南京国民政府时期设立的蒙藏委员会沿袭于清朝的理藩院（部），承接于民国北京政府的蒙藏工作处、蒙藏事务局和蒙藏院，是南京国民政府时期中央政府专门主管蒙藏等边疆少数民族地区事务的最高行政机构。

南京国民政府在统一全国的过程中也加快了对蒙藏等边疆少数民族事务处理和管理的步伐。1928年1月，经国民党中央候补执行委员、原内蒙古人民革命党主要领导人白云梯的提议，国民党中央又经多次会议讨论，最终决定成立蒙藏委员会。3月21日，国民党中央政治会议通过了《国民政府蒙藏委员会组织法》，送交国民政府公布于众。6月，南京国民政府指定白云梯负责组织蒙藏委员会筹备处，接管北京政府蒙藏院的一切事宜，着手组建蒙藏委员会。12月，南京国民政府又将蒙藏委员会改为委员长制，任命阎锡山为蒙藏委员会委员长。1929年1月5日，阎锡山宣誓就职。2月1日，蒙藏委员会举行成立典礼并启用印信开始办公。

蒙藏委员会隶属行政院，地位与各部、委相同，内设总务处、蒙事处、藏事处等三个处。总务处负责掌理文书及庶务等事项，蒙事处和藏事处分别掌理蒙古事务和西藏事务。还设有常务委员办公室、秘书室、参事室、专门委员室、编译室、调查室及书记室等。此外还设有提案委员会、设计委员会、边事研究会、蒙藏文研究会、编译委员会、蒙藏教育委员会、学术研究会及职员训练部等多个非建制机构。蒙藏委员会下直属或监管指导的机构还有驻北平办事处、驻藏办事处、北平蒙藏学校、蒙藏政治训练班、蒙藏月刊社、蒙古各盟旗联合驻京办事处、蒙旗宣化使公署、西康通讯处等，以及后来成立的蒙古地方自治政务委员会、绥远省境内蒙古各盟旗地方自治政务委员会、察哈尔省境内蒙古各盟旗群地方自治政务委员会等。

在职能和权限方面，蒙藏委员会与北京政府时期的蒙藏院基本相同，蒙藏委员会主要负责处理“关于蒙古、西藏之行政事项”及“关于蒙古、西藏之各种兴革事项”。1933年，为解决蒙藏委员会在具体行使职权时常会与其他主管机关和地方各省政府发生权限不清、职责不明的问题，蒙藏委员会和内政部商定了《蒙藏委员会与内政部汇办案件之标准》，规定在处理边疆事务时，双方职权交叉时应相互商议办理。这一标准对蒙藏委员会和内政部的职权进行了初步划定。不久，南京国民政府行政院又通过《中央及地方主管机关对于处理蒙古盟旗事项权限划分办法》，其中规定，蒙藏委员会除掌理关于蒙古行政及各种兴革事项外，蒙古各盟旗设官、奖惩、铨恤、军政、司法、宗教等事项，亦均系蒙藏委员会掌管。由此可以看出，蒙藏委员会是南京国民政府掌管蒙藏等边疆少数民族事务的主管部门。事实上，除经办一般有关蒙藏事务外，蒙藏委员会的职权及作用还表现在对蒙藏地方政教上层的联系和监督方面，尤其是在各旗扎萨克的任免、承继及盟旗内部纠纷等方面具有决定权。另外，蒙藏委员会还有向国民政府各部门及国民党中央提供有关蒙藏事务问题上的咨询和建议的职责。

蒙藏委员会组建之后，为更好地推进蒙藏等边疆少数民族地区的工作，曾制定《蒙藏委员会施政纲领》作为南京国民政府开展蒙藏具体工作的指导性文件。这一施政纲领反映了当时南京国民政府维护中央政府对蒙藏等边疆少数民族地区的主权，以及加强对蒙藏地区行政管理的愿望和决心。

为切实了解蒙藏等边疆少数民族地区情况，蒙藏委员会先后向内蒙古、西藏等地区派出了大量的调查组进行实地调查走访，并通过下设的研究机构，对调研所收集的情况资料进行研究，为中央政府的蒙藏政策及施政提供资讯和依据。

为加强对边疆少数民族政教等多方面事务的管理，南京国民政府蒙藏委员会成立后，还拟定并实施了一系列关于处理蒙藏事务的法规、条例，并编有《蒙藏委员会法规汇编》。这些法规、条例的制定，使蒙藏委员会对蒙藏等边疆少数民族地区的工作日渐规范化，为恢复和健全中央政府对边疆少数民族地区的行政管理提供了法律上的依据，也使得之后在处理和解决蒙藏等边疆少数民族地区相关问题时提供了相应的参考，有例可依、有章可循。其中颁布的《蒙古盟部旗组织法》，以法律的形式明确了内蒙古各盟（部）旗制度不变，给予内蒙古各盟（部）旗一定的自治权利。正是由于这部法律的颁布，使得“盟”在法律上取得了与“省”平级的地位。

蒙藏委员会自成立起，就对蒙藏等边疆少数民族地区的教育十分重视。提倡在内蒙古等边疆少数民族地区兴办学堂，并创办各类学校及培训班，先后设立了“国立北平蒙藏学校”“国立南京蒙藏学校”以及“蒙藏委员会蒙藏政治训练班”等，多层次培养边疆地区人才。这些教育措施的实施，在开发民智、传播新思想、促进蒙藏民族与汉族间的相互理解和交流等方面都起到了积极作用，并为以后边疆少数民族地区现代教育的发展奠定了基础。

蒙藏委员会具有较为完备的组织体系和较为明确的权责职掌，随着国内局势的复杂变化，以及南京国民政府对国内民族及民族问题认识的日益深化，蒙藏委员会虽然曾面临过诸多的改制呼声，《蒙藏委员会组织法》也曾历经数次修正实施，但是在南京国民政府统治全国的二十多年时间里，蒙藏委员会一直作为南京国民政府管理蒙藏等边疆民族事务的最高行政机构而存在。

南京国民政府本质上代表的是大地主大资产阶级的利益，使得蒙藏委员会的施政纲领和措施在具体实施过程中不可避免地具有一定的局限性；再加上国民政府正忙于在政治上统一全国，随后又与日本帝国主义进行了长达十四年的艰苦斗争，东蒙地区沦陷后，施政纲领无法彻底有效地施行，以致边疆建设成果也十分有限。

抗日战争爆发后，蒙藏委员会随国民政府辗转迁徙，抵达重庆。1945年抗日战争结束后，蒙藏委员会随国民政府移回南京。1949年夏，中华民国政府在第二次国共内战中不断退败。1949年蒙藏委员会迁往台北。，2017年9月15日裁撤。