中亚地区位于欧亚腹心，多种文化信仰在此交汇碰撞，游牧民族的萨满教、中原王朝的儒教、印度的佛教、波斯的拜火教与摩尼教、欧洲的景教（基督教聂斯托利派）都曾在此立足，但最后却是最晚产生的伊斯兰教后来居上，牢牢的占据中亚直到今天。
在伊斯兰教渗透中亚的过程中，中原儒教曾是伊斯兰教的强劲对手，唐朝安西都护与治下的羁縻府州游牧民族军队多次挫败阿拉伯军队东进，但在安史之乱爆发后，唐朝被迫放弃西域。失去唐朝统合的游牧民族各自为战，萨满教无力抵御伊斯兰教东侵。波斯与东罗马帝国都是阿拉伯帝国的手下败将，拜火教、摩尼教与景教在中亚地区根基不深，也无力抗衡伊斯兰教。与伊斯兰教进入最后较量的是佛教。
唐朝疆域
在唐朝退出中亚后，代表佛教出战的首先是吐蕃。吐蕃与佛教的发源地尼泊尔毗邻，在吐蕃统一西藏高原之前，佛教就已传入。只不过吐蕃本地的苯教势力强大，佛教一直受到压制。松赞干布时期，同时娶了尼泊尔的尺尊公主和唐朝的文成公主，两位公主带来的嫁妆中，都有佛经和释迦牟尼等身佛像。松赞干布为了抑制苯教贵族势力，对佛教持支持态度，佛教得以从尼泊尔与中原两个方向进入吐蕃，最终击败苯教，成为了吐蕃国教。
在唐朝掌控西域时期，吐蕃曾与阿拉伯帝国联合抗衡唐朝。715年，吐蕃与阿拉伯帝联手赶走了亲唐的拔汗那国王遏波之，扶持了自己的傀儡阿了达。两年后，双方又合兵对疏勒镇发动进攻。唐军撤出西域后，吐蕃势力扩张，不断进攻唐朝，763年一度攻破长安。为了制衡吐蕃，唐朝制订了北联回纥、南抚南诏，西结大食的政策。
唐末藩镇
785，唐德宗派遣宦官杨良瑶出使黑衣大食(阿拉伯帝国阿拔斯王朝)，杨良瑶自广州出海，横渡印度洋抵达黑衣大食首都巴格达，成功完成外交使命后返回。据《旧唐书》载：贞元二年（公元786年）与吐蕃为劲敌，蕃兵大半西御大食，故鲜为患。可见杨良瑶此次出使确实起到了巨大作用，但吐蕃与阿拉伯帝国究竟发生了哪些战争，史书不详。
当时除了吐蕃与阿拉伯帝国，葛逻禄、回纥、黠戛斯等部也在中亚竞相角逐。吐蕃与阿拉伯帝国并没有能力像唐朝一样统御各部，因而双方对中亚的争夺形势更为复杂多变。而且此时双方都处于衰落期，841年吐蕃第42任赞普朗达玛即位，朗达玛原名达玛，因为他反对佛教，佛教徒说他是牛魔王下界，因此在他的名字前面加一个“牛”字，就成了朗达玛。朗达玛虽只在位一年，但他对佛教的血腥镇压造成的动乱却让吐蕃陷入分裂之中，再未完成统一。此后佛教在青藏高原深深扎下根来，但势力仅限于高原地区，再未能对中亚产生影响。替代吐蕃抵抗伊斯兰教的是回纥。
回纥的源流可以追溯到春秋时期的赤狄，汉魏时期被称为丁零，南北朝时又改称敕勒、铁勒、高车，先后被匈奴、鲜卑、柔然、突厥统治。隋朝时期，铁勒不堪再忍受突厥的残酷压迫，由韦纥、仆骨、同罗、拔野古、覆罗等各部组成的反突厥部落联盟随即诞生，它的总称是回纥。629年，唐太宗征伐东突厥，回纥与唐朝联兵攻打东突厥。铁勒诸部中，以薛延陀部实力最强。在灭东突厥之战中，薛延陀亦派兵协助唐军。战后，唐太宗册封薛延陀首领夷男为“真珠毗伽可汗”，让其统御漠北诸部。夷南自恃强盛，多次挑战唐朝的权威。645年，唐朝派李勣征讨，薛延陀战败，其首领拔灼（夷男长子）逃往西突厥，为回纥所杀。
唐灭薛延陀之战
回纥两次站队唐朝收到了丰厚回报，唐太宗下令在回纥地盘上建立了瀚海都督府，任命回纥首领吐迷度为怀化大将军兼瀚海都督。吐迷度为表忠心，派使者缅伯高不远千里给唐朝进贡稀有的天鹅。在沔（miǎn）阳湖小憩时，缅伯高稍一大意，天鹅便脱手振翅而去，只留下一片鹅毛。万般无奈之下，缅伯高只得将鹅毛敬献给唐太宗，并附诗自责：“天鹅贡唐朝，沔阳湖失宝；礼轻情义在，千里送鹅毛。”唐太宗见到鹅毛和附诗，非但没有责怪缅伯高，反而嘉奖了缅伯高的赤诚之心。“千里送鹅毛，礼轻情意重。”由此传为中华民族交往史上的一段佳话。
唐高宗时征讨西突厥阿史那贺鲁，唐玄宗时灭后突厥，回纥都积极派兵配合，打下的突厥地盘唐军无法长期驻扎，都划到了回纥治下。唐玄宗天宝三年（744年），回纥首领骨力裴罗自称“骨咄禄毗伽阙可汗”，南迁突厥故地，建牙帐于今鄂尔浑河之间。次年，骨力裴罗攻杀了后突厥最后一位君主白眉可汗，将其首级砍下送往长安。作为嘉奖，唐玄宗封骨力裴罗为“奉义王”、“怀仁可汗”，回纥汗国由此建立。
回纥建国十一年后，唐朝安史之乱爆发，仅半年时间，洛阳、长安相继沦陷，唐玄宗狼狈逃往蜀地，太子李亨北上灵武即位，是为唐肃宗。此时唐朝东南大半疆土沦丧，税赋锐减，财政紧张，又承平日久，急缺善战之兵。为了镇压叛军，唐朝只得向回纥搬救兵，作为回报，肃宗破天荒的将亲生女儿宁国公主嫁与回纥默延啜可汗，并许诺攻破长安、洛阳后，城内财物子女任由回纥士兵夺取。回纥当即挥师入援，在平乱过程中起到了重要作用。
安史之乱平定后，外有吐蕃寇边，内有藩镇作乱，唐朝依旧有求于回纥，唐德宗时嫁女咸安公主、唐穆宗时嫁妹妹太和公主往回纥。在此之前，中原王朝只会将宗室公主嫁于周边藩国。回纥不仅打破了旧例，还一下娶了三位真公主，足可见回纥在此时期的强盛。然而水满则溢、月盈则亏，巅峰过后，回纥很快就走向了下坡路。
回鹘汗国
788年，回纥第四任可汗合骨咄禄毗伽可汗向唐德宗求娶了咸安公主为可敦（王后），并上书请改国号为回鹘，取意自“回旋轻捷如鹘”。然而改名后的回鹘并没有继续展翅高飞，而是陷于内乱之中。合骨咄禄毗伽可汗在改国号一年后去世，其子忠贞可汗在位仅一年就被弟弟毒死，忠贞可汗的幼子阿啜被拥立为为新可汗，即奉诚可汗。朝政大权落入宰相夹跌氏族的骨咄禄的手中。
795年，奉诚可汗去世。骨咄禄自立为王可汗，自建国以来就统治回鹘的药罗葛氏至此没落，此例一开，其他氏族也竞相角逐汗位，回鹘的内乱一发不可收。840年，因内奸带路，回鹘被黠戛斯所灭。在黠戛斯之后，统治北方大漠草原的是契丹。回鹘人再也未能重振雄风，部分南下融入汉朝，部分西迁中亚。
回纥早期与其他游牧民族一样信仰萨满教，崇拜狼图腾，可汗的旗帜与衣服上都有狼头图案。但其他宗教在早期回纥中也有体现，比如回纥的第二任俟斤（首领）名为菩萨，可以清楚的看到佛教的印记。762年，回纥第三任可汗牟羽可汗在洛阳受西胡摩尼法师教化，改信摩尼教。在他的带领下，回纥人又普遍信奉摩尼教。
回鹘覆灭后，西迁的部族分为三支：一支迁往河西走廊，被称为“河西回鹘”或“甘州回鹘”。宋仁宗赵祯天圣六年（1028），河西回鹘被西夏吞并，部分逃到今青海的唃厮罗，与当地的吐蕃人杂处，被称为“黄头回鹘”，即今裕固族的祖先。一支越过天山南下吐鲁番盆地，攻克了吐蕃的西州、北庭，被称为“西州回鹘”或“高昌回鹘”；一支远迁到葱岭西部的楚河一带，被称为“葱岭西回鹘”，后来取代了葛逻禄，建立了喀喇汗王朝（喀喇，突厥语意为伟大、强大、最高，而它的原意是黑色。因此，喀喇汗朝又被称为“黑汗王朝”。）。高昌回鹘与葱岭西回鹘在到达中亚后，都由摩尼教改信佛教。
回鹘西迁
在吐蕃衰落到回鹘西迁的这段时间，阿拉伯帝国内部也发生了激烈动荡。822年，波斯和东方行省总督、波斯人塔希尔在呼罗珊割据自立，建立了塔希尔王朝，为阿拔斯王朝时地方势力割据王朝之始。在此之后，阿拉伯帝国势力再未能进军中亚，传播伊斯兰教的任务由波斯人接力。872年，塔希尔王朝灭亡，波斯王室后裔纳斯尔·伊本·艾哈迈德在河中地区建立萨曼王朝，定都布哈拉。
萨曼王朝虽是波斯人建立，但此时的波斯人早已放弃了拜火教与摩尼教，成为了伊斯兰教的忠实信徒。在皈依者狂热和现实利益的推动下，萨曼王朝也像当初的阿拉伯人一样打着圣战的旗号四处扩张，不断进犯信奉佛教的喀喇汗王朝。喀喇汗王朝在第一任可汗毗伽阙·卡迪尔汗死后，两个儿子分别继位：老大巴泽尔驻八拉沙兖，自称阿斯兰汗（意为狮子汗），为大汗；老二奥古尔恰克驻怛罗斯，自称布格拉汗（意为公驼汗），为副汗。副汗的领地紧邻萨曼王朝，最新遭到攻击。由于两汗并立，喀喇汗王朝无法集中力量迎战，导致战事失利。893年，副都怛罗斯被攻陷，副汗奥古尔恰克被迫迁往喀什噶尔。
萨曼王朝
不久之后，萨曼王朝发生内讧，争夺王位失败的纳斯尔王子逃到了喀什噶尔，并向奥古尔恰克寻求庇护。奥古尔恰克接受了纳斯尔的政治避难，并任命他为阿图什地区的行政长官。意图以此为切入点，瓦解萨曼王朝的攻势。不料，纳斯尔借机在喀喇汗王朝传播伊斯兰教，在新疆地区建立了第一座清真寺—阿图什清真寺，并把奥古尔恰克的侄子萨克图·布格拉秘密发展为穆斯林。
萨克图是大汗巴泽尔次子，巴泽尔死后，其母改嫁奥古尔恰克，萨克图便跟随母亲一起到叔叔处生活。萨克图皈依伊斯兰教后，秘密发展教徒，并模仿萨曼王朝古拉姆近卫军的模式，组建了一支穆斯林近卫军。915年（一说910年），在国内外伊斯兰教势力的支持下，萨克图弑叔夺位，开始官方推广伊斯兰教。
萨克图推行伊斯兰教的政策遭到了佛教势力的强力抵制，佛教徒们聚集在八拉沙兖大汗的周围，与萨克图进行对抗。但不久后，大汗便败下阵来，伊斯兰教势力进一步扩张。萨克图的儿子穆萨·阿尔斯兰汗继位后，确立了伊斯兰教国教的地位，对内疯狂迫害佛教徒，对外积极进行圣战，与于阗进行了长达半个世纪的宗教战争。
于阗是西域古国，自公元前1世纪左右，佛教就在于阗扎根，佛法兴盛。喀喇汗王朝对外圣战时，于阗王为尉迟僧乌波，因仰慕汉文化，于阗王给自己起了一个汉名叫李圣天。佛教讲求出世修行，只度有缘人，汉文化讲求包容百家，和而不同，与咄咄逼人，排斥其他信仰的伊斯兰教大相径庭。无论是捍卫佛教与汉文化，还是维护于阗的主权与稳定，李圣天都不能对喀喇汗王朝的圣战扩张无动于衷，于是双方展开大战。战争初期，由于喀喇汗王朝还要应对西面的萨曼王朝，而于阗得到了同样信奉佛教的高昌回鹘的支援，占据了优势。
998年，双方兵力倾巢而出，在喀什葛尔附近的英吉莎爆发了规模最大的一场战役，于阗军获胜，攻破了喀喇汗王朝都城喀什葛尔，击杀了喀喇汗第三任大汗阿里·阿尔斯兰汗。但在第二年，喀喇汗王朝就扫灭了萨曼王朝，大量中亚地区的穆斯林士兵被补充到喀喇汗军队中，局势开始反转。1006年，喀喇汗军队攻破于阗城，于阗王国灭亡。得胜的喀喇汗王朝在于阗实行了残酷的宗教政策，当地佛教势力的反抗活动又持续了半个多世纪，这场宗教的碰撞才平息下来。
于阗王国
完成对于阗的征服后，喀喇汗王朝紧接着就对同胞高昌回鹘发起圣战。入侵的喀喇汗军队以讨伐不信者为了旗号，所到之处无恶不作，对所有不信伊斯兰教的回鹘人进行无差别屠杀，佛像庙宇全捣毁，菩萨像被推下宝座，喀喇汗士兵在上面拉屎撒尿。然而宗教只给了他们施暴的借口，却不能保证他们每战必胜。喀喇汗王朝军队开到轮台时，高昌回鹘开始反击。经过两天三夜的激战，将喀喇汗军队击溃，高昌军队追到了距八剌沙衮仅8天的路程时，才因给养问题而返回。
此后不久，喀喇汗王朝因内乱分为东、西两部分。西喀喇汗王朝的呼罗珊王因痛恨高昌回鹘，要杀死该地的几百名摩尼教徒。高昌回鹘王遣使威胁：“如果你们杀死一个摩尼教徒，我们就把高昌国内所有的伊斯兰教徒杀光，并毁掉所有的清真寺。”呼罗珊王只得作罢。通过这段史料，我们可以看到，即使遭到了伊斯兰教政权的攻击，信仰佛教的高昌回鹘依旧允许了伊斯兰教的存在。这种包容性的宗教政策能够稳定内部局面，但在外部伊斯兰教势力的步步紧逼下，这种包容就成了一个短板，这也正是佛教及其他非一神教宗教最终败给伊斯兰教的重要原因。
东喀喇汗王朝也对高昌回鹘进行圣战，并取得了一定进展，到11世纪末，高昌回鹘丧失了龟兹以西的广大地区。不巧的是，此时主政中原的不是强汉盛唐，而是弱宋。宋朝连河西走廊都打不通，更不要说扬威西域了。称霸漠北的辽国曾深受唐朝影响，有明显的汉化倾向，但辽国的注意力一直在东边，对西域也没有施加影响。直到辽国覆灭，耶律大石被迫西征，汉文化才再一次渗入中亚。只不过，西辽国力有限，未能在西域力挽狂澜，最终还是伊斯兰教占据了中亚文化的头把交椅。
