桓温在控制东晋朝廷之后，多次建立大功，个人威望登峰造极，于是萌生不臣之心，思考着如何效仿曹操、司马懿。甚至觉得不弄权就会被司马师、司马昭等人笑话。

本来他希望建立不世之功，水到渠成的接受禅位，但是第三次北伐的时候损兵折将，让他的如意算盘落空，也明白了没办法流芳百世，于是撂出狠话，做好打算，如果不能流芳百世，那就遗臭万年！在幕僚的建议之下，废立皇帝来操弄朝廷，延续自己的威望。

《晋书·桓温传》：然以雄武专朝，窥觎非望，或卧对亲僚曰："为尔寂寂，将为文景所笑。"众莫敢对。既而抚枕起曰："既不能流芳后世，不足复遗臭万载邪！"

在桓温的威逼之下，皇太后下诏废黜皇帝，名义是他阳痿不能生育，随后相王司马昱被册立为皇帝，桓温进一步控制朝政，他做的美梦是，希望司马昱某天明白过来，把皇位禅让给他。

果然，这次桓温没有看错人，在桓温的非暴力不合作恐吓之下，司马昱在确定无法控制桓温之后，一度打算把朝廷委托给桓温，甚至临死的时候遗诏桓温摄政，但是这个现象是朝中其他士大夫不愿意看到的。

《晋书》：简文帝临崩，诏大司马温依周公居摄故事。坦之自持诏入，于帝前毁之。帝曰："天下，傥来之运，卿何所嫌！"坦之曰："天下，宣元之天下，陛下何得专之！"帝乃使坦之改诏焉。

对未来没有希望，已经放弃抵抗的司马昱在遗诏中明言，由桓温摄政，如果晋室能辅就辅佐，不能辅佐就由桓温自己取，并且对当时在旁边，反对的王坦之说，当初晋朝取得天下不过是侥幸，现在幸运没有，失去也没啥可惜的。

王坦之反驳说，晋室的天下是司马懿和司马睿辛辛苦苦建立的，不是皇帝你一个人的，所以不能随便送人，随后撕烂遗诏，司马昱毕竟不希望自己家的天下送人，寄希望于万一，更改遗诏，把摄政改为辅政，把给桓温的遗命由效仿周公摄政改为效仿诸葛亮、王导辅政。

对此，又一次失望的桓温也感觉到了现实的无奈，他这时候清楚地明白，那一些世家大族可以容忍他主宰朝廷，但根本不希望桓温主宰天下，这一些大家族的底线就是皇帝还是由司马家的人做。

在太原王氏坚持之下，桓温没有被征调入朝摄政，当时的皇太后褚蒜子也无法掌控朝堂，朝臣这时候却也胆寒没有魄力拥立太子继位，都想着等桓温来定夺，这时候琅琊王氏、王彪之站出来说太子继位名正言顺，即使桓温位高权重也不能改变，于是扶太子登基。

新君继位又没办法亲政，她再一次提出由桓温摄政，又被王彪之阻止，于是褚蒜子临朝听政，派遣谢安征桓温入朝辅政，但是事事不顺心的桓温拒绝入朝。

这件事让桓温明白，世家大族即使都把皇帝不当一回事，但依然希望天下的皇帝是司马家的，这样自己家族的利益才不会受损，不然突然有人要换一个了，很多家族的危机感就出现了，都不愿意天下换一个司马家之外的皇帝，于是从中阻挠坚决反对皇帝换一个姓。

这样，一直谨慎的他接受了这个现实，没有冒天下之大不韪而威逼皇室，也没有闹出司马氏当街弑君的行径，毕竟大部分人反对，所以没有进一步的行动。毕竟，在他之前，占据荆州的王敦直接作乱，结果被朝廷军队很快平定，他不想成为王敦二号。所以选择了隐忍。

歪史以为，桓温当时如果没有王坦之、王彪之、谢安等人的阻挠，位登皇极是非常大可能的，但是百足之虫，死而不僵，这几个分别代表琅琊王氏、太原王氏、陈郡谢氏的家族，实力不可小觑，加上王敦的前车之鉴，让桓温保持了理智。

关于桓温没有篡位的原因，东晋晚期的陶渊明在《搜神后记》里面还记载了一个故事。这个故事非常玄乎。现在看起来画面感依然很强烈。

因为当时天下大乱，所以佛教、道教等宗教盛行，一时间僧尼遍地，而高门大户之中也普遍供养僧尼道士来装点门面，身居高位的桓温也不例外，在他晚年打算谋朝篡位的时候，自远方来了个尼姑。

她专门来投奔桓温，正想积累功德的桓温于是高兴地把他供养起来，对她非常客气。这个尼姑看起来啥都好，就是有个不好的毛病，洗澡的时候特别费时间。桓温为此感到很奇怪，本来有心事的他起了疑心，于是专门跑过去偷看她洗澡。

一个位高权重、六十多的老头因为疑心跑去看一个尼姑洗澡，画面看起来就很香艳。果然，桓温看见，这个尼姑洗澡的时候脱光衣服，拿一把刀子划破肚子，取出五脏，截断身首，然后把身上的肉一刀一刀地割，吓得老头赶紧跑回自己的房间。

过了一会，这位刀头舔血的大将军冷静下来，那个尼姑也洗完澡除了，让桓温惊诧的是这尼姑身形如常，看不出来一点刀痕，颇为洒脱的桓温于是对尼姑说了实情，然后问究竟是什么原因。

尼姑冷冷地看了他一眼，风轻云淡地回答：若逐凌君上，形当如之！这给正计划谋朝篡位的桓温泼了一头冷水，非常恐惧，到死都保持臣子身份，不敢逾越雷池。后来，这个尼姑辞别，没人知道她去了哪里。