由于巫术在医学和疗愈中的角色不明确，关于巴比伦医学的起源知之甚少。治疗疾病的主要职业有两种：“巫师”和“医生”，它们各自采用不同的治疗策略，包括咒语和药物处方。公元前第二千年最早的证据表明，这两种互补的治疗方法之间存在明确的区别。然而到了公元前第一千年，巫师和医生的治疗方式之间的界限开始模糊，因为巫师的训练往往包括医学知识，而医生的处方中也常常包含咒语。

最近发布的与巫术和医学相关的楔形文字文本表明，这些不同的治疗方法代表了各自独立的学科，每种方法都在特定的治疗理论下使用咒语或处方。例如，巫术治疗包括如熏蒸等仪式，但避免使用医学处方，而医学治疗则使用非魔法性的咒语，这些咒语本质上是对疾病的病因学解释，认为疾病源自自然事件或原因。这表明，尽管来源于不同的职业领域，诊断和预后可以由任何治疗者自由探索或应用于他们的病人。

巴比伦医学基本上是基于可观察的外部症状，形成了一种以药物为主的治疗体系，几乎没有外科手术。医学干预主要包括口服药物、直肠灌肠、外部绷带和按摩，并结合佩戴护身符、熏蒸及其他心理导向的程序。没有证据表明巴比伦医学涉及放血，也没有像希腊医学那样的体液幽默理论。然而，巴比伦的治疗方法不仅限于药物及其使用，还可能涉及咒语和魔法仪式。在实践中，这些职业参与了治疗措施的管理，包括身体接触和旨在影响病人心理状态的活动。

与希腊、中医或阿育吠陀医学不同，难以确定任何特定的巴比伦医学理论，这部分是因为巴比伦的书写文化没有传承理论知识的传统，相关话题通常是学者口头讨论的内容。然而，这并不意味着巴比伦人缺乏医学理论；相反，他们的医学理论必须通过大量涵盖各种治疗、诊断和预后形式的文献，以及关于人体解剖学和药理学的学术著作来推测。正如我们接下来所看到的，在某些情况下，甚至需要参考美索不达米亚地区的晚期文本和语言来重建该地区的医学理论。

为了进行比较，我们有必要从医学“体系”的角度来看待古代医学。我们可以将古代世界的医学主要分为几个主要体系，如希腊-罗马医学、美索不达米亚医学、埃及医学以及后来的阿拉伯医学。一个古代医学体系通常由若干子集组成，例如希波克拉底的著作、迪奥克勒斯的医学论文、希腊医学哲学和伽伦的著作，这些内在的相似性使我们能够将它们视为一个综合医学体系的组成部分。

然而，到目前为止，没有人提出过一个与之相匹配的独特的巴比伦“哲学”或医学理论，这可能与我们现有的资料来源有关。尽管现代人对巴比伦医学的看法往往认为它是统一的，基于治疗者的实践，但实际上，巴比伦医学融合了明显不同的治疗和疗愈方法。一个潜在的冲突领域是神祇和其他超自然力量在诊断和治疗中的对立作用。

这是合理的，因为像“神的手”这样的表达，在医学语境中可能指的是个人守护神干预患者健康的情况，尽管学者可能认为它是与疾病相关的技术术语。类似地，患者耳中听到的鬼魂咆哮既可以字面理解，也可以作为焦虑或精神疾病的隐喻，常常需要魔法干预。巫师和医生这两个职业也代表了不同的治疗方法，主要区别在于寻求神灵的帮助与技术性方法的对比。这两种传统方法后来受到占星术的挑战，占星术认为星星或行星对人体和疾病产生影响。

巴比伦医学的特别之处在于其细致且系统的数据安排，这意味着尽管缺乏仪器或先进的技术，巴比伦医生仍然获得了有限的技术知识。这一点在他们对解剖学的了解中最为显著，尤其是对内脏解剖的了解。他们对像心脏和大脑这样的器官的功能了解甚少，几乎没有证据表明巴比伦人将肺部与呼吸联系在一起。

然而，巴比伦学者通常熟悉泌尿系统的组成和功能，这可能是基于对动物解剖学的研究——几乎没有证据表明巴比伦人进行过人体解剖或病理解剖。此外，除了公元前3世纪在亚历山大的短暂时期，希腊医学也反对进行尸体解剖。

当然，这一规则的例外是埃及的木乃伊制作，但由于木乃伊制作主要是一种葬礼实践，而非医学研究，因此不清楚埃及医生通过木乃伊制作过程获得了多少解剖学知识。然而，缺乏解剖学并未阻止巴比伦学者进行详细的解剖学学术研究，这些研究保存于关于人体器官和疾病的清单中。