某制药企业是生产很多类型的化学原料药，有十几个品种，而其在生产工艺过程、洗涤过程、其它辅助设备等，都会排放出相应的废水。按照它的企业类型分类，这些废水就归纳在“化学制药废水”当中，它是成分复杂、污染物含量较高、排放不定时、可生化性较差的废水，处理起来较为困难。
有多股盐分较为高的工艺废水，其中就有盐分浓度在140000-150000mg/L之间，COD浓度也能达到10000mg/L。这种情况之下，对二级处理的微生物是不太友好的，有机浓度高、含有难降解有机物以及大量盐分，三个因素都会造成处理效果不好，甚至这类废水治理是否妥善，关系到整个废水处理站的出水水质情况。
其它高浓度有机废水则是有一些毒性物质，可生化性很差，不针对此物质进行很好的预处理，对后续二级处理的压力就增加，对微生物产生毒性和抑制作用，不利于它们的“工作”。
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化学制药废水的处理很难离开高级氧化法高级氧化法主要适用于含难降解有机物废水的预处理，通过产生的羟基自由基，将废水当中的有机物进行降解，分解成二氧化碳、水等小分子物质。这种羟基自由基对很多的有机物是没有选择性，有很好的去除效果，根据羟基自由基产生的机理就分成多种方法：（类）Fenton氧化法、臭氧高级氧化法、电化学氧化法、湿式氧化法、光催化氧化法等。
预处理的使用合理就是化学制药废水处理的关键之一，对具有明显特殊性质的废水进行预处理：高盐、高COD废水，高浓度有机废水、高氨氮废水等。
经过预处理的化学制药废水就进入二级处理阶段，也就是我们所说的“生化处理”。
厌氧生物处理是处理高浓度有机废水的主要途径和手段厌氧生物处理是分成4个重要的环节：水解环节、发酵环节、产乙酸环节、产甲烷环节。可以通过这几个环节对化学制药废水当中的有机物进行降解，大分子污染物降解成小分子污染物，可生化性得到提高。
用于化学制药废水处理的厌氧工艺主要包括：上流式厌氧污泥床（UASB）、厌氧折流板反应器（ABR）、厌氧颗粒污泥膨胀床（EGSB）等。
一般这些厌氧反应器的COD去除率很高，该案例使用的是UASB反应器，COD去除率能达到80%以上，完成对有机物的去除任务，利于后续的好氧生物处理。
A/O工艺是常见去除氨氮的废水处理方式化学制药废水含有一定量的氨氮污染物，可以通过A/O工艺（缺氧+好氧的方式）完成对此类污染物的去除。
它的处理流程是废水进入A池（缺氧池），利用原废水中的有机物为碳源，通过硝化液回流，将O池中硝化反应产生的硝态氮转移到A池进行反硝化反应，硝态氮中氧作为电子受体，供给反硝化菌的呼吸作用和生命活动，并完成脱氮工序。
后续的化学制药废水就交给深度处理阶段，完成剩下的污染物去除，达到排放标准。
