本案是一起典型的劳动争议案件，原告曾某主张其与被告森德公司在1997年3月1日至2000年4月30日期间存在劳动关系，并要求法院予以确认。被告则否认双方存在劳动关系，并辩称原告的仲裁申请已超过仲裁时效。

我所律师为原告方代理人，本案的核心争议焦点在于原被告之间是否存在事实劳动关系，以及原告的诉讼请求是否受仲裁时效的限制。我所律师通过和委托人详细沟通后，第一时间理清案件思路，整理好有效证据并提交法院，最终为委托人达成诉求。

北京市通州区人民法院经审理后，根据双方提供的证据，包括双方来往信件、微信聊天记录、工作证明等证据。法院认为，这些证据相互印证，形成了完整的证据链，足以证明劳动关系的存在。最终支持了原告的诉讼请求，确认双方在1997年3月1日至2000年4月30日期间存在劳动关系。而被告未能提供任何反驳证据，因此承担了举证不能的法律后果。

仲裁时效的适用问题被告辩称原告的仲裁申请已超过仲裁时效，但法院认为本案属于确认之诉，即确认劳动关系的存在与否，不涉及具体的给付请求（如工资、补偿金等），因此不适用《劳动争议调解仲裁法》中关于仲裁时效的规定。这一认定符合司法实践中对确认之诉与给付之诉的区分原则。

法律依据：

根据《劳动合同法》及相关司法解释，事实劳动关系的认定主要依据以下因素：

双方是否存在管理与被管理的关系；

劳动者是否提供劳动并接受报酬；

用人单位是否为劳动者缴纳社会保险或代扣个人所得税。

本案中，原告提供的证据涵盖了上述全部要素，尤其是个人所得税缴纳记录和《工作证明》，直接证明了劳动关系的存在。在劳动争议案件中，劳动者通常对劳动关系的基本事实承担初步举证责任，而用人单位若否认劳动关系，则需提供反证。本案中，原告完成了初步举证，而被告未能提供任何有效反驳证据，因此法院依据《民事诉讼法》第六十四条第一款的规定，认定被告举证不能。法院明确区分了确认之诉与给付之诉的性质。确认之诉旨在确认法律关系的状态，不直接涉及财产给付，因此不受仲裁时效的限制。这一观点对类似案件具有重要参考价值，尤其是涉及历史劳动关系的确认问题时。

总结：

本案通过完整证据链的认定和时效问题的厘清，为类似劳动争议提供了清晰的裁判思路。对于劳动者而言，保留关键证据是维权的基础；对于用人单位而言，规范用工管理是防范风险的根本。法院的判决既保护了劳动者的合法权益，也体现了法律对事实和证据的尊重。

建议：

用人单位规范用工管理，应完善劳动合同签订、离职证明开具等流程，避免因管理疏漏导致法律风险。对于历史劳动关系，用人单位应妥善保管相关档案，包括工资支付记录、社保缴纳凭证等，以便在争议中有效举证。