1939年春，马寅初来到陪都重庆，就任重庆大学商学院院长。

当时，抗日战争已转入相持阶段，战事形势非常严峻，而以孔祥熙、宋子文为代表的四大家族，却利用权势巧取豪夺，借机大发国难财。

马寅初痛心疾首，便在重庆公开发表演讲，严正抨击蒋介石的战时经济政策，痛斥孔、宋贪污，说“中国的几户大贪污，其误国之罪，远在奸商汉奸之上”。

他还在报纸上发表文章，大声疾呼：

“现在前方抗战，千百万将士牺牲流血，亿万人民流离颠沛，无家可归。

而后方之达官贵人，不但于政府无所贡献，反而趁火打劫，大发横财，忍心害理，孰甚于此！”

马寅初向四大家族发出了公开挑战，引起了全国及世界舆论的重视，得到广大人民群众的大力支持。

1939年，马寅初应邀到陆军大学演讲，面对多名高级将领，满怀义愤地说：

“有一种所谓的上上等人，他们依仗权势，利用国家机密，从事外汇投机，翻手成云，覆手成雨，顷刻之间就获巨利，存到外国，大发超级国难财。

我可以告诉各位，这种猪狗不如的所谓上上等人就是孔祥熙、宋子文等人。”

他接着又说：

“值此多事之秋，必须反对滥发纸币，反对搞通货膨胀，一定要做到有钱出钱，合理负担，一定要向有钱的人要钱，征收战时过分得利税或临时财产税。

要做到这一点，首先就要把孔祥熙、宋子文等人撤职，把他们的不义之财拿出来充当抗日经费。”

马寅初此言一出，迅速在社会上引起轩然大波，宋蔼龄、宋美龄等人向蒋介石施加影响，要求对马寅初进行严厉处置。

但马寅初不为所动，继续频繁发表文章与演讲，揭露体制的腐败，痛斥孔、宋之流的无耻与贪婪，让当局非常头痛。

蒋介石召见重庆大学校长叶元龙，大发脾气，让叶元龙把马寅初找来谈话，希望他以大局为重。

叶元龙将蒋介石的话转述给马寅初，还说蒋委员长待你不薄，很尊重你，并没有得罪你。

马寅初回答道：“不错，他没有得罪我，但他得罪了全国人民。”

此后，马寅初态度更为坚决，言辞更为激烈。他在重庆市实验剧院演讲时说：

“有人说蒋委员长领导抗战，可以称民族英雄，但我认为他不够资格。因为他不能法办孔祥熙、宋子文，因为他包庇亲戚和家族，危害国家和民族。

所以，要说英雄，蒋介石也是一个英雄，不过他并非民族英雄，而是家族英雄。”

在蒋介石的眼皮底下以如此辛辣的言辞抨击蒋，除了马寅初，再无第二人。

冯玉祥将军在日记中写道：

“马寅初先生是热血抗战、有血性、有良心的人，因为他是中国经济界的老前辈，金融界多是他的学生。

他对一切不平的危害抗战的经济弊病知道得最清楚，知道国家实在太危险了，故不顾一切，到处大骂，揭其黑暗。

他前天对我说：反正我的年纪也大了，我还怕死吗？国家这样，我什么也不顾虑了，只顾我的良心。”

到了1940年12月，蒋介石再也忍不住了，派宪兵将马寅初抓了起来。

蒋介石没有想到，处置了马寅初后，使自己陷入了更为尴尬的境地。马寅初被捕不几天，全国舆论即纷纷指责当局，还引发了重庆的学潮。

1942年8月，蒋介石迫于国内外舆论的压力，不得不将马寅初释放回渝，但仍被软禁在歌乐山大木鱼堡五号家中。

直到1945年，抗战胜利前夕，蒋介石才因情势所迫，不得不解除对马寅初的软禁。

马寅初被囚禁近两年，又被软禁两年多，反而信念更加坚定，情绪更加激烈，利用讲堂，照旧抨击反动统治的黑暗腐败。

在事关国家民族利益的大是大非面前，马寅初的头脑异常清醒，从来不愿跟随统治者的指挥棒起舞。其铮铮铁骨体现出了知识分子的担当，堪称一代楷模，令人肃然起敬。