在阿伦特的全部著作中，《艾希曼在耶路撒冷》为她带来的激烈而广泛的争议远超其他任何一部，这在她作为一个屡遭变故但值得尊重的杰出公共知识分子和学者的生涯中留下一道长长的伤痕。甚至有人指责她缺乏“对犹太人的爱”，这一指责道出了犹太人的集体性痛苦。
在阿伦特的同名电影中，有一段她在课堂上为自己辩护的精彩片段，就在辩护结束，学生们敬佩她的学识和勇气的时候，一位老朋友却对她说出了这样的话：
“我来（这里）是对你还抱有一线希望，也许你还尚存一点理智，没想到你还是这么顽固不化。汉娜，你用你天生的傲慢，和无知——你那一贯对犹太人的无知，把一场法庭审判当成了哲学研究。你像一个自负的德国知识分子一样，俯视我们犹太人，还想把这场浩劫的过错强加给我们。你还不愿意接受，德国人已经可耻地背叛了你的事实，他们把你驱逐出境，还差点要了你的命。负责从古尔斯押运的，正是你那位朋友艾希曼，要不是你运气好，及时的逃了出来，你现在的命运，就和留在那边的女人们一样。”
随后，这位朋友转身离开，留下了这句：“从今天开始，我与海德格尔最得意的门生绝交。”除了表达一种决绝之心，还颇为讽刺地将阿伦特称为跟纳粹当局有着明显关联的海德格尔最得意的学生。
但事实上，《艾希曼在耶路撒冷》却是阿伦特最富有民族情感的一本书，她正是在道德上和认识上都把自己带入一个犹太人身份之后，才去探索艾希曼的审判背后的意义。
而这个状况，也恰好体现了阿伦特所一直面对的悖论——她持有现代主义的世界主义，但同时又相信犹太人应当具有某种形式的集体自决权。这个对于基于普遍性的人的世界主义和基于犹太人特殊性的民族情怀之间的矛盾，最终通过《艾希曼在耶路撒冷》呈现给阿伦特的读者。
这本书写作的背景源自于1960年5月23日，以色列政府为针对前党卫军中校阿道夫·艾希曼的刑事诉讼拉开了序幕，几天前以色列特工在阿根廷绑架了他并将其带到海法。消息一出，举世瞩目。焦点并不在于对艾希曼非法劫持的来龙去脉，而是藏在“最终解决”方案责任背后的艾希曼本人。
他的被捕终于使得幕后的黑暗机制有机会彻底重见天日，那幕布后掩盖的是对将近六百万犹太人民实施的流水作业式的谋杀。在战后对纳粹灭绝体系代表人物所进行的审判当中，艾希曼审判是继纽伦堡审判之后最受关注的一例。
1961年4月11日，针对艾希曼的刑事诉讼在耶路撒冷地方法院的一个特殊审判庭拉开帷幕。审判持续了数月之久，1961年12月11日，初审结果宣布；1962年5月29日，上诉法庭宣布维持原判——阿道夫·艾希曼被认为犯了意图毁灭一个民族的“反犹太人民罪”而被判处绞刑。
检察机关提交的书面材料规模之广、其提供的时间证人数量之大，令艾希曼审判成为纽伦堡审判以来最大的一次。以色列以受害者的名义要求主导权，除阿根廷之外的任何国家，包括联邦德国，都没有提出引渡申请。此前大概考虑过要把艾希曼交给一个国际法庭来审判，只是缺少一个以种族屠杀罪名而提起诉讼的国际机关，于是以色列的地主司法权要求得到了国际认可。
汉娜·阿伦特，就身在莅临耶路撒冷的众多国际观察员当中。她向美国著名周刊《纽约客》提出申请，作为特派记者见证这场举世瞩目的审判。而后，她本想撰写一篇文章，结果一发不可收拾，写出了五篇连载，后来又在1963年被扩展成《艾希曼在耶路撒冷》一书。书稿一经问世，就引起了广泛的国际争议。
在《艾希曼在耶路撒冷》中阿伦特至少呈现出三种历史社会学式的叙述，每一种可被视作不同主题的单独论述。
一、阿伦特对艾希曼被捕、被拘和被以色列当局审判的环境报告，包括主要的公诉人在审判中的行为举止；
二、阿伦特对犹太人长老会，即纳粹于1939年9月21日宣布成立的，管理波兰、波罗的海国家（爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛）以及苏联部分地区（白俄罗斯和乌克兰）犹太人的特殊机构，在帮助纳粹执行“最终解决”时锁板艳的角色的描述；
三、阿伦特试图对所谓“普通德国公民”在纳粹政权与大屠杀期间行为的把握。
而艾希曼则成为她分析这个问题——即一个既非特别邪恶又非特别聪明的人，如何被邪恶的体制所制，做出了他们所做出的一切的范例。
但是这些汇集在一起的叙述以及她对“平庸的恶”这个哲学主题的关注使得读者对她的著作感到迷惑不解。一方面，她似乎在谴责她的民族及其领导人充当了纳粹的帮凶；另一方面，她似乎又在以“平庸”一词为艾希曼和其他德国人开脱罪责。
也就是说这三种叙述引发了两个关键性的争议，一个是她通过对庭审中艾希曼的观察所得出的“平庸的恶”的观点：大屠杀并不基于一手遮天、体系森严的政治决策。那位被人们普遍看成灭绝欧洲犹太人之中枢刽子手的被告艾希曼，结果被证明只是一个下级官僚，基本上没有开发出自己的自主性，也完全不具备人们强加给他的魔鬼性格和狂热的唯心主义。真相是，艾希曼要么记性特别差，要么就是故意对他要面对的那些事保持沉默。
阿伦特这样描述在庭审中看到的情况，“艾希曼既非伊阿古（莎士比亚悲剧《奥赛罗》中的反派，为人阴险狡诈），亦非麦克白（莎士比亚悲剧《麦克白》中的主角，弑兄篡位），他绝不像理查三世（莎士比亚《理查三世》的主角，因天生残疾而变得恶毒乖戾）那样就是一个坏人……就像俗话说的，他只不过是从来没有意识到他在做什么。”
“正是这种想象能力的缺乏，使得他能数月来心安理得地坐在那儿，面对一个德国犹太人的审讯……纯然缺乏思想（这与愚蠢有些不同），使得他成为了这个时代最大的罪犯之一……也许，我们能从耶路撒冷这里得到的教训就是，这种与现实的疏远以及无思想的状态较之人的一切邪恶本能更能导致悲惨的浩劫。”
而另一个争议更是刺痛了犹太世界以及指向阿伦特本人作为犹太人身份的民族情感的缺失：对大屠杀，犹太人组织的领袖负有连带责任，他们跟纳粹进行的有条件的合作，以及大多数犹太人团体的不抵抗、不作为从另一个方面促成了大屠杀的结果。
客观的说，阿伦特对于犹太团体的指责，是在没有深入进行史料调查的情况下做出的，同时对于普遍的犹太人是否反抗的行为，以及当时德国民众对于犹太人的态度都是带有一种主观上的一厢情愿。但半个多世纪之后，这些历史性的问题，都能够在对曾经事实的考察中得到正名。
这也使得《艾希曼在耶路撒冷》这本书的价值，更多的集中在“平庸的恶”这一对恶的哲学性分析上。因为历史的事实是不会在轮回发生的，但人类组织中的、意识形态中的恶，只要稍有不慎就会卷土重来。
对于这个对恶的形容，1963年12月13日，卡尔·雅斯贝尔斯致阿伦特的一封信中是这样说的：阿尔科普利告诉我，是海因里希（阿伦特的丈夫）建议采用“平庸的恶”这个短语，海因里希为此感到深深自责，因为你在为他想出的点子承受公众的批评。或许报道是失实了，或者我的转述出错了。我认为，这个短语本身是一种极富启示意义的说法，并且十分适合作为这部书的副标题。关键在于，这种恶而非一切恶，是平庸的。
的确，阿伦特因为这个对恶的平庸的形容被公众反复的批评甚至上升到人身的攻击，但很多人的确是对这个攻击过于想当然了。平庸的恶，在《艾希曼在耶路撒冷》中，其实只出现过一次，也就是副标题“一份关于平庸的恶的报告”。阿伦特也并非是强调这个恶的结果是平庸的，而是在说作为这个恶的直接肇始的艾希曼本身是“平庸的”。
阿伦特并没有把艾希曼行为本身的道德性质解释为源于其邪恶本性——这种传统形而上学中称为彻底堕落、腐化或罪恶，而是强调艾希曼最令人震惊的品质并非愚蠢、软弱或者堕落，而是被她称为“无思想”的特征。
循着这个思路，阿伦特持续地考虑这种“无思想”的本质。1971年的一篇名为《思考与道德考量》的文章中，她提出了自己的想法：“善恶问题以及我们判断对错的能力，会不会与我们思考的能力有关？……是否可以说，思考活动……是使人不作恶的诸多条件之一，或者说，它甚至实际上‘限定’了人们，以使人们不去做恶事？”
她提出这样的疑问：“我们区分对错、美丑，做出判断的能力，是否建立在思想能力基础之上？缺乏思考的能力与我们通常所谓的丧尽天良是不是相互联系在一起？”
如果说在任何的时代，我们都难以避免道德的败坏，特别是对人身体的禁锢和自由的限制，那么至少所有的人还有最后一道防线，那就是不受外界直接控制的进行思考的能力，如果按照阿伦特所言，这种思考能力与良知直接相关的话，那么即便在最黑暗的时代里，人类也能获得一丝希望。
当我们发现，绝大多数人，都会跟阿伦特一样，当面对艾希曼这样“完全无思想”的人，当他的“良知”几乎完全听命于他的职位与职责，并因此怀着一种狂热的激情犯下不可想象的罪行，都会产生极大的震惊的内心反应时，我们就应该感到意思慰籍，因为这就证明了可以与良知关联的道德性的反思，是可以在大多数成熟且独立的人身上发现的。
但如何激发这种“良知”的反思以及如何对抗“平庸的恶”，就不能简单的靠某种天生的禀赋，这可能也是阿伦特这样的思想家存在的原因，她就像是一根刺，不断的在人类懒惰且习惯了的舒适的思想中，扎出一摊显眼刺眼的血迹。
