上海铁道学院与华东交通大学是兄弟院校，有着深厚的历史渊源。

1971年，国务院、中央军委决定将上海交通大学机车车辆系和同济大学铁道工程专业并入上海铁道学院，更名为华东交通大学，迁往江西。1973年，华东交通大学首次招生，新生到上海铁道学院报到。1975年，南昌校区和上海校区分别进行招生。1978年，由于国际形势变化等原因，上海铁道学院不再搬迁，留在上海继续办学，而华东交通大学则在南昌单独建校，两校从此各自发展，分道扬镳。

1979年，华东交通大学正式面向全国招生，进入边办学边建校阶段。1993年，学校获批硕士学位授予权，会计学、交通信息工程及控制专业成为第一批硕士学位授权点。

2000年，学校转制为“中央与地方共建，以地方管理为主”，成为江西省重点加强建设的五所高等院校之一。2001年至2003年，周边的江西省煤炭干部（技工）学校、南昌铁路机械学校等教育资源相继并入。2006年，入选国家大学生文化素质教育基地。2010年，学校被正式确定为新增开展硕士推免生工作高校。

2011年，入选教育部第二批“卓越工程师教育培养计划”高校。2013年，学校成为博士学位授予单位。2016年，入选国家“中西部高校基础能力建设工程”。2017年，中国国家铁路集团有限公司和江西省人民政府正式签署合作共建华东交通大学协议。2021年，举办“交通强国”高峰论坛，轨道交通基础设施性能监测与保障国家重点实验室揭牌。2022年，入选首批国家级创新创业学院建设单位。2023年，牵头成立铁路运输行业产教融合共同体。

上海铁道学院于1995年与上海铁道医学院合并组建上海铁道大学，2000年整建制并入同济大学。