，且战且退，清军一路突破营垒死追不放。
21日，李世贤与朱兴隆、扬王李明成（李秀成亲弟，天京城破后逃出，跟随幼天王直到杨家牌被冲散，投入汪海洋军，此次左宗棠战报中却提到扬王旗号，只能存疑。）率数万军队前来救援后路，清军分路猛扑，双方激战三十余回合，太平军拼死不退。
高连升见状，率亲兵绕到太平军背后突袭，太平军对后路没有防备，阵脚大乱，遂被清军突破。
清军战报提到：侍逆痛哭勒诸贼回堵，连斫数贼，官军已层层逼压而前，贼之败逸者不能止也。
清军乘势猛攻平和县城，李世贤只得再一次掩护撤退。撤退期间，因为人多慌乱，岭路险窄，李世贤连人带马坠于桥下负伤，最后太平军撤入广东大埔境内。
5月21日凌晨，清军收复漳浦县，守城太平军奉李世贤命令撤退。戴王黄呈忠先行，凛王刘肇均殿后，遇上清军追击，激战之中，刘肇均身边的人一个一个战死，刘自知不免，用洋枪自戕而死。
刘肇均是李秀成部将，曾守昆山力阻戈登与程学启，苏州城破后即改隶李世贤麾下，直至战败自杀。
至于黄呈忠，一直以来作为侍王部将征战，最有名是守宁波时击毙常胜军第一任首领华尔。据说留下过太平天国将领中唯一一张照片，在漳浦被清军收复后无下落，清廷奏报也没再提起，自是不知所踪。
云宵守将祥王黄隆芸在获得陆顺得接应后，合共两万多人，向平和方向前进，意欲会合仍在周边活动的朱兴隆，合兵进入广东。
他们的行踪早让清军侦知，5月23日，高连升、黄少春、刘清亮率各部前往堵截，地方团练也咬尾追击。
太平军行军疲惫，又刚刚弃城士气低落，面对忽然出现的清军无力组织抵抗，很快溃散。
乱战间，清军发现一名太平军将领骑马奔走，身边聚拢几十人，知道是“贼首”，遂围上去。骑马将领率众拼死抵抗，终因寡不敌众，左臂被砍断后成为俘虏，回营一问，正是祥王黄隆芸，被马上处死。
黄隆芸同样曾是李秀成部将，参与无锡救援战，率水师与常胜军轮船队死战，后跟随李世贤入福建，最终被俘杀。
陆顺得率残部与朱兴隆会合后，想退入大埔，又遇上王德榜追击，前边则是广东清兵拦截，这队太平军士气斗志全无，有4000人投降，陆顺得、朱兴隆几乎只身逃走。
投降的太平军将领中，按左宗棠奏报，“满发悍贼一百五十四名，讯皆积年漏诛剧贼，则尽诛之。”
守城陷入困境的太平军——电视剧《太平天国》剧照
四在李世贤连遭失败的同时，攻打大埔失利的汪海洋，决定趁清军被李世贤吸引，重新进入福建，目标是永定县。
5月14日，汪部太平军分两路，一路攻永定，一路攻永定城外的防守要地射猎凹，守射猎凹的是总兵丁长胜。汪海洋先派人筑垒切断射猎凹与永定县城的联系，丁长胜营地无粮，忍饥守了两天。16日汪海洋发动总攻，清军营地被破，丁长胜战死。汪海洋马上围攻永定，总兵王开琳坚守。
前述刘典正攻打南靖，听闻丁长胜败死，暂时不能抽身，派遣康国器先行。康国器于5月17日到达永定城外，第二天就拆毁太平军渡过汀江的浮桥，暂阻其攻城。
5月19日，汪海洋下令佑王李远继等率军数万，分为七路猛攻康国器营地，康国器分兵抵抗，激战半天，再派突击队奔袭汪海洋后方。汪海洋也曾派一队奇兵袭击清副将营地，被击退，当天战罢，汪海洋退兵。
20日，汪海洋亲率数万人再次发动进攻，适当天刘典亲率大军赶至，双方再度爆发激烈战斗，太平军猛攻十余次，仍然不能攻破清军营地。太平军有人畏战胆怯，汪海洋砍杀数名后退兵卒，亲率二千多卫队投入战斗，本欲逃回的太平军也转身继续跟随进攻。
眼见太平军士气上升，康国器投入预备队，同时集中优势火力，枪炮、火箭、火弹一时并发，带队的太平军军官被打死几名，后边士卒马上大乱，清军趁机转入全线反攻，这下汪海洋再也无力制止。
汪海洋曾安排一队伏兵接应军队撤退，起不了任何作用，仍被清军击败。改以翼侧迂回，同样失败，全军来还被清军四面包围，只能想办法突围。
5月22日，沛王谭星与林正扬率军赶到，总算抵挡住清军兵锋，汪海洋遂率败军退入上杭县境内。
作战中的清军马队——电视剧《太平天国》剧照
五汪海洋只要多呆一两天，就可以会合李世贤军队，他前脚刚走，24日，李世贤残军就到达永定附近，按照左宗棠在奏稿中说法“讵侍逆败党又接踵窜至永定”。
李世贤很可能是收到汪海洋军队在这里的消息而前来，不知汪海洋有没有收到李将到的消息，是有意，还是无意离开。
当天陆顺得与王宗李元茂率数千人作为前锋打算渡汀江，刚好江水暴涨，导致无法过江，被清军击退。26日，李世贤率众来到江边，看到江水仍然汹涌，决定斩木做桥。
三座浮桥差不多完工时，清兵杀到，太平军背水结阵，清军再派一队从江上沙滩处直击太平军背后。太平军阵脚大乱，纷纷涌上浮桥，因为人太多，未完工的浮桥承受不了重量而断裂，大量人员掉入水中，马上被江水吞噬……
其他太平军有些奔到附近山上，被清军拉网搜查搜出，向康国器、王开琳投降者则达二万多人。
战死将领中，有1853年曾参与上海小刀会起义的潘起亮，据称他是为掩护李世贤撤离而最后战死。
李世贤的家眷，包括王娘多名，以及照顾王娘的“贵内使”，也即王府女官，也在此战中被清军俘获。
李世贤仅以身免，他于26日晚上带伤策马过河，泅水上岸，割去须发，密藏山中达一个多月。
如果从李世贤1858年获封左军主将算起，一直独当太平天国一面的侍王大军，自此役后不复存在。
左宗棠在奏稿中称，李世贤在漳州时曾派人联系高连升、黄少春，说打算投降，高、黄二人不纳遂止。这个可信度存疑，首先李世贤在离开漳州形势急转直下也未去清营投降，又怎么可能在之前尚可维持时去乞降？其次他“逆首”等级太高，大致与洪仁玕、陈玉成、李秀成并列，就算真去投降也不可能免死。我更倾向李世贤并未有过任何投降举动。
全歼李世贤军队此战，按李福泰幕僚朱用孚所著《摩盾余谭》记载，广东清兵方耀部也有参与，永定县被汪海洋围攻时，守军发蜡丸向方耀求援，方率军前往，刚好遇上李世贤军队。正是闽粤两省清军沿江前后夹击才导致李世贤惨败，然而左宗棠战报只字没提广东清兵，颇为蹊跷。
太平军接连战败之后，曾被左宗棠算成大股贼匪之一的丁太洋，也意志溃散向清军投降。
丁太洋奉李世贤命令撤出诏安，5月29日来到平和县附近，留守的王德榜率军截击，丁太洋在江上驾起浮桥，约一万人过江，清军马上发动突击，一开始丁太洋部仍然抵抗，王德榜亲率预备队杀入，丁太洋被两面夹击，很快大败。
丁太洋仍然想率军奔袭附近的刘典大营，刘典当时派出所部对付汪海洋，大营守卫空虚，以土楼坚守击退丁太洋。随着刘典各部陆续返回，丁太洋被包围陷入绝境。
6月6日，丁太洋率众并携带太平天国官印四百余颗，向刘典乞降。刘典感觉丁太洋是到绝路才投降，杀之不武，令其挑选千人剃发后随同征剿汪海洋。
丁太洋是广东天地会首领，曾跟随石达开作战，后脱离东返会合李世贤入江西部队。投降后官至花翎游击，最后却没有好下场，跟随左宗棠入陕甘时，被查出所辖一营缺人一百四十多，却以满员冒领饷银，以贪污罪名“请旨正法军前”。
列队的太平军——电视剧《太平天国》剧照
六比起入福建时的声势浩大，太平军余部历经战斗，现在已经损失惨重：李世贤基本覆灭，丁太洋乞降，林正扬与谭星一队，林正扬、谭星均已经动摇，在找合适时机投降，只余汪海洋一队尚有数万人实力。
不得不说一句，汪海洋品格不行，对太平天国的忠诚确实令人无可挑剔，到这地步仍然没有气馁动摇。会合陆顺得、林正扬残部后，挥军重新进入粤东，既然大埔拿不下，就换个方向，扑向嘉应州镇平县（今蕉岭县，嘉应州是省直隶州，与府同级，州治为今梅州市）。
方耀连忙派人前往镇平支援，汪海洋分兵作出直扑嘉应州的动作，清兵中计，勿忘调兵前去州城，广州将军瑞麟也派兵前往龙川县，以堵汪海洋深入广东之路。就这样，镇平守备空虚，虽然知县动员县内男女上城助守，仍然被汪海洋前军攻占。
这次占领镇平时间很短，数天后即被赶来的清军收复，然而当时清军防守重点仍在嘉应，镇平守备很快再度空虚。
6月14日，汪海洋全军撤出福建，包围镇平，很快再次攻破。据说汪海洋将镇平投降的一千六百多兵勇全数杀死。简又文先生评论：康王以屡败气愤，尽屠之，已无复太平军前时不杀降之风纪矣。也足可见汪海洋性格越来越暴戾嗜杀，为后来残酷杀害李世贤埋下引子。
汪海洋在镇平城内休整，按照清廷官员的说法：汪贼自得镇平之后，开互市，广招胁从，将图复振。也起了进逼嘉应州州城之心，同时派出陆顺得、林正扬率军继续深入，在粤赣边界一带游动，以牵制广东清兵。
冲锋中的清军——电视剧《太平天国》剧照
七汪海洋离开福建后，左宗棠对本省太平军残部及各地会党实行扫荡。守云宵的黄隆芸在撤离前，任命一名陈姓天将率300人在云宵岳坑，与当地朱姓民众一起守卫土楼城寨，牵制清军。左宗棠派出郭松林与杨鼎勋前往攻打，郭发现此地极之易守难攻，尤其是名为大洞楼的中心阵地。
（岳坑）地居万山中，环村石为墙，排列大炮数十尊，形如坚城。……山前曲径一道，缭绕而上，山后石壁峭立，俯临大洋。夹山大溪一道，直达岳坑外，山脚溪头地名大洞楼，乃上岭要路。该逆凭险立寨，计高三丈有奇。……并于石寨外加钉木城，开掘沟濠，意图死拒。
当地居民共计数千人与太平军全部迁入寨内，并且储存大量粮食物资。
清军几次力攻都被打退，还战死一员副将。6月14日，郭松林选择挖地洞，在楼墙下放入百余斤炸药，在晚上五更引爆，终于攻入大洞楼内，抓住并处死陈天将以及朱姓头领朱起运，岳坑民众在战乱中几乎被屠尽。
此战也是福建清兵最后一次大规模围剿境内太平军，左随即向清廷发出《全闽肃清现饬越境追剿折》，宣称福建境内已经没有太平军存在，将行辕迁到漳州，挥师进入广东。
