魏晋南北朝是士族门阀居于最高统治地位的时期。士族制度是在两汉官僚地主势力不断膨胀的基础上形成的，这种制度使士族成为封建统治阶级中稳定的最上层，独享各种封建的特权。这就决定了士族制度一旦形成后，所带来的极大的寄生性和腐朽性。西晋门阀政治的极端腐败，最集中地体现了这一点。

士族制度形成的背后有着强大的经济、政治、军事等各方面的基础，所以这种制度要想被打破是非常不容易的。唯一能打破的只有大规模地重新洗牌。而南北朝时期反复的农民起义则恰好地满足了这一点，再加上士族内部的权力斗争，这一政治制度得以在南北朝开始衰落。

门阀遭受农民战争以及其他反对势力的打击而趋向衰落，大体上可分为三个时期。第一个时期是在西晋末年各族人民大起义的打击下。士族统治的西晋王朝被摧毁。在这场激烈的阶级斗争中，大批高门包括司马氏皇室在内，被起义军或少数民族酋帅所消灭，除一部分士族南逃之外，留在北方的高门士族，无论在经济和政治上都遭受一次沉重的打击。

石勒、王弥农民起义军在镇压高门士族时，不免会滥杀无辜，但其主要锋芒还是针对门阀统治的。同时，起义军在攻城略地中所杀戮的士族官僚，不计其数。

经过西晋末年各族人民大起义的冲击，使北方的高门士族势力一度削弱，因而十六国政权尽管存在着差异，但除前凉和前燕政权特殊外，其他各政权虽在不同程度上利用过士族，甚至有的还企图恢复士族制度，但各个政权最高统治集团的决策人物，大多数都是出身少数民族酋帅和汉族庶族地主阶层。

东晋末年孙恩、徐道覆起义，给予高门士族第二次严重打击。西晋政权被推翻后，北方士族大量南逃，东晋王朝是在南北士族相结合的基础上建立的，因而形成门阀政治的极盛时期。东晋孙恩、徐道覆起义向东晋政权发起猛烈冲击，一方面，给予以王、谢为首的中央士族当权派以沉重打击，导致士族所掌握的北府兵权转入庶族出身的刘裕手中；另一方面，促使士族内部矛盾加深而爆发了内战（桓楚政权）。

从另一方面讲，刘裕集团同桓玄集团之间的斗争，实质上是庶族地主同士族地主之间的斗争。刘裕镇压徐道覆、卢循起义后，于东晋元熙二年（公元420年）代晋，建立起宋朝。庶族地主刘裕起兵的胜利和他爬上皇帝的宝座，使士族在政治上的垄断权被冲破一道缺口。虽然历经整个南朝，士族在政治经济上还有较大的势力，特别是社会地位一直还很高，然而寒门庶族地主也不断地拥进最高统治层，并逐渐控制着实权。

庶族同士族的斗争早在西晋时就开始了，但庶族地主同高门士族有紧密的联系，多为其僚属或门生故吏，二者同样压迫剥削，没有根本的利害冲突，常常联合起来镇压各族人民的反抗。这种斗争要取得胜利，必须依靠人民群众大规模的阶级斗争削弱士族势力后才有可能实现。刘裕集团正是在农民战争削弱士族势力后登上政治舞台的。

北魏末年各族人民大起义，给予高门士族第三次严重打击。北方高门士族势力曾一度遭受打击后，十六国后期又逐渐复苏，在北魏统一北方和稳定政局的过程中，高门士族起了重要作用。如北魏明元帝拓跋嗣（公元409一424年））、太武帝拓跋焘（公元424—452年）用士族崔浩，"言听计从，宁廓区夏"。魏孝文帝使高门李冲"总理朝务"，"委以台司之寄"。

北魏末年，各族人民大起义，对最高士族集团的打击，其势如摧枯拉朽。北魏宗室以及高门士族集团在经济、政治、军事上都受到严重的打击。当葛荣率领河北数十万义军南下，兵锋直指京都时，尔朱荣乘中央士族当权派势力的削弱，北魏军事主力被义军摧毁，以及义军南进给魏廷所造成的威胁，于武泰元年（公元 528年）四月举兵向洛阳，在河阴（今河南孟津县东）发动了一场大屠杀，史称"河阴之变"。"河阴之变"的实质是一场地方酋帅实力派反对中央士族当权派的斗争，尽管滥杀了一部分无辜，但它对高门士族无疑是一次严重打击，为后来高欢、宇文泰上台以及进行政治革新开辟了道路，因而在客观上具有积极意义。

北魏末年各族人民大起义揭开了各类社会矛盾爆发的序幕，在各族人民起义的致命打击下，北魏最高统治集团之间以及中央士族当权派与地方酋帅实力派之间展开了激烈的斗争，这些斗争削弱了北魏最高士族门阀集团腐朽势力。在政治上属于新兴庶族地主的代北怀朔和武川两大豪强酋帅集团，在镇压各族人民起义和翦除尔朱氏势力的斗争中乘机崛起。东魏北齐和西魏北周政权从形式上看，是由统一转向分裂，其实历史在继续前进。由高氏和字文氏控制的两个新政权，其最高层决策人物，主要是代北豪强酋帅庶族地主，而原来居最高统治地位的士族高门降到了次要地位，从而带来了一系列经济、政治、军事改革措施，产生了深远的历史影响。

以北魏末年各族人民大起义为转机，庶族地主开始兴起，并掌握了最高军政大权，高门士族进一步走向衰落，从而在官员的铨选上发生了重大变化。

隋统一全国后，虽曾一度实行九品中正制，但因高门士族日趋没落，寒门庶族地主势力上升，九品中正制已不适应统治阶级内部权利再分配的需要，结果是"潜愬纷纭"，而被罢除。最终，九品中正制被科举制所代替，乃是寒门庶族地主兴起后，为了加强中央集权，取消高门士族的政治特权，扩大封建政权的阶级基础而采取的措施。它揭开了我国封建社会选举史上新的一页，反映了封建统治阶级中庶族地主和高门十族地位的升降变化。这种变化的出现，归根到底，主要是农民战争打击了腐朽的门阀集团的结果。