从开皇十七年（597年）开始，隋朝内外形势开始紧张起来，外有突厥战争，内有南方叛乱。但与开皇初年不同的是，除了内外出现敌对势力，朝廷内部也开始出现问题，不仅君臣之间出现裂痕，皇族内部也是猜忌徒生，所以打败突厥并没能让隋朝精神上有多少振奋劲儿。相反，每次用兵之后带来的是政治清洗，朝廷高层危机四伏，所有人没有真正的安全感，造成这种局面的主要原因就在于杨坚晚年的个人专制和权力欲望的无限膨胀。

例如御史在每月第一天的朝会时，如果没有弹劾武官衣剑不齐的就会被斩杀，对于这种残忍的做法，时任谏议大夫毛思祖看不过去，便上疏劝谏杨坚，结果也被斩杀。在杨坚看来，衣剑不整意味着是对皇权的蔑视，而不弹劾则被视为包庇，所以应该治罪。其实质是为了制造出对皇权诚惶诚恐的敬畏，因此恐怖的刑罚成了立威的手段。又如将作寺丞以课麦秆迟晚、武库令以署庭荒芜、地方官因收受朝廷使者故意送给的马鞭、鹦鹉等，他们都在杨坚的监督之下被处斩。

更让人毛骨悚然的是，亲卫大都督屈突通被派往陇西清点牧群，检查出被藏匿的两万匹马。杨坚得到奏报后，竟然下令处斩太仆卿以及众多监官一千五百人，幸好屈突通拼死进谏，这些人才被减罪免死。显然，查出隐藏的马匹只是杨坚的借口，实质上是他已经不再信任这些人，总认为下属有意欺瞒他，甚至结党营私、图谋不轨。越是处于高位的人，越处于被猜忌的危险中，其结果必然是忠诚削弱奸佞兴起。

但是那些忠正的人无论如何也不会想到，即使是退却也会被杨坚盯上。虞庆则的经历就是最好的证明。

开皇十七年（597年）桂州的李世贤起兵造反，当时很多将领请求领兵前往平叛，杨坚都没有答应，而是钦点宰相班子成员虞庆则领兵出征，这等于是将一件不合适的任务交给了他。虞庆则当时就意识到，虽然自己很久以来小心翼翼远离权力中心，但还是被杨坚盯上，而他不知道的是，被盯上的原因实在有些不足挂齿。

事情的起因是虞庆则任用小舅子赵什柱担任大将军府长史，让他想不到的是，赵什柱竟然与自己的爱妾勾搭，两个人既想经常在一起，又担心事情败露，情急之下生出歹心，赵什柱四处散布虞庆则的谣言，而那个时候虞庆则还被蒙在鼓里。

按照往常的惯例，朝廷大臣领兵出征，皇帝杨坚是要设宴送行的，可是这次杨坚听说了虞庆则的传言，说他背地里表达了不愿意领军平叛的意愿，所以杨坚面对虞庆则的告别，没有表现出热心，反而是冷面对待，虞庆则很尴尬，心情十分沉重。

等到平叛回来时，虞庆则路过潭州临桂镇时，眺望山川形势时，军人气质习惯性地流露出来，对周围的人说这里是险要所在，如果准备充足的粮食，再加上一员善战的将领驻守，谁也攻不破这里。其实虞庆则的本意是针对平叛事宜而言的，但站在一旁的赵什柱听到了，回到长安后他立即密告杨坚，说虞庆则有谋反的企图。

杨坚派人调查后罪名成立，虞庆则最终遭到诛杀，而赵什柱却因功受赏，加封为柱国。

表面看起来，这件事似乎都是赵什柱的原因，但根源在杨坚，是杨坚晚年猜忌心理加重和专制思想加深的必然产物。这个事件并不是结束，而只是杨坚晚年开始政治清洗的一个信号。

转年，杨坚的另一位大功臣，时任上柱国、夏州总管的任城郡公王景又被治罪诛杀，具体的罪名是什么谁也不知道。大臣人心惶惶，上柱国王世积看到杨坚猜忌日甚，很多大臣都获罪，于是干脆将自己隐藏起来，每天酗酒不谈政事。

可是王世积的威望太盛，他这样的人越是躲避越容易招来祸患。当时王世积的亲信皇甫孝谐犯罪，为了逃避追捕前来投奔，王世积不敢私藏罪犯，结果皇甫孝谐被捉拿，并发配桂州，在总管令狐熙手下服役。令狐熙是有名的清官，以执法严明著称，所以皇甫孝谐的日子过得相当辛苦。为了摆脱困境，他利用杨坚猜忌大臣的机会，上告王世积曾经请人看过相，有谋反的企图。状子递上去后，杨坚立即征召王世积入朝，交给有关部门进行审查。不久审查出来，王世积谋反罪名成立，而且还牵连出左卫大将军元旻、右卫大将军元胄、左仆射高颍等人，开皇十九年（599年）王世积被诛杀，而这起案子牵连出这么多开国元勋，尤其是杨坚的中流砥柱高颊，可见这个事件并不简单。

虞庆则和王世积都是靠高颎提携上来的，他们的罪状其实都是编造出来的，其真正的目标是高颎，尤其是审查王世积时，搜罗出来的器物，都说是来自高颎的赏赐。当时上柱国贺若弼、吴州总管宇文救、刑部尚书薛胄、民部尚书斛律孝卿、兵部尚书柳述等一大批朝臣站出来，证明高颎无罪。但是据史料记载，杨坚就是想让高颎有罪，所以将这些站出来的大臣全都交给刑部审讯，于是，再也没有人敢站出来说话。高颎就这样被牵连进虞庆则的案件，最终被撤职。

不久，杨坚夫妇到秦王府，又召高颎陪侍宴席，席间杨坚对高颊大为赞叹，说自己能够当上皇帝，高颎有一多半的功劳，搞得高颎很是尴尬。

高颎被废除了权力，标志着隋朝对朝臣的政治迫害达到了一个高潮。由高颎倒台被牵连进去的人又有一大批，例如柱国李彻因为和高颎有交情而不被任用，高颎倒台后难免会说些怨言，但是他这边话音刚落，就已经传进了杨坚的耳朵里。为此杨坚召他进宫，在自己卧内设宴款待他，李彻受宠若惊，没想到杨坚赐给他的酒中有毒，结果被毒杀。转年另一位有着赫赫战功的大臣贺若弼也被治罪，杨坚给出的理由是，贺若弼有"三太猛"∶忌妒心太猛、非人心太猛、无上心太猛，而且还斥责贺若弼在平陈后屡次向高颎索要官职。其实，杨坚就是认为这些功臣在自己身边太危险，所以要加以清除，正所谓∶欲加之罪，何患无辞。

杨坚当然也明白，在朝廷内要彻底消除高颊的影响，除了将其排斥之外，还要找到合适的人代替。于是杨坚就选中了很有威望的杨素，原因在于杨素是个让人望而生畏的主儿，利用他来为杨坚清除异己是再好不过的人选。需要说明的是，杨素参与进杨坚的政治清洗运动中，使得开皇末年的政治清洗就带有了派系斗争的色彩，杨素就利用这个机会公报私仇。

例如，杨素与鸿胪少卿陈延有矛盾，就向杨坚报告外藩客馆中有马粪，是主管官员陈延工作不尽责所致。于是，杨坚盛怒之下将相关的人全部杖杀，陈延也差点被打死。

在杨素当政期间，政治清洗案件最为典型的当属史万岁案件。杨素是深深忌妒史万岁的，他向杨坚报告时有意掩盖史万岁的功绩。史万岁当然不服，便上疏争辩，但那个时候杨坚在仁寿宫正为立储之事所牵绊，所以对这个事情没有足够重视，这就引起了史万岁的极大不满，当时很多人替史万岁上疏鸣不平。

等到杨坚处理完废立储君事宜回到京城长安后，他想找史万岁问个究竟，于是向杨素询问史万岁在何处。史万岁当时就在朝堂，但杨素却故意撒谎说史万岁在东宫，目的就是激怒杨坚。杨坚听完后果然不悦，传史万岁前来觐见。史万岁并不知情，对跟随自己的将士说，自己去见皇帝会尽力为他们争取公正待遇，说完后他昂首阔步走进朝堂，见到杨坚后极力向杨坚诉说，但他并不知道杨坚心里已经对他有所怨恨。史万岁的说辞不仅没能打动杨坚，反而是火上浇油，杨坚越听越烦躁，竟然下令当堂廷仗史万岁，一代名将最终被活活打死。更令人发指的是，史万岁死后杨坚干脆将错就错，依据杨素所言，历数史万岁的十大罪状。

从史万岁案件可以看出，在集权专制的社会里，党同伐异是毫无原则可言的，个人或派系利益凌驾于国家利益之上，权欲熏心让政治斗争变得格外残酷，尤其在杨坚将所有权力都集中于皇族或弘农杨家手中之后，朝廷内部的政治斗争愈演愈烈，最终演变成家族纷争的形式，终于上演了杨坚晚年最为悲情的一幕。