桓温把年过半百的司马昱推上皇位，就是看中他不会有作为，因为司马昱已经不再年富力强，早为子孙大计掏空了身子，为桓温下一步篡位提供了时间上的保证。因此，桓温接下来要做的，是要集中精力铲除对自己有威胁的皇室成员及异己势力。

司马昱的异母哥哥武陵王司马晞在咸康八年（342 年）时，就与当时的会稽王司马昱、中书监庾冰、中书令何充、尚书令诸葛恢共同接受晋成帝司马衍的临终遗诏，担任顾命大臣，辅佐朝政。永和八年（352年）时，升任太宰。司马晞对做文官没有兴趣，就喜好习武练兵。桓温对他非常忌恨，司马昱即位才3天，桓温就上表称司马晞出身于皇族，却招纳轻浮小人，窝藏亡命之徒，儿子司马综傲慢残忍，袁真叛逆跟他有关。请求免除司马晞的官职。随后又让自己的弟弟桓秘充当急先锋，逼令新蔡王司马晃自首，称与司马晞、司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人意欲谋反。

桓温于是下令将人全部逮捕，送交廷尉。过了两天，桓温直接下令诛杀了司马奕的田美人和孟美人以及她们的3个孩子。仅隔了1天，御史中丞谯王司马恬秉承桓温的旨意，请旨诛杀武陵王司马晞等人。司马昱实在不忍心宗室之间再起杀戮，下诏说∶"我既悲痛惋惜，又惊恐不安，这种事我连听都不愿意听，何况还要我下令呢!你们再研究研究!"

桓温不得已赤膊上阵，亲自上书威逼，言词异常激烈。司马昱忍无可忍，亲手写下诏令∶"如果晋王朝还能延续，就请大司马不要再提此事。如果晋王朝气数该绝，就让我退位让贤吧!"桓温见步子迈得太快，把皇帝逼得太急也不好，就不再坚持杀司马皇族，于是改奏请黜废司马晞及他的3个儿子，全家迁徙到新安郡（今浙江淳安县）;黜免新蔡王司马晃为庶人，贬到衡阳（今湖南湘潭西南）。司马昱保住了宗族骨肉的性命，桓温也达到了削弱皇室势力的目的。

而殷氏、庾氏就在劫难逃了，桓温下令将他们满门抄斩。桓温在不到10天时间里，废立皇帝，剪除皇室宗亲，诛灭两大高门望族，威势显赫至极。侍中谢安见到桓温，远远地就开始叩拜，桓温内心受用，却故作吃惊地问∶"安石，你这是什么意思?"谢安说∶"没有君主叩拜于前，而臣子还礼于后的道理，只能如此了。"

连谢安都把桓温当君王叩拜，司马昱就更加感觉到了巨大的压力。实际上，从他即位之日起就深知自己的处境，无时无刻不提心吊胆，因为他是看着桓温一步步走今天的，其野心已昭然若揭，既然他开了废立皇帝的头，就会有第2次、第3次，只要他想，谁敢保证他不会直接弑君呢?由于心病太重，司马昱入宫没几个月，就憔悴衰老了很多，头发迅速花白，身体很快就撑不住了。

在桓温行废立大事，威逼皇室宗亲，诛杀异己时，司马昱就战战兢兢地进封桓温为丞相，留京辅政。但桓温不接受，只任命郗超为中书侍郎，坐镇朝中，自己则率军经白石返回姑孰，执掌兵权，继续控制长江上游，遥控朝政。

咸安二年（372年）七月二十三日，司马昱已病入膏肓，一生做事并不果断的他，以最快的速度册立11岁的司马曜为太子。慑于桓温的淫威，一日连发4道诏书，催促桓温入朝辅政，但桓温都不加理睬。抱着最后一丝打动桓温的希望，司马昱学刘备白帝城托孤的做法，立下遗诏说∶"如果我的儿子成器，请你辅佐;如果不才，请你自行取代。"

这份事关东晋前途命运的遗诏，一旦到了桓温的手上，向左向右全在其一念之间。他既可以像诸葛亮那样尽心辅佐幼主，也可以像王莽那样篡位自立，这是其他士族所不愿看到的。出身太原王氏的侍中王坦之更是当着司马旻的面把遗诏撕得粉碎，说:"晋室天下，是宣帝（司马懿）和元帝（司马睿）建立的，陛下怎么能私授于他人呢?"

司马昱见身边还有这样的忠臣，伤心之余，还是感到很欣慰，于是让王坦之重新起草遗诏，改为∶"家国大事一概听命于大司马，一如诸葛武侯、王丞相（王导）的旧例，太子要以刘禅敬诸葛武侯为榜样，敬重大司马。"将桓温比作诸葛亮，意味着大权可以有，称帝就是大逆不道，用道德将他牢牢束缚。立完遗诏的当天，司马昱就死了，享年53岁，在位仅8 个月14天。

国不可一日无君，群臣中有惧怕桓温的，提议等请示桓温后再作打算。尚书仆射王彪之严厉地说道∶"天子驾崩，太子当立，大司马不能、也不会违背礼制!如果当面向他询问，肯定要受到他严厉指责。"临危决断，迅速拥立司马曜为帝，是为孝武帝。

在晋王室命悬一线的关键时刻，各门阀大族联手阻止了桓温篡晋的阴谋，既维护了他们自身的既得利益，也确保了司马曜的顺利即位及东晋王朝的延续。

而这样的结局令桓温怨愤不已，他满以为司马昱临死会禅位给自己，没想到司马昱在最后一刻立了太子，而且连个摄政大臣也没捞着，只是辅政而已。他在给弟弟桓冲的信中发泄∶"遗诏只让我依照武侯、王公故事罢了，王、谢在朝中处理政事，总让人愤愤不平。"将矛头指向了王坦之与谢安。

司马曜即位后，为了安抚桓温，谢安、王坦之等人以司马曜的名义下诏称∶"内外一切事务均按大司马的意见办。"并由谢安亲自前往姑孰，征召桓温入朝辅政，加仪仗队的羽葆鼓吹，虎贲60人，桓温依然推辞，更不肯入朝。

可桓温称帝之心不死，既然不肯禅让，那只能来硬的了。宁康元年（373年）二月，桓温带领大队兵马，气势汹汹地直奔建康，准备灭了东晋，来个武装夺权。满朝文武都慌了神，不知如何是好。褚太后命谢安与王坦之率领百官到新亭（今江苏江宁县南）迎接，因为大家都知道桓温对此二人恨之入骨，褚太后无疑是让他们去送死，可谓用心歹毒。

王坦之吓得魂飞魄散，谢安却泰然自若，说∶"晋室的存亡，就取决于此行。"到了新亭，桓温部署重兵守卫，当时有一定地位和声望的官员都惊慌失色。王坦之汗流浃背，连手中的朝板拿颠倒了都不知道。只有谢安从容就座，他坐定以后不冷不热地问桓温∶"我听说诸侯有道，守在四邻。明公您何须在周围安排这么多甲士呢!"桓温不好意思说∶"我也不得不防啊!"说着他把人全部撤走，与谢安从儿时谈起，东拉西扯了大半天。由于谢安的机智和镇定，桓温终于没有武力夺位，快快地返回了姑孰。桓温回到姑孰又后悔了，他恨自己太过优柔寡断，每到关键时刻总是畏缩不前，在灞上，长安就在咫尺;在枋头，邺城也触手可及，都是因为不敢果断前进而功亏一篑。加上这次兴师动众挺进建康，只要横下心迈进一步，也就成功了，绝对没有王敦的结局。

可桓温终究还是与王敦殊途同归，自己在内心的煎熬、纠结中倒下了。患病期间，他迫不及待地要朝廷给他加九锡之礼，并不断派人催促。谢安、王坦之等人见桓温病重，让著名文学家袁宏起草诏令，完了交给王彪之审阅。王彪之说∶"你的文笔也太好了，作为文章留存于世还行，可作为公文又太过华丽，不行!"谢安就拿过来修改，尽量拖延，反反复复始终没有定稿。用王彪之的话说∶"桓温的身体一天不如一天，挺不了多久，九锡之诏，能拖就拖。"拖到七月，桓温就病死了，终年62 岁，九锡诏书也就此了事。司马曜继位之初的危机期总算有惊无险地渡过了。

桓温死了，东晋门阀政治的格局还得延续。尚书令王述于太和二年（367年）八月去世后，尚书令一职一直空着，司马昱以丞相身份登基后，以王彪之为尚书仆射，谢安为侍中、吏部尚书、中领军，由于司马昱临终时，桓温曾上书建议由谢安辅政，因此谢安在朝中占据着相当重要的地位。

桓温生前的职务为使持节、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、大司马、扬州牧、平北将军、徐兖二州刺史;桓温三弟桓豁为右将军、都督荆梁雍州军事、领南蛮校尉、荆州刺史、假节，桓温幼弟桓冲为振威将军、监江州、荆州、豫州三州六郡诸军事，南中郎将，假节，江州刺史，领镇蛮护军，西阳、谯郡二郡太守。桓氏实际控制了扬、徐、兖、荆、江、豫六个州（梁、益二州已被秦前夺取），再加上桓温的子侄辈也有很多人担任太守一级的官职。桓温有六个儿子∶桓熙、桓济、桓歆、桓祎、桓伟和桓玄，桓熙、桓济因为在与小叔桓冲发生利益冲突被废;桓歆被封为临贺郡公;桓祎患有痴呆症;桓伟后来也做到荆州刺史;5岁的桓玄继承桓温的事业，袭封为南郡公。桓温二弟桓云已死，儿子桓序为宣城内史。桓温三弟桓豁有20多个儿子，记录在案的有宁远将军、南顿太守桓虔，鹰扬将军、竟陵太守桓石秀，谢安的参军桓石民。桓温的四弟桓秘跟侄儿一道被废。桓温幼弟桓冲又有7个儿子∶桓嗣、桓谦、桓修、桓崇、桓弘、桓羡和桓怡、此时也在军中任职，担任中低级军官。因此，桓温虽然不在了，可桓氏家族还掌握着东晋核心区域的军政大权。