明朝末期，朱氏皇室遭受到的首次灾难，是在一次农民的起义中，被一次又一次地残害。

到了明末，由于积怨已久的农人与地主的冲突，终于在天启七年发动了一场大叛乱，这场大叛乱终于终结了大明王朝，朱家人被残害殆尽，只剩下寥寥几人。不久之后，他们就面临着一次新的灾难。

那时，满族人在边陲地区兴风作浪，想要取代朱氏王朝，从而获得中原这块辽阔的土地。朱氏皇室幸存的成员，大多都是在这一次的战斗中，英勇就义。最后，在经历了两次惨烈的大灾变后，勉强存活下来的朱氏皇室，日子过得越发艰辛。

据史书所载，明朝末年和清初政权更迭时，有少部分皇室子弟，诸如：朱慈烺，朱慈炯，永王朱慈照，以及其他的一些崇祯皇室子弟，首先被李自成带领的农民的起义所擒，押往北京，等到满清占领北京之后，便在战火之中消失得无影无踪，从此便再也没有人知道他们的行踪，也没有人知道他们到底是生是死，所以才会造成这样的局面。

剩下的大明皇室成员，为了保全自己，也为了逃避清朝的处死，不得不改头换面，有的四处漂泊，有的躲进深山老林，过着举步维艰的日子。

比如，八大老祖就是宁藩的人，在大明覆灭之后，八大老祖就放弃了自己的姓，然后，他也跟着朱元璋一起，成为了一个僧人。劫后余生的朱耷，为表示自己没有忘记大明后裔的身份，暗中将明朝覆灭的日子做成一朵花，并将其印在自己的画卷上。

安昌失守，安昌郡王一脉逃到浙东，还想要再打一场。安昌郡王在舟山大败后，就被处死，从小跟着母亲逃跑的长子，为了逃避清朝的刺杀，两个人跑到杭州杭清宫出家，后来又跑到松江，在一座废弃的寺庙里生活。

只是因为他手里拿着安郡王的印章，所以，尼姑庵里的和尚将这件事情泄露出去，最后，安昌王的大儿子被朝廷抓了起来，尼姑庵里的和尚也因为这件事情而死去了几百个。

不过，也有一些皇亲国戚，为了保住自己的血脉，不得不臣服于满族的治理。

在抗战初期，曾有鲁王朱常淓效忠于清朝，但次年在北京被清朝处死，后人不知所踪。后来投降的，则是那些逃往台湾的，郑成功在击退了荷兰之后，便将台湾作为了自己的大本营，对那些想要投靠他的大明皇室成员进行了特殊的待遇。

在郑氏家族中，皇室成员都得到优待，数十年来，他们都在台湾安居乐业。

但到了康熙22年，施琅率领大军占领了台湾，郑氏王朝也就归顺了大清，于是，大明皇室也就跟着被抓了起来，成为了大清的附庸，。

据说，施琅一踏上台湾，就把皇室成员的家书和印章全部没收了。自从台湾被占领，满洲帝国就彻底统一了，因为局势稳定，所以康熙并没有对这些人赶尽杀绝，而是将这些人全部留了下来，以示自己的仁慈。

后来，清朝迫使这些人向内地迁移，先后在山东、河南等郡县定居下来。因此，这一支的皇族血脉就一直延续至今。

台湾沦陷后，宁靖王朱术桂再也不愿苟且偷生，便为国家献出了自己的生命。他膝下无后，只有一位七岁的益王儿子朱俨珍，被他收为义子。朱俨珍被清朝逼迫回国后，便定居于开封杞县，其子孙便以此为家。

据记载，明朝灭亡后，宁藩的一些皇族，依旧生活在江西，至今仍为江西朱氏的一个主要分支。

每一次的朝代交替，新的朝代，都会将老的皇室成员，全部处死，但却从来没有一个朝代，如满清一样，仗着自己的外姓身份，得不到汉族的承认，再加上心中有愧，对于前朝的皇室成员，极为忌惮，不断地对大明皇室成员展开了一场又一场的杀戮，对于凤阳朱氏来说，这种杀戮，甚至要远远超过了农民的起义的惨烈和恐怖。

一直到康熙年间，清朝政权认为自己的地位更稳固，局势才有所好转。康熙七年，康熙皇帝下令：明宗室中人，若有隐居深山老林，则可归故土，若有隐姓埋名，则可改其本名。康熙皇帝二次南下时，还到南京拜祭朱元璋的陵寝，并命人寻找明代子孙，以维持朱氏宗族的祭祀。

然而，由于清朝前期“大清洗”的残酷，此次访察未能取得什么成果。

康熙二年，皇帝正式遣人进入京城访察，寻得明朝皇亲国戚朱志琏，赐其为正白旗，赐其“一品侯爵”，主持明孝陵的春秋祭，自此，明朝皇亲国戚，成为满族子孙。至此，这些大明皇族子弟，终于从苟且偷生的状态中走出，回归到了正常的百姓之中。