公元403年十二月，东晋权臣桓玄在清洗了东晋宗室实权派与北府老将之后，终于篡晋自立，建立了所谓“楚朝”，史称桓楚。然而桓楚建立了才两个月，北府少壮派将领刘裕便在京口召集同乡故旧发动兵变，起事反桓，然后一鼓作气，攻入建康，赶走了桓玄，恢复了晋朝的江山。
404年三月初三，京口起事后仅仅第五天，胜利者刘裕领军进驻石头城要塞，宣布恢复晋朝并成立“留台”也就是留守京师临时政府。然后代表留台，做出以下决议：
第一，烧毁桓温列祖列宗的神主，重新为晋朝诸先帝制作灵位，纳于太庙。
第二，遣刘毅、何无忌、刘道规等诸将准备船只，即日出发追击西逃的桓楚皇帝桓玄。
第三，以尚书王嘏负责主持迎奉晋安帝司马德宗回京复位诸事宜。当然，如今司马德宗还在忠于桓玄的江州刺史郭昶之的手里，这件事情还得先军事开路，再从长计议。
第四，诛杀来不及逃离京城的所有桓家子弟，完全清楚桓家在下游的势力。
第五，派大舅哥臧熹入宫，收图书、器物、金宝，封闭府库，严加看管，禁止任何人包括建义军将功勋们染指私吞，以待安帝回归。
安排完这些大事之后，接下来就该讨论新政府的人事问题了。按道理，再造大晋的最大功臣是刘裕，其次是刘毅何无忌等举义京口诸君，大家在没有任何武装和门第可以倚仗的情况下，凭着一腔热血与缜密的筹划，居然在五天之内就驱逐了强大的桓楚皇帝。这就让建康百官与门阀士族们“时失民望，莫不愧而惮焉”（失去了执政的民意基础，一个个都相当惭愧恐惧）。特别是当前朝廷最高官员司徒王谧，在桓玄刚得势时就倒向了这个叛逆，甚至曾亲夺安帝的玺绶献给桓玄，而群臣也都曾去到姑孰向桓玄劝进，如果要论罪的话，这岂不都是附逆的大罪？所以王谧等朝廷高官商量了一下，要联名推荐刘裕为扬州刺史。东晋的都城建康位于扬州，经济与人口基础三吴之地也在扬州（注1），一般来说，谁成为扬州刺史谁就相当于东晋帝国的实际的掌权人了（注2），王谧等人此举，其实就是要献出权位来给自己买命。
然而刘裕拒绝了，他倒不是不想放过朝廷百官，而是想要和这群门阀士族们更好地合作。桓玄虽然被赶走了，但那是因为桓家在下游缺乏根基，如今他回到上游，仍是建康最大的威胁，桓氏家族在荆州经营多年，根基深不可测，可以说，真正的恶战现在才刚刚开始。
所以，刘裕决定暂时放弃与建康高门争夺权位，并充分释放团结与和解的信号，以此来争取士族的合作与资源，这样才能彻底打败桓玄，为国家带来真正的统一与安定。
于是，刘裕坚决辞谢了扬州刺史之职，并推戴王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，让王谧做了这个临时政府的首脑。然后，王谧便以主政之名，任命刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、领军将军（注3）、徐州刺史。也就是说，刘裕从四品建武将军，升为二品持节都督，全面主管下游诸州军事，并兼领徐州政务与禁军之一军。另外其他举义诸将，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹杨尹，刘道规为义昌太守。以此为象征，东晋的门阀政治进入终场，南朝的军人时代到来了。正如川胜义雄所言：“在四世纪（刘牢之时代），军队说到底不过是贵族政权的佣兵，然而五世纪（刘裕时代）时已发展到由军人来掌握政权了。”（注4）
而王谧作为“尽心伏事”桓玄的楚朝元勋，本来应被视为大晋逆臣而予以严惩，如今却在刘裕的推戴下摇身一变成了大晋宰相。如此，王谧便与刘裕深度绑定，成了刘裕集团的士族代言人，当初他营救刘裕的三万“投资”，如今收到了千百倍的政治回报（注5）。
和王谧相比，刘裕的另一个老相识，豫州刺史刁逵就惨了。几天前诸葛长民在历阳举事失败，被刁逵抓住押送建康。谁知囚车才刚走出历阳，就传出桓玄已经败亡的消息。押送诸葛长民的卫兵立刻明白这苍茫天下谁主沉浮了，于是打破枷锁放出诸葛长民，还攻历阳。刁逵一看情况不妙，赶紧弃城逃跑，可也跑不了，被部下抓获。这回轮到刁刺史被囚车押解建康了。到了石头城，刘裕想起刁逵多年作恶又附逆桓玄，实在罪无可赦，于是下令除刁逵年幼的弟弟刁聘之外，其余刁氏男性成员全部处死。刘裕与王谧商量之后，以魏咏之为四品建威将军、豫州刺史，镇历阳，诸葛长民为三品辅国将军、宣城内史。
另外，鉴于晋帝司马德宗还在桓玄手里短时间内肯定回不来，刘裕和王谧商量还是要找一个司马宗室来做朝廷象征。当时刚好有一位反桓志士武陵王司马遵，本来被贬为彭泽侯要押送到江州去，但适逢水灾冲毁了船而滞留京师。刘裕等人便宣称受晋安帝密诏，命武陵王遵为大将军，承制总百官行事。接着又宣布除了桓玄一族，大赦天下。
当然，无论王谧还是司马遵，都只是临时政府的门面招牌；真正踏踏实实在做实事的，还是刘裕的主簿刘穆之。经过近一百年腐朽的门阀政治，如今这个国家已经是“晋政宽弛，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙”，门阀官员们不仅上班吊儿郎当（注6），犯了罪也得不到应有惩罚（注7），仍旧作威作福，霸占资源，欺凌百姓，更搞得朝廷税收都成问题。桓玄一度想要搞改革，但这公子哥是王莽作风，出来的政策不仅“科条繁密，众莫之从”，且执行下来仍是东晋“举贤不出世族，用法不及权贵”那一套。对此，刘穆之的策略是“斟酌时宜，随方矫正”，既灵活又严格，而刘裕本人也以身作则，坚决执行改革方案，以军人之绝佳意志力，其方建大功的威严、领导政府打好这场没有硝烟的战争。
门阀们本来在刘裕等寒族军人面前是高人一等的，但偏偏他们此前加入了桓玄朝廷，在法理上都是附逆之臣，所以一下子失去了政治高度，只能乖乖听刘裕的话。当然，还有一些死硬分子不肯就范，结果刚好撞在了刘裕的枪口上。比如光禄勋卞承之、左卫将军褚粲、游击将军司马秀等人擅自把百姓变成私家奴仆，被御史中丞纠察上报朝廷。这几位都是宗室、外戚和宠臣，自以为没人治得了自己，态度十分强硬，不仅谢笺上言辞怨愤，还天天去有关部门闹事骂街，刘裕大怒，宣布将三人免官。太原王氏对刘裕等军人主政亦非常不满，对其改革更是深恶痛绝，遂密谋发动叛乱，结果消息泄露，尚书左仆射王愉父子全家十余人皆被斩。加上前面王国宝、王恭的两次惨败被族诛，自魏晋以来“八叶继轨，轩冕莫与为比焉”的太原王氏，在南方几乎被灭族（注8）。朝廷百官看到刘裕动了真格的，不由“肃然奉职，不盈旬日，风俗顿改”。
流亡在南燕的北府将刘敬宣、高雅之以及司马休之等人也没有闲着，他们打算在南燕起兵推翻鲜卑慕容的统治，归附东晋。但同来的刘轨已被慕容氏任命为司空，坐享高官厚禄，而且年纪也大了不想折腾了，结果密谋泄露，刘轨高雅之都被鲜卑人所杀。刘敬宣和司马休之则逃到淮泗一带，听说刘裕等人已举兵击败桓玄克复建康，于是回归东晋，受到刘裕热烈欢迎，刘敬宣重新被任命为辅国将军、晋陵太守，袭封父爵武冈县男。司马休之是宗室，自然地位要更高一些，任荆州刺史、监荆益梁宁秦雍六州军事、领护南蛮校尉。当时荆州还在桓玄手里，之所以提前给司马休之这个职位，因为北府诸将已经在准备西征上游了。
注1：史书上没有记载东晋人口的统计数字，但按《宋书》记载公元464年刘宋的人口统计数字，扬州编户人口总数为1605694（不包括庄园依附民），占刘宋编户总人口的27.4%。刘宋北伐之后领土比东晋多了淮北地区，故东晋时扬州人口占比应该更大。
注2：如东晋的王导、谢安、司马道子、司马元显，还有桓楚的桓谦都是以扬州刺史为宰相。刘宋永初年间，针对扬州刺史刘义真的朝堂班次问题，中书令傅亮亦认为：“扬州自应著刺史服耳。然谓坐起班次，应在朝堂诸官上，不应依官次坐下。”（《宋书·蔡廓传》）
注3：领军将军本是建康禁卫军六军将军之首，《宋书·百官志》称其“掌内军”，即统禁省之兵，但自刘裕担任此职后，领军将军便增加了权力，可预问政治，实际成了宰相。后来宋少帝即位，谢晦便以领军将军之职“辅政”；宋明帝死时，刘勔亦以领军将军“受顾命”。所谓“辅政”，“受顾命”，即都是宰相。《宋书·沈演之传》载宋文帝曾对沈演之说：“侍中、领、卫，望实优显，此盖宰相便坐，卿其勉之。”当时刘毅亦升任护军将军（《晋书·王谧传》云“护军将军刘毅尝问谧曰”），其实也是宰相，与刘裕的地位相差不多，时人称之为“亚相”。
注4：川胜义雄：《魏晋南北朝》，九州出版社，2022年，第208页。
注5：甚至也遗泽了他的子孙。王谧死后，其子王球常常自恃身份而以清高自期，他当过中书令、尚书仆射等要职，却屡屡称病不上班，录尚书事江夏王刘义恭要“以法纠之”，宋文帝却称他“时望所归”，“遂见优容”。就算是王球的侄子王履跟随权臣刘湛犯下谋逆死罪，事发后吓得光脚大哭，王球也就一句“阿父在，汝亦何忧”，结果还真让宋文帝赦免了王履。宋文帝日理万机，当时群臣奉诏进见，等个十几天都是常事，只有王球遇上这种情况立刻离去，从来不肯停下来等待召见。
注6：这些高门士族本来也就没有行政能力，甚至以不干实事、照例署名为“清贵”，而那些需要“恪勤匪懈”的工作，则相当“鄙俗”，是留给下贱人干的（杜佑《通典·职官三》）。东晋的一个官员熊远亦在奏章中描写过当时的士族风气：“当官者以理事为俗吏，奉法为苛刻，尽礼为谄谀，从容为高妙，放荡为达士，骄蹇为简雅。”（《晋书·熊远传》）事实上，正因为实际行政能力不行，高门子弟们才高倡玄学风尚，从而避免将自己与寒族官员放在一个考核标准上。在这个标准下，寒族的无能是无能，他们的无能就变成了高贵风雅。比如，晋明帝的女婿、丹阳尹刘惔死后诔文曰：“居官无官官之事，处事无事事之心”，却居然被当时士人赞称“为政清整”，并“以为名言”（《晋书·刘惔传》）。
注7：东晋门阀当国，实行“镇之以静”方针，对官僚尽意宽纵优容，把“宁使网漏吞舟，不必察察为政”奉为指南（《世说新语·规箴》载顾和评王导）。监察制度，也往往是宪纲具在而形同虚文。参阅阎步克：《波峰与波谷：秦汉魏晋南北朝的政治文明》，北京大学出版社，2017年，第141页。即便是门阀中对法家颇为留意的桓温，对犯罪官员的杖罚之法制也订得较轻，行杖往往只是做样子，被描述为“上捎云根，下拂地足”，“正从朱衣上过”。意思是装腔作势不真打，高高举起、轻轻落下，只从衣服上擦过而已。但就这样，桓温还表示“我犹患其重” （《世说新语·政事》）。而《晋律》中亦有八议（八种特殊人物的法律特权）以上，皆免官收赎，“勿髡钳、笞”；免官者，“比三岁刑”的条款。另据《宋书·王韶之传》载东晋官吏休假制度云：“伏寻旧制，群臣家有情事，听并急六十日。太元中改制，年赐假百日。又居在千里外，听并请来年限，合为二百日。”如此宽松的官员休假制度，在史书上也是罕见。
注8：只有王愉之孙王慧龙逃到北魏，得到崔浩赏识，从而与北方大族广泛联姻，并因此在孝文帝时发展为顶级豪门，名列“五姓七望”之一。
