建安十三年(208)是曹操的多事之秋，在新的大战打响前曹操还面临许多烦恼事，除心腹谋士郭嘉病逝外，曹操最疼爱的儿子曹冲也死于这一年。这一年，曹操还杀了名士孔融和名医华佗。当然，也有值得庆贺的事，文化中上的盛事“文姬归汉”也发生在这一年。

曹操刚接触华佗的时候，心情也是非常舒畅的。对于这位医疗手段出神入化，名气响当当的神医，还是自己安徽亳州的老乡，曹操对其格外的青睐。《后汉书·华佗传》关于华佗的记载是“兼通数经，晓养性之术”，“精于方药”。民间称他为神医。

正史和演义里面都记载着曹操自身的顽疾：头痛病。发作起来头痛欲裂，华佗亲自为其诊断并对其实施针灸治疗。他从曹操胸椎部的膈俞穴进针，倒也暂时地缓解了曹操的头痛病，不但脑清目明而且心旷神怡，曹操大为欣喜，强行把华佗留在身边做自己的私人医生，禁止华佗在去民间行医。而作为一个名医，华佗有着崇高的医学精神，厌恶强取豪夺的封建豪强，无视荣华富贵，哪怕是风餐露宿也为更多的人解脱疾苦。正史中，对华佗的评价还是相当高的。

后来华佗以家中妻子生病为借口，而这一去就没有再回头，曹操多次写信催促未果，曹操大怒，派人前去查探华佗所说是否属实，而结果就是，华佗的妻子并未生病，华佗给出的理由就是，只想做民间的赤脚医生，为更多的人服务，不愿做权贵的私人护理，华佗这一做法彻底激怒了曹操！曹操平生最恨的就是欺骗，迁怒华佗，最后把他杀了。华佗的死也是中医史上一个重大的损失。在演义中，华佗的死是因为曹操猜疑华佗要替关羽报仇，所以才杀了华佗！因为一件看似很小的纠纷让华佗死于非命，对曹操，对华佗，对医学发展都是一件可惜的事，曹操本人也是能知人善用，重贤爱才，心胸也豁达，那为何容不下一个如此重要的医生？不少历史学家们，也纷纷给出了一些原因。

首先，曹操也是诸侯出身，虽贵为丞相，但也是手握军权，管理着众多文武将才，军纪严明，法令不能违。华佗既然已是曹操的属下，就得无条件的执行命令，有令必行、有征必应这是基本纪律，给了华佗特例，别人如何去约束？就这一方面来讲，曹操本人也落实得很到位。“割发代首”这个事件，不管是在演义里面还有正史里面都有着记载，足以表明曹操的执行力。正史里面还记载了，华佗的认罪书，但是具体的罪名却没有详细说明。

其次，了解三国的人都知道，曹操的名言“宁可我负天下人，不可天下人负我”，曹操的性格的一面惜才爱才，不管是仇家还是敌对的人，只要愿意归纳其帐下的，曹操都会心胸豁达，不计前嫌，比如张绣、贾谢，徐晃、张辽，本是曹操对立面的，但是在曹操这边都得到了重用，跟曹家有过血债的张绣和贾诩，哪怕是刘备是关羽，曹操拉拢的态度也极其诚恳。另一方面，曹操的性格有极度狭隘，尤其痛恨别人对自己的欺骗，身边的人不得对自己有半点忤逆的想法，荀彧，有名的政治家，战略家，更是为曹操举荐了郭嘉，也是曹操的心腹之人，但是因为得罪了曹操，就没有再给过荀彧的机会，后来的荀彧也是郁郁而终！更有说荀彧是被迫服药自尽的！而相对于华佗来说，曹操给过其机会，曹操派人去探视，真相如果真的像华佗说的那样，曹操自然也会通情达理，但事与愿违，违纪和欺骗两项罪责各个不能少。

最后，可以从曹操的人才观上分析。虽然华佗的医术高超，但是曹操绝对不会认为自己做错事杀错人，更不会觉得世上只有华佗这么一位神医，在正史中的《求贤令》有“唯才是举”，还有一句“吾得而用之”，曹操的意思是不管是什么样文人武将，对于曹操这么腹黑的人来说，一切对他有利才是最有意义的！换句话说，不是我的人，你能耐再大，名声爱响、不能为我效力有可能就被对手所用，这样的人留不得。而华佗的医术造诣和其响亮的名声，坚定了曹操处死华佗的决心，这不是曹操的头脑发热，而是想法过于超前，有史书说曹操杀完华佗，悔不当初，其实从曹操的性格来分析是不会后悔的。