1689年，奥兰治的威廉三世成为英国国王。但是联省共和国很快意识到两个王国之间的利益存在分歧。威廉三世对同时管理英国与自己领导的反路易十四联盟感到吃力，因此他逐渐将管理联省共和国的权力移交给大议长安东尼·海因斯（Anthonie Heinsius）。1702年威廉三世逝世后（未留下后代），联省共和国拒绝任命他的侄子为新一任执政者。因此共和国迎来无执政时期，这种情况一直持续到1747年。虽然如此，大议长海因斯在1720年去世前仍发挥极其重要的作用，他继续推行反法政策，并努力调和共和派与支持奥兰治家族派之间的矛盾。

在整个17世纪，弗兰德地区以南的西属尼德兰与北方的联省共和国形成对峙局面。弗兰德、阿尔图瓦、海宁、那慕尔、布拉班特、安特卫普、卢森堡、梅赫伦以及林堡等地区的总督们常年在布鲁塞尔召开会议。1609年，西班牙与联省共和国签订的《十二年休战协议》（La trêve de Douze Ans）实现最终的分治。1621年，自1598年以来一直在阿尔伯特大公与伊莎贝尔·克拉拉·欧亨妮亚（Isabelle Claire Eugenie）独立统治下的尼德兰南部地区恢复了西班牙的统治。在随后的几十年里，这些地区饱受三十年战争的摧残。

根据1648年签订的《威斯特伐利亚和约》，西班牙承认联省共和国的独立地位。西班牙君主不再抱有像16世纪那样统治完整尼德兰王国的企图。这意味着西属尼德兰将卷入17世纪下半叶法国与联省共和国的战争中，这场战争最终以《奈梅亨条约》的签署而迎来结局。法国的军事扩张主义使得联省共和国丧失许多领土，例如1684年至1697年期间被占据的卢森堡。

在西班牙国王查理二世（卡洛斯二世）去世后（西班牙哈布斯堡王朝绝嗣，王位空缺），法国对于西班牙王位的觊觎才使得法国军队暂缓对联省共和国的进攻。而选择路易十四的孙子安茹公爵费利佩（Philippe d'Anjou）作为王位继承人的决定引发西班牙王位继承战争。

法国人对查理二世死后留下的西班牙王位的要求，阻止了他们在北方的攻势。选择费利佩作为西班牙国王的决定引发西班牙继承战争。虽然有法国的支援，西属尼德兰在抵抗后仍被“海牙大同盟” （La Grande Alliance de La Haye）军队侵占。根据1713年签署的《乌得勒支条约》（Le traité d'Utrecht）和1714年签署的《拉什塔特条约》（Le traité de Rastatt），西班牙在尼德兰的所有领地与财产均归属奥地利皇帝查理六世（Charles Ⅵ d'Autriche），它们将继续掌握在哈布斯堡家族手中；与此同时，波旁家族在西班牙的统治也拉开序幕。经过两个世纪的密切联系，由弗兰德查尔斯亲王（Charles de Flandres）于1516年登上西班牙王位而形成的政治纽带终被切断，西班牙哈布斯堡王朝的统治彻底结束。

1672年，路易十四的军队入侵联省共和国，并在该地区发动一场新的战争。这推动了几年前似乎不可能出现的联盟的形成：信奉新教的联省共和国与信奉天主教的西班牙结盟（此前联省共和国已从西班牙统治下独立），神圣罗马帝国也加入这一联盟。而法国则与英国、瑞典和一些德意志诸侯国结盟。法国与联省共和国签订的和平条约主要有利于法国与荷兰省。1678年8月，法国决定向联省共和国归还马斯特里赫特和奥兰治公国，而联省则将多巴哥岛割让给法国。同年9月，法国与西班牙签署的协议使其获得弗朗什·孔泰以及弗拉芒地区的飞地，例如，卡塞尔和伊普尔。西班牙则收复了被路易十四占领的沙勒罗瓦和科特雷等城市。最终在1679年2月，法国、瑞典与神圣罗马帝国签署和平条约。利奥波德一世不得不将弗赖堡城割让给路易十四，并承认法国对洛林地区拥有主权。