在明朝晚期，锦衣卫是皇帝手中最重要的特务组织，承担着防范内宫叛乱、保障皇帝安全的重要任务。然而在明朝灭亡的时候，十几万锦衣卫却神秘失踪，引起了人们的猜测和研究。

首先，明朝灭亡之前，锦衣卫已经遭受了重创。随着明朝的衰落和社会动荡，锦衣卫的权威也逐渐下降。不少官员试图夺取锦衣卫的权力和财富，导致锦衣卫的内部矛盾激化。

同时，锦衣卫内部也有不少人私下与明朝的敌人勾结，谋求自己的利益。例如大明末年，有锦衣卫成员与李自成起义军勾结，企图谋取私利。这些内部问题导致锦衣卫在明朝最后时期失去了很多士气和忠诚度。

在明朝灭亡的时候，十几万锦衣卫在历史和文物记载中并没有留下太多的信息。但是，有一些历史学家提出了一些推测和假说。据说有锦衣卫成员与南明政府勾结，帮助南明政权保存了一些皇室后裔并将其护送到南方。还有一些成员逃亡到边疆或海外，寻求自保。同时，也有一些成员被明朝灭亡的政权杀害或迫害，这些人最终成为了历史的牺牲品。

不过，无论锦衣卫成员最终去了哪里，他们在明朝灭亡的过程中都扮演了重要的角色。他们的消失代表了明朝政权和社会的巨大损失。锦衣卫的成员数量超过十万人，其中的精锐和高层干部不少，他们的失踪不仅损失了明朝的核心力量，也导致了后续政权和社会的巨大混乱。

总之，十几万锦衣卫的去向仍然是明末灭亡的重要谜团。虽然人们对此提出了很多的猜测和推测，但是具体情况仍然没有得到证实和完全解决。然而，无论他们去了哪里，锦衣卫成员的消失都代表了明末灭亡的巨大损失和社会动荡的成因。