同治五年（1866年），此时的甘陕大地已经浸泡在血腥战火中的第4个年头，八旗悍将多隆阿将军和湘军名将杨岳斌两任统帅或战死（多隆阿阵亡于周至前线），或被贬（杨岳斌因下属军士缺少军饷哗变而被撤职），与此同时，原本活跃在中原地区的捻军因为清军的打击，也向甘陕运动，这给本就雪上加霜的甘陕战场带来了更大的危机，甘陕局势已然到了崩溃的边缘。

为尽快平定甘陕局势，打通通往新疆的通道（当时中亚浩罕国军阀阿古柏在英俄两国的策动下侵入新疆，天山南北一度沦陷），早日收复新疆。当时清廷的实际统治者慈禧太后力排众议，任命晚清四大名臣之一的左宗棠出任陕甘总督，全权节制甘陕各部清军，统筹指挥平定甘陕战乱事宜。

左宗棠针对甘陕叛军内部不和、叛军与捻军不和的现实情况，制定了先打捻军再打叛军，又“剿抚并举”得策略，集中优势兵力歼灭捻军主力，招抚叛军中最能打的董福祥部（董福祥当时麾下军士10余万，但与白彦虎、蓝明泰等叛军死硬分子不和，经常摩擦），并将董福祥所部改编为“董字三营”，董福祥摇身一变成为左宗棠平定甘陕的重要助手，后来还跟随左宗棠出关收复新疆。

在左宗棠的努力下，至同治八年（1869年）初，左宗棠已经肃清陕西境内的叛军，形势朝着对清军有利的方向发展。为应对左宗棠的威胁，当年二月，各路叛军云集董志塬（今甘肃庆阳），当时足足有18支叛军，号称“董志塬十八大营”，每营少则数千人，多则数万人，总兵力20余万，且都是经历过长年血战的老兵悍卒，战斗力异常彪悍，而且这些叛军手上都沾满了平民的鲜血，招抚他们是不可能的了。各路叛军还在董志塬召开军事会议，会议决定将董志塬十八大营整编为四大营, 分别由叛军中最能打白彦虎、崔伟、禹得彦、马正四位将领担任各营首领。

叛军云集董志塬的消息传到左宗棠帐中，左宗棠知道这是聚歼叛军主力的机会，但因为叛军的实力强大，左宗棠也深知这是一场血战，但为了天下安宁，这一仗必须打。于是，左宗棠调集重兵对董志塬发起总攻，左宗棠的部署是兵分两路、分进合击。左路主帅是彝兵悍将黄鼎，副将为川军悍将雷正绾由长武出击；右路主帅是湘军悍将马德顺，副将为楚军悍将李耀南由灵台出击。左宗棠居中策应，从左宗棠的配置也可以看出，攻打董志塬的各部清军皆是当时清军中最为骁勇之精锐部队。

按照左宗棠的预定计划，各路清军向董志塬展开攻击，因为清军普遍装备了从欧洲进口的火炮和洋枪，可谓抢精械利，清军相继攻破董志塬外围之太昌镇、萧金镇，董志镇等据点，歼灭叛军甚众。见清军攻势迅猛，叛军内部开始产生争执，有说坚持抵抗的，有说逃亡金积堡的。就在叛军内部争执不下的时候，叛军悍将白彦虎抢先出逃，白彦虎的出逃导致叛军士气大跌，纷纷出逃，一时间阵型大乱。清军趁机掩杀，叛军大败。左宗棠还让黄鼎全军抛弃辎重，追击叛军，黄鼎率部追杀叛军五十余里，斩杀叛军数千人，但是坠入深沟而死的叛军有数万之众。

董志塬之战，清军共计杀毙，饿毙叛军（再加上坠岩落涧而死者）10万余人，缴获骡马数以万计，救出难民万余人，俘虏叛军5000余人。不久后，清军收复庆阳，庆阳城因为被叛军祸害了7年之久，城内荒草成林，骨骸堆积，奇禽猛兽相聚为王，即便是久经沙场的左宗棠也被此情形震撼，盛怒之下的左宗棠下令将俘虏的5000余叛军全部斩首，以祭奠庆阳城内的无辜生灵。董志塬之战是左宗棠平定甘陕的转折点，经此一战，除白彦虎部外，叛军主力被全歼，甘陕局势彻底扭转。