设施大樱桃一年中施肥6次，第一次于萌芽展叶前；第二次于开花前；第三次在谢花后10天内；第四次为硬核期；第五次于采收后；第六次为9月秋施基肥。

设施大樱桃萌芽前施肥应以硅肥和微生物菌肥为重点。微生物菌肥可增加土壤有益菌数量，改良土壤环境，促进根系生长。树体吸收硅元素后果肉硬、果面亮且不易裂果。

一般在设施大樱桃开花前加强补钙，以满足树体幼果期对钙的需求，补钙的同时配合施用腐殖酸类肥料，促进根系生长，提高钙的利用率。补钙可提高果实品质、膨大果个、增加单果重、减少裂口。

设施大樱桃谢花后进入坐果期，亩施氮、磷、钾平衡型水溶肥10千克，作用是提高坐果率、膨大果个、增加单果重、提升果品质量。

硬核期是养分需求高峰期，此期一般施用高磷水溶肥10千克+氨基酸/矿化腐殖酸类水溶肥10千克，主要作用是促进果个膨大、提升亩产量、提升口感。

设施大樱桃采收后进入花芽生理分化期，为了促进花芽分化，一是要足量施用有效的微生物菌肥，促进根系生长及提高树体的抗病能力，二是应施用少量的磷、钾肥，此期一般为烟台地区多雨季节，严禁使用大量的氮、磷、钾肥料。

秋施基肥是树体全年营养的保障，以有机肥和菌肥为主，有机肥养分全面，肥效期长，是第二年早春展叶开花的保障，一般设施大樱桃于8月秋施基肥，可选用全水溶平衡型肥料+水溶性有机肥+全水溶微生物菌肥+全水溶中微量元素肥。