隋唐时期，中华再次一统，庙号制度也摆脱了南北朝时期混乱不一的局面。简单来说，庙号制度在这一时期发生了两大变化，其一是庙号开始人手一份，皇帝去世后，除非极个别特殊情况，都能获得庙号。也就是从此开始，庙号开始取代谥号成为皇帝的通俗称谓。值此变革之际，隋炀帝帝和唐高祖有幸分别成为了自西周建立谥号制度以来最后一位以谥号通称的皇帝和第一位以庙号通称的皇帝。
其二是在普及庙号的同时，不祧之祖的标准开始变得严格，这在一定程度上挽回了东汉以来标准逐渐放低的庙号制度，重振了皇家太庙的权威。但到了“与士大夫共治天下的宋朝”，贪图虚名的士大夫文人与皇帝不仅搞臭了泰山封禅，七庙也被扩充为九庙。明朝以来，庙号更像是皇权的饰物，恰逢这一时期帝王年号稳定，一帝一年号成为定制，年号逐渐替代了庙号，成为了皇帝的称呼。至清朝，历代皇帝都能获得百世不祧的荣誉，迁祧制度陷于空转，最终随着封建王朝的终结而消亡。
隋唐与北周皆出关陇，制度文化同气连枝，而关陇集团又源出北魏。北魏孝文帝汉化改革时，采用两汉四亲庙制，与南朝宋六亲庙制相对立。宇文泰之子宇文觉称帝建国后，采用北魏旧制，尊宇文泰为太祖，另建四亲庙供奉太祖以上亲祖，共五庙。当时宇文护（宇文泰之侄）专权，宇文觉因试图夺回权力，被宇文护废除后暗杀，宇文泰庶长子宇文毓被拥立为帝。宇文毓也不甘为傀儡，亦遭宇文护毒杀。
临终之际，宇文毓用尽最后一丝气力口授遗诏，舍弃了自己的幼子，让深沉有大略的四弟宇文邕即位。宇文邕为兄长上谥号明帝，庙号世宗。隐忍十三年后，宇文邕亲手除掉宇文护，为被废的宇文觉上谥号孝闵帝，但没有上庙号。宇文毓死后谥号武帝，庙号高祖，与太祖、世宗为三祖庙，加上四亲庙，北周七庙制度正式成型。但之后的宣帝在位短暂，其后杨坚掌权，胁迫静帝禅让，因此宣帝、静帝都没有庙号。
隋朝统一天下
杨坚篡位后，效仿北周，追尊老爹杨忠为武元皇帝，庙号太祖，但只建了三亲庙（祖父杨祯、曾祖父杨烈、高祖父杨惠嘏）。杨坚死后，谥号文帝，庙号高祖。隋炀帝即位后，有大臣上奏应效法周朝七庙制，供奉皇家始祖、太祖与高祖三祖庙，另建四亲庙采用儒家“亲尽则毁”法则，永葆七殿的数目。杨广对秘书监柳䛒（biàn）说：“始祖庙和两座永远不废的父祖庙都已齐备，后世子孙把我放到哪里？”隋炀帝年号“大业”，在位十四年，三征高句丽，北狩塞外，西巡河西，开挖大运河，创立科举制，兴建东都洛阳城，每一件都是大手笔，就是冲着三祖庙的位置去的。因此隋炀帝自然不可能早早确立七庙制，他还要搏一搏，七庙也就暂时搁置下来。然而，炀帝急功近利的“大业”榨干了民力，民众忍无可忍，揭竿而起，隋朝二世而亡。
唐朝建国后，宗庙制度亦随前朝，立四亲庙，李渊尊父亲李昞为元皇帝，庙号世祖；祖父李虎为景皇帝，庙号太祖；曾祖父李天锡为光皇帝，庙号懿祖；高祖父李熙为宣皇帝，庙号献祖。李渊去世后，庙号高祖，谏议大夫朱子奢奏请唐太宗改用魏晋及南朝时期六亲庙的制度。理由是诸侯立五庙，若采用四亲庙制，加上太祖，天子宗庙实际上也是五庙，就乱了尊卑等级了，因此“宜依七庙，用崇大礼”。而且六亲庙制可以供奉更多的祖先，这也意味着天子即使无法成为不祧之祖，也能被子孙后代祭祀更长时间。由于当时不祧之祖的标准十分严格（唐高祖和太宗的不祧地位直到大历十四年才确定），因此于公于私，唐太宗都赞同六亲庙制，于是将祔高祖李渊以及李熙之父弘农府君李重耳的神主于太庙，共六庙。
长安太庙
武则天掌权时期，皇权体系混乱，出现了中宗李显与睿宗李旦兄弟相继即位的情况，睿宗去世后，继位的玄宗将中宗神主迁出，另立别庙，以便为父亲睿宗腾出位置。这种做法遭到了部分朝臣反对，于是玄宗又将中宗神主迁回，同样被迁回的还有献祖李熙的神主，这样七庙就变成九庙。但九庙制并没有持续下来，安史之乱后，献祖、懿祖、世祖相继迁出，又回到了七庙制。
大历十四年（779年），代宗李豫去世，德宗李适即位，按辈分，德宗已在高祖李渊的六亲之外，应亲尽则毁，将高祖从太庙迁出。虽然李渊前靠爷爷李虎打基础，后靠儿子李世民打天下，但好歹也是开国之君，总不能给迁出去吧。于是朝议将高祖尊为不祧之祖，功劳更大的太宗也被一起尊奉，形成了太祖、高祖、太宗三祖庙加六亲庙的七庙制，高祖、太宗不占用亲庙名额。
到了唐朝末期，敬宗、文宗和武宗兄弟三人相继为帝，起初采用兄弟昭穆异位的制度，每一位皇帝都算作一世，每次祔庙都要迁出一位远亲神主。武宗去世后，礼官上奏将敬宗、文宗和武宗兄弟三人昭穆同位，算作一世，已经被迁出的代宗重新祔庙。此后一直到唐朝灭亡，宗庙制度都没有变动发生。
唐末五代，朱温、石敬瑭、郭威都出身草莽，世系模糊，追溯不到那么多祖先，因此采用四亲庙制。后唐与后汉有所不同，后唐虽是沙陀政权，却自号为唐朝的继承者，庄宗李存勖建国后，太庙中除了直系祖先懿祖朱邪执宜、献祖李国昌和太祖李克用外，还有唐高祖、太宗、懿宗和昭宗，而且每次神主祧迁，都不涉及唐代的四个皇帝。后汉刘知远也是沙陀人，却将祖宗追溯到两汉，在四亲庙之外，还远追汉高祖和光武帝为祖宗，共计六庙。宋朝建立后，亦随五代旧制，采用四亲庙，追尊高祖赵朓曰文献皇帝，庙号僖祖；曾祖赵珽曰惠元皇帝，庙号顺祖；祖父赵敬曰简恭皇帝，庙号翼祖；父亲赵殷曰昭武皇帝，庙号宣祖。赵匡胤去世后，庙号太祖，升祔太庙，共计五庙。
继承帝位赵光义是赵匡胤的弟弟，因此在他去世后又引发了兄弟是昭穆异位算作两世，还是昭穆同位算作一世。如果按第一种做法，即位的宋真宗在祭祀时就得称呼大伯赵匡胤为爷爷，显然有被人伦。但太祖地位尊崇，真宗又不能效仿玄宗，将太祖神主迁出另建别庙。于是兄弟昭穆同位的制度很快确认下来。因为兄弟算作一世，太宗祔庙后也不用祧迁先祖，太庙呈现五世六室的布局。真宗祔庙后，依旧没有祧迁先祖，太庙扩充为六世七室。到仁宗祔庙后，七世已满，赵希言、司马光等人上奏应祀六世，迁僖祖神主，但未被采纳，宗庙继续扩充。英宗去世后，宋朝总算开始了祧迁制度，迁僖祖神主。但没过多久，僖祖又以始祖的身份迁回了太庙。
始祖庙在商周时期出现，商人祖先契与周人祖先后稷都在宗庙中占据中心位置。然而自汉朝以来，族系渊源已不可追溯，一般而言太祖就是始祖。前面提到过隋朝曾有大臣建议立皇家始祖庙，但人选并未明确，隋炀帝杨广也不愿采纳。唐朝时，不断有大臣建议尊西凉武昭王李暠为始祖，但因“武昭远世，非王业所因。”未立始祖庙。僖祖赵朓在唐朝时仅为县令，对赵宋江山并无特殊贡献，宋朝的士大夫们只因僖祖在宗庙中辈分最高，就要追尊为始祖。假使当年太祖立六亲庙，僖祖位居第三，那始祖就是另一个人了。但就是如此儿戏的事，竟被一大帮饱读诗书的士大夫讨论的热火朝天，更抽象是，这事竟然还真就成了。相比之下，功绩乏善可陈的太宗、真宗能被尊为不祧之祖，倒也合情合理了。
在宋徽宗时期，宋朝的宗庙制度正式转向九庙制。徽宗是前任皇帝哲宗的弟弟，让弟弟祭祀哥哥，宋徽宗有点抹不开面子。于是宋徽宗一方面尊太爷仁宗、父亲神宗为不祧之祖，通过这种方式来宣示自己的皇位继承自父祖，而非兄长。另一方面，将哲宗与自己算作一世，昭穆同位，这就意味着哲宗祔庙不能迁出宣祖，而庙室又是一个萝卜一个坑，宣祖不迁出，哲宗就没有位置。
北宋皇帝世系
仁宗去世时，因没有祧迁僖祖，就另建一室供奉仁宗。徽宗效法旧制，也另建一室，在此期间，哲宗神主偏居太庙夹室（供奉迁出祖先的偏殿），一直放了三年，庙室还没有建好。崇宁二年（1103年），有些大臣实在看不下去了，就上书问责。徽宗见众怒难犯，就赶紧推脱责任，贬黜了负责修庙的李南公，庙室很快建好，不仅如此，宣祖也被迁出。然而没过多久，宣祖与翼祖也来了一次二进庙，九庙制形成，史称崇宁九庙。
议立九庙时，宋朝立国近150年，历六世七帝后只祧迁了一位顺祖，却出了六位不祧之祖，后来赵构南渡，苟安于江南，也被立为不祧之祖，而且唯一被迁出的顺祖在南宋也来了一次二进庙，太庙严重超员。一朝竟有七位不祧之祖，前所未见，而宋朝国力之孱弱，亦是罕见。君王为了私心，徒费民力以供先祖。士大夫文臣们也是趋颜附和，除了在咸淳十年（1274）度宗去世后，将僖、顺、翼、宣四祖祧迁外，一直到南宋灭亡，自太祖以来诸帝，无一祧迁。与之对应的，皇帝们也投桃报李，“文正”为臣子谥号之冠，极少授予，中国历史上仅有三十人获得，而宋朝就占了九人，倒真是“明君贤臣，相得益彰”。只是苦了宋朝民众，外遭胡虏侵夺，内受奸邪盘剥，宋朝与士大夫共治天下，可天下是底层民众的，不是皇帝的，也不是士大夫的。
南宋临安太庙
元朝是第一个由胡族建立的大一统王朝，其制度文化虽用中原王朝旧制，但也保留了大量胡族文化风俗。在宗庙祭祀方面，中统四年（1263年），忽必烈升开平府为上都，供奉先祖神主于中书省，却没有给列位祖宗追上庙谥，仅称皇祖、皇伯考、皇考、皇兄等，被供奉的不仅有成吉思汗、窝阔台、贵由、蒙哥四位大汗，成吉思汗的其他三子，术赤、察合台、拖累也被供入太庙。
蒙古习俗以西（右）为上，以东为次，与中原刚好相反。而且并没有按照汉制传统的太祖居中、左昭右穆的排序，而是采用自西向东的排序。具体序列为：皇祖成吉思汗、皇伯考窝阔台、皇考拖雷、皇伯考术赤、皇伯考察合台、皇兄贵由、皇兄蒙哥。拖雷是成吉思汗幼子，排位却在兄长术赤和察合台前面，仅次于第二代大汗窝阔台，这是忽必烈有意提高父亲的地位，以增加自己皇位的合法性。
至元元年（1264年），忽必烈将金朝旧都燕京改为中都，建太庙于此。至元三年（1266年），丞相丞相安童、伯颜上奏，请议立庙谥。忽必烈追尊曾祖也速该为烈祖神元皇帝，祖父成吉思汗为太祖圣武皇帝，伯父窝阔台为太宗英文皇帝，父亲拖雷为睿宗景襄皇帝，堂兄贵由为定宗简平皇帝，兄长蒙哥为宪宗桓肃皇帝，术赤、察合台没有庙谥，仍以皇伯考的身份位列太庙。
元大都太庙
至元十七年（1280），大都太庙建成，当时蒙古诸王已经与忽必烈公开决裂，因此新太庙仅供奉太祖、睿宗，其余皆毁，以削弱旁支诸王的正统。与此同时，太祖居中，左昭右穆的庙室排序确立了下来，元朝太庙制度逐渐向中原王朝旧制靠拢。然而在祧迁方面，元朝一直没有实行，后来虽有皇帝神主迁出，但遵循的却不是亲尽则毁的原则，而是政治斗争，如至元六年（1340）二月，顺帝亲政，以叔父文宗谋害其父明宗，将文宗撤出太庙。
明朝建立后，朱元璋采用九庙制，但不祧之祖的标准较宋朝严格，至明孝宗即位之前，只有太祖朱元璋一人被尊为不祧之祖。孝宗即位后，由于九庙已满，要将父皇宪宗祔庙，就要迁出一位先祖，当时太庙的九位神主分别为太祖朱元璋之上的四祖（曾祖朱百六庙号德祖、曾祖朱四九庙号懿祖、祖父朱初一庙号熙祖、父亲朱五四庙号仁祖）、太祖、太宗、仁宗、宣宗和英宗（建文帝朱允炆曾追尊父亲朱标为兴宗，后被太宗朱棣迁出。明代宗朱祁钰死后，复位的明英宗没有给弟弟上庙谥，也未祔庙），按亲近则毁的原则，应将德祖迁出，但经群臣讨论后，德祖被尊为始祖，懿祖被迁出，太宗朱棣也被尊为不祧之祖。
嘉靖年间，明朝太庙经历了一番大折腾，嘉靖帝朱厚熜以藩王旁支入继大统，一即位就闹着要给生父兴献王朱祐杬上帝号，入太庙。但以杨廷和为首的朝臣据理力争，坚决要求嘉靖帝以明孝宗嗣子的身份继承大统，只能尊生父兴献王为皇叔。双方互不相让，拉扯了三年时间，最终嘉靖帝取得了阶段性胜利，朱祐杬被尊为献皇帝，但没有庙号，也未能升祔太庙，而是另建一室用来祭祀。这样的结果显然是嘉靖帝无法接受的，他一直在想方设法给父亲入太庙制造机会。嘉靖十年（1531年），嘉靖帝以太祖为开国之君，应居正位为由，祧迁始祖，如此一来庙室就空出一个来。但即使如此，太庙也不是有空位就能进的，得有庙号才行。
嘉靖十七年（1538年），前扬州府同知丰坊上言：“孝莫大于严父，严父莫大于配天。宜建明堂，尊皇考为‘宗’，以配上帝。”但有大臣反对，认为配享明堂者必须有大功德，本朝自太祖以下，唯太宗最有功德，应配享太宗。嘉靖帝见招拆招，授意严嵩等人将太宗庙号抬高为成祖，与太祖一起配享最高规格的郊祭（祭天之礼）。请走了成祖后，嘉靖帝最终为父亲争取到了配享明堂的殊荣，为父亲上庙号睿宗，升祔太庙，大礼仪之争以嘉靖帝的彻底胜利而告终。嘉靖之后，明朝太庙制度再未变动，皇帝驾崩后便有序祧迁先祖，直至灭亡。
北京太庙
关于清朝的统治，用一个词概括就是奴性，其太庙制度也在奴性的统治中彻底崩毁。自隋唐以来，自开国皇帝以下，庙号没有称祖者（明成祖实为嘉靖帝瞎折腾），而清朝在太祖努尔哈赤以下有世祖顺治和圣祖康熙。顺治帝幼年继位，又英年早逝，很难说有什么功德，尊其为世祖，更多的是要抹除多尔衮在入主中原过程中的功绩。康熙帝在位时间是长，但其功绩比起唐太宗也是不够格的。但由于九子夺嫡让雍正的帝位扑朔迷离，雍正急切的想要通过尊崇父皇来宣示合法性。康熙帝刚过世，就获得了不祧之祖的尊荣，庙号圣祖。此后这种不切实际的尊崇过世父皇的风气一路下传，往往皇帝刚过世就成为了不祧之祖，跟清朝的皇帝相比，嘉靖帝都算是严谨的。
不过也不是所有的清朝皇帝都贪图虚名，道光帝临终前鉴于太庙已有七位神主，就遗诏说自己死后不配天，不袝庙，不立功德碑，要以身作则让清朝宗庙回到有序祧迁的正轨上来。要不然让一帮功德浅薄的皇子皇孙也都混进太庙，享受百世不祧，岂不是让天下耻笑。但道光帝的燃烧自己却并没有起到作用，继位的咸丰帝为了不违背孝道，继续尊道光为不祧之祖。到了清末，太庙已严重超员，关于祧迁制度再次引发朝堂议论。但直至清朝灭亡，都未能祧迁出一位皇帝。最终历史的洪流奔涌而下，将已经腐朽的清王朝连同崩坏的太庙与庙号制度一道冲走。
